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标题: 关于 Gromacs和VMD的很多新手问题求教 [打印本页]

作者
Author: Shannon 时间: 2015-5-26 08:20
标题: 关于 Gromacs和VMD的很多新手问题求教
本帖最后由 Shannon 于 2015-5-26 08:20 编辑

各位老师，有一大波MD的新手问题想请教，
1. 为什么VMD直接 visualize gromacs的trr trajectory会不显示任何东西呢？我跑了一遍Gromacs的教程 lysozyme in water，http://www.bevanlab.biochem.vt.e ... utorials/index.html 。跑出的 trajectory 在VMD里面直接显示没有任何图像，得手动调整 graphical representation 才行，而且显示也没法区分 lysozyme 蛋白质和水。
2. 用 trjconv 把trr 转成gro之后用VMD显示没问题了，大家一般都这样转换吗？转成gro之后数据大了好多，拷文件困难了不少。
3. 实验组想模拟一下某个有机酸在水相和空气相交接面的分布，我想用Gromacs模拟，但还是不太清楚怎么搞。打算做一个2D的盒子，砍掉Z轴的周期边界（PBC），上方放入N2和O2混合的一团分子，下发填入水和有机酸，然后NVT-NPT开跑。不知道这样是否可行？力场选用那个比较好呢？

4.用 mpirun -np 8 gmx_mpi mdrun XXX 命令在学校的机子上跑的时候，总是出现如下的错误，但是似乎不影响继续运行:librdmacm: Warning: couldn't read ABI version.
librdmacm: Warning: assuming: 4
librdmacm: Fatal: unable to get RDMA device list

这样继续算下去，对结果有影响吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-5-26 08:31
1 你得先载入gro文件，再载入trr或xtc文件

2 不要这么转，这样相当于把二进制数据都转换成了文本方式保存，体积甚大，而且还丢失了精度。

3 没法表现“空气”，因为空气分子太稀薄了，按一般空气的浓度，N2、O2在整个模拟体系里一个也没有。只能是模拟有机酸水溶液和真空的界面情况。

模拟这种情况，就先建个有机酸水溶液盒子，然后修改gro文件，把盒子Z轴长度加大。然后做NVT模拟。

如果有机酸是个新鲜分子，哪个力场都不会自带其参数，得靠ATB、antechamber之类的生成。ATB生成的是基于gromos96力场参数的，antechamber是基于GAFF参数的。

4 对于当前的gmx，单机并行不需要用mpirun。直接运行mdrun就会调用所有核，也可以用-nt来指定调用多少核。

作者
Author: Shannon 时间: 2015-5-26 08:56
非常非常感谢，好厉害。
我用的GMX是学校网管在服务器上编译的，没有开启 thread-mpi，结果-nt命令没法用……

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