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标题: 粗粒化模拟问题 [打印本页]

作者
Author: 青青青 时间: 2018-12-25 10:18
标题: 粗粒化模拟问题
本帖最后由青青青于 2019-4-11 09:24 编辑

各位老师好！
我想做一个多肽分子的粗粒化模拟，请问由于派派相互作用的存在将多肽进行粗粒化进而模拟多肽分子之间的相互作用是否具有可行性？
非常感谢老师的回答，感激不尽！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-25 10:52
你先明确用什么粗粒化力场
恰当的粗粒化方式，仍然可以表现出pi-pi堆积和疏水作用
M$并不适合编辑生物体系的结构。诸如MARTINI力场都有现成的脚本把全原子模型转化成粗粒化模型

作者
Author: 青青青 时间: 2018-12-25 11:36
本帖最后由青青青于 2018-12-25 11:53 编辑

sobereva 发表于 2018-12-25 10:52
你先明确用什么粗粒化力场
恰当的粗粒化方式，仍然可以表现出pi-pi堆积和疏水作用
M$并不适合编辑生物体 ...

Sob老师，感谢您的回复，我想用CG粗粒化，MARTINI力场，请问可以实现pi-pi堆积作用吗，您指的恰当的粗粒化方式能否具体解释一下呢。真心感谢！

作者
Author: 青青青 时间: 2018-12-25 19:47
请问哪种粗粒化方法可以体现苯环之间的pi-pi相互作用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-12-26 00:17
pi-pi作用本质就是芳环之间明显的色散吸引作用，靠分子力场的vdW项就可以至少定性描述出来。粗粒化的话，只要不是粗粒化得过头，而是能把芳环的形态描述出来（比如通过三个粒子描述一个苯环），就已经可以一定程度体现pi-pi堆积特征

作者
Author: 青青青 时间: 2018-12-26 14:23
本帖最后由青青青于 2019-1-3 14:13 编辑

sobereva 发表于 2018-12-26 00:17
pi-pi作用本质就是芳环之间明显的色散吸引作用，靠分子力场的vdW项就可以至少定性描述出来。粗粒化的话，只 ...

谢谢老师，您的这番话对我有很大的帮助，sob老师，请问关于CG粗粒化力场的vdw项可以定性把pi-pi作用描述出来这方面有相关的文献吗，pi-pi作用如何表征呢？

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-8 14:31
本帖最后由青青青于 2019-4-5 11:09 编辑

sobereva 发表于 2018-12-25 10:52
你先明确用什么粗粒化力场
恰当的粗粒化方式，仍然可以表现出pi-pi堆积和疏水作用
M$并不适合编辑生物体 ...

老师，请问我这个多肽上可以使用martini官网上的脚本把这个全原子结构转成粗粒化的吗？全原子模型的话，用chendraw等工具来画可以转么?谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-9 03:21

青青青发表于 2019-3-8 14:31
老师，请问我这个多肽上是外接了几个相连的苯环（芘分子）和PEG，也可以使用martini官网上的脚本把这个全 ...

估计不行。我很久不用martini了不清楚当前情况，自动粗粒化脚本应当仅限于脚本直接支持的组成单元类型

chemdraw根本不是画三维结构的，虽然之后可以弄到chem3D里经验地生成三维结构，但往往和期望的相差甚远。建立立体结构一般都是用gview。

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-16 19:51

sobereva 发表于 2019-3-9 03:21
估计不行。我很久不用martini了不清楚当前情况，自动粗粒化脚本应当仅限于脚本直接支持的组成单元类型

...

嗯嗯，谢谢老师

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-20 19:15
本帖最后由青青青于 2019-3-21 13:36 编辑

sobereva 发表于 2019-3-9 03:21
估计不行。我很久不用martini了不清楚当前情况，自动粗粒化脚本应当仅限于脚本直接支持的组成单元类型

...

MS也可以画多肽，但是画出来后pdb中所有氨基酸的resname名字都是同一个，粗粒化时怎么才能识别出来不同的氨基酸呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-21 11:36

青青青发表于 2019-3-20 19:15
老师，请问我想画氨基酸和PEG的全原子结构，然后进行CG粗粒化。这个全原子结构用什么软件比较画好呢？MS ...

M$那种东西根本就不是适合构建多肽的
有很多现成的工具可以构建小肽，比如http://nova.colombo58.unimi.it/probuilder.htm

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-21 13:49

sobereva 发表于 2019-3-21 11:36
M$那种东西根本就不是适合构建多肽的
有很多现成的工具可以构建小肽，比如http://nova.colombo58.unimi. ...

谢谢老师，那多肽连接PEG的全原子结构probuilder也可以构建吗？或者别的什么软件可以实现吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-21 14:28

青青青发表于 2019-3-21 13:49
谢谢老师，那多肽连接PEG的全原子结构probuilder也可以构建吗？或者别的什么软件可以实现吗？

probuilder只能构建多肽，额外连其它分子需要用gview之类构建

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-21 14:38

sobereva 发表于 2019-3-21 14:28
probuilder只能构建多肽，额外连其它分子需要用gview之类构建

嗯嗯，谢谢老师

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-3-21 15:13

青青青发表于 2019-3-8 14:31
老师，请问我这个多肽上是外接了几个苯环，也可以使用martini官网上的脚本把这个全原子结构转成粗粒化的 ...

不可以，虽然有automartini但是效果未知，并且使用也不简单，建议使用全原子模拟

不过即便使用全原子模拟你仍然要处理多肽侧链上这些键和键角的参数

作者
Author: 青青青 时间: 2019-3-26 09:42

fhh2626 发表于 2019-3-21 15:13
不可以，虽然有automartini但是效果未知，并且使用也不简单，建议使用全原子模拟

不过即便使用全原子 ...

嗯嗯，好的，谢谢

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