计算化学公社

标题: 哪里能下载到提取轨迹文件的脚本？ [打印本页]

作者
Author: songjingfu 时间: 2018-12-25 09:51
标题: 哪里能下载到提取轨迹文件的脚本？
请问各位前辈，哪里能下载到提取轨迹文件的脚本，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-25 10:39
问问题时候表达清楚
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79

什么程序的轨迹、按照什么规则提取，这些重点要素都没体现出来

作者
Author: songjingfu 时间: 2018-12-25 11:16

sobereva 发表于 2018-12-25 10:39
问问题时候表达清楚
在网上求助计算化学问题时的注意事项
http://sobereva.com/79

不好意思，以为在模块下会自动分类的，求助material studio中提取轨迹文件的Perl脚本，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-25 11:27
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

作者
Author: songjingfu 时间: 2018-12-25 13:47

sobereva 发表于 2018-12-25 11:27
将Material Studio的xtd轨迹文件导出为xyz轨迹文件的方法
http://sobereva.com/143

老师，您好，请问这个脚本生成的轨迹文件可以用MS打开吗，或者怎么生成可以用MS可以打开的轨迹文件，我跑完生成的文件打开是
0
Frame 1
0
Frame 2
这个对吗

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-26 00:19

songjingfu 发表于 2018-12-25 13:47
老师，您好，请问这个脚本生成的轨迹文件可以用MS打开吗，或者怎么生成可以用MS可以打开的轨迹文件，我 ...

xyz轨迹用VMD打开，比用M$看轨迹强百倍

既然轨迹都是M$跑的，直接用M$看不就行了，干嘛还提取？

作者
Author: songjingfu 时间: 2018-12-26 10:27

sobereva 发表于 2018-12-26 00:19
xyz轨迹用VMD打开，比用M$看轨迹强百倍

既然轨迹都是M$跑的，直接用M$看不就行了，干嘛还提取？

老师您好，我是要分析某一个动力学过程体系中其中一部分原子的能量变化，请问需要提取轨迹吗还是有别的方法，刚刚接触不是太懂，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-27 07:15

songjingfu 发表于 2018-12-26 10:27
老师您好，我是要分析某一个动力学过程体系中其中一部分原子的能量变化，请问需要提取轨迹吗还是有别的方 ...

这根本不是光提取轨迹就完了，还得想办法把能量信息导出来
你得自己研究M$的脚本功能，得写perl脚本才能导出。M$这种高度商业化、封闭的程序极其不灵活，像这种问题用gromacs等模拟程序都有现成的工具

作者
Author: songjingfu 时间: 2018-12-27 09:04

sobereva 发表于 2018-12-27 07:15
这根本不是光提取轨迹就完了，还得想办法把能量信息导出来
你得自己研究M$的脚本功能，得写perl脚本才能 ...

好的，谢谢老师指点

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