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标题: 求助老师NVT系综模拟的压力问题 [打印本页]

作者
Author: Recycled 时间: 2018-12-25 09:50
标题: 求助老师NVT系综模拟的压力问题
本帖最后由 Recycled 于 2018-12-25 10:55 编辑

各位老师及同学，大家好！有一个可能很低级的问题想要请教大家。
在NVT平衡之后MD，得到的统计平均压力与实际的压力有什么关系呢？或者说，对于给定的密度，温度，那么模拟结果的压力与实验得到的压力是一致的么？
本人看到有一些观点认为，由于压缩系数的缘故，如果是液相或者固体的压力可能会与实际压力相差很大，但是气体的压力则会调整至对应值。但在自己的运行中发现
液相体系的模拟压力也会相差很多（而在这个模拟得到的压力下的实验密度已经远远偏离我的预设密度）。请问这是什么原因呢？如果液相的模拟压力不重要，那么对于
密度给定的小分子体系，应当以什么作为平衡的标准呢?
谢谢大家！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2018-12-25 10:45
NVT系综有压力耦合？坐等老师讲解，另外请问，您的compressibility 咋写的？

作者
Author: Recycled 时间: 2018-12-25 10:54

少年爱吃地三鲜发表于 2018-12-25 10:45
NVT系综有压力耦合？坐等老师讲解，另外请问，您的compressibility 咋写的？

nvt系综没有压力耦合，但是在成品模拟完成后依旧可以读取一个压力。
Compressibility也一直是我NpT模拟时很纠结的问题（我只知道这个肯定不是压缩系数），教程或者手册中也没有提及这个。目前我使用的是等温压缩系数（偏V/偏p）T，应该是不正确的。另外我只知道这一项会严重影响Box的缩放，进而影响到最终的压力涨落。大的Com会使压力剧烈变化，反之压力变化平滑。
以上只是个人目前得到的结果，应该有很多错误的地方，希望得到老师的讲解。。。

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2018-12-25 11:04
我有个资源可以提供，可能会有帮助，其他的我不敢多说，我也一知半解，只能坐等Sob老师回答您。陈正隆 108页压力与应力

作者
Author: Recycled 时间: 2018-12-25 11:59

少年爱吃地三鲜发表于 2018-12-25 11:04
我有个资源可以提供，可能会有帮助，其他的我不敢多说，我也一知半解，只能坐等Sob老师回答您。陈正隆 108 ...

十分感谢！
我已经找到您所说的内容，但以我个人的理解，可能还是无法解决问题。。。

作者
Author: huangjing 时间: 2018-12-28 15:06
NVT模拟中可以直接计算virial，得到的压强和实验值可比，当然模拟所得通常有一个非常大的波动。

至于等温压缩系数isothermal compressibility，只要简单的跑NPT模拟就可以从盒子大小的波动得出：kappa=(<V^2>-<V>^2)/(kT<V>)，尖括号是系综平均，V是盒子体积。

作者
Author: Recycled 时间: 2019-1-2 09:34

huangjing 发表于 2018-12-28 15:06
NVT模拟中可以直接计算virial，得到的压强和实验值可比，当然模拟所得通常有一个非常大的波动。

至于等 ...

十分感谢您的回复！
的确可以根据温度，体积和Virial计算对应的Virial pressure，我想Gromacs软件中的Pressure计算也是如此。不过也有人指出，只有气相的压力会做出调整，我并不知道这是不是我产生问题的原因。
另外在这款软件的分析部分中我还没找到<V^2>，但一些MC软件是可以得到这个的，我想应该可以结合使用。

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