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标题: 天河二号安装和运行高斯软件脚本出错求助 [打印本页]

作者
Author: ad890 时间: 2018-12-25 20:18
标题: 天河二号安装和运行高斯软件脚本出错求助
我在天河二号上装高斯的时候出现了以下问题
跑程序时光速报错。.out文件显示如下：
/tmp/slurmd/job1034175/slurm_script: line 3: source/software/g09/bsd/g09.profile: No such file or directory
/tmp/slurmd/job1034175/slurm_script: line 5: yhrun: command not found

运行脚本内容如下：
#!/bin/bash
export Gauss_SCRDIR=/BIGDATA1/sysu_whhu_1/WORKSPACE/g09scr
source/software/g09/bsd/g09.profile
export PATH=/BIGDATA1/sysu_whhu_1/software/g09:{PATH}
yhrun -n 1 -N 1 -c 24 g09 114btsfreq.com（我的输入文件是114btsfreq.com）

g09.profile文件修改过了，是这样的：
#
# These commands set up for use of Gaussian 09.  They should be source'd
# into each Gaussian 09 user's .login file, after setting the following
# environment variable:
#
# g09root -- Directory which contains the g09 main directory.  Defaults
#          to users's home directory if not defined before entry.
#
# Top directories for the program:
#
gr=$home
if [ "$g09root" ]
  then gr=$g09root
  fi
GAUSS_EXEDIR="$gr/software/g09"
GAUSS_ARCHDIR="$gr/WORKSPACE/g09scr"
GMAIN=$GAUSS_EXEDIR
PATH=$PATH:$GAUSS_EXEDIR:$GAUSS_ARCHDIR
LD_LIBRARY_PATH=$GAUSS_EXEDIR
G09BASIS="$gr/software/g09/basis"
F_ERROPT1="271,271,2,1,2,2,2,2"
#following for sgi debugging
#TRAP_FPE="DEBUG;OVERFL=ABORT;DIVZERO=ABORT;INVALID=ABORT;INT_OVERFL=ABORT"
TRAP_FPE="OVERFL=ABORT;DIVZERO=ABORT;INT_OVERFL=ABORT"
MP_STACK_OVERFLOW="OFF"
# to partially avoid KAI stupidity
KMP_DUPLICATE_LIB_OK="TRUE"
export GAUSS_EXEDIR GAUSS_ARCHDIR PATH GMAIN LD_LIBRARY_PATH F_ERROPT1 TRAP_FPE MP_STACK_OVERFLOW \
  KMP_DUPLICATE_LIB_OK G09BASIS

我的账号下显示主目录显示的是/BIGDATA1/sysu_whhu_1
其中高斯软件解压于/BIGDATA1/sysu_whhu_1/software/g09
g09.profile是在/BIGDATA1/sysu_whhu_1/software/g09/bsd这里。
我想不通哪里有问题，有大神能指出来吗？是我的脚本出错了？还是我修改了profile的时候出错了？

作者
Author: highlight 时间: 2018-12-25 20:57
本帖最后由 highlight 于 2018-12-25 21:04 编辑

source/software/g09/bsd/g09.profile
应该是
source /BIGDATA1/sysu_whhu_1/software/g09/bsd/g09.profile

export PATH=/BIGDATA1/sysu_whhu_1/software/g09:{PATH}
应该是
export PATH=/BIGDATA1/sysu_whhu_1/software/g09:${PATH}

/tmp/slurmd/job1034175/slurm_script: line 5: yhrun: command not found说明不存在yhrun这个命令，换成srun？这个我不确定

劝你找管理员要个脚本，这个错太多，估计不知道几手的了。

作者
Author: ABetaCarw 时间: 2018-12-26 00:08
自己写这个就是闭门造轮子，没啥意义。拿到了模板你要是有多余的创造欲再施展也不迟。

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