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标题: GMX如何导出确定的某一帧坐标 [打印本页]
作者Author: 柒月小鱼 时间: 2018-12-26 21:45
标题: GMX如何导出确定的某一帧坐标
本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-12-26 22:47 编辑
1.我在跑完一个退火过程后，取最后1ns中的能量最低的结构做QM/MM模拟
其中gmx energy -f heat.edr -o heat.xvg查看能量最低的那一帧
2.如果我发现第1001帧的能量最低的话
2.1.使用GMX直接导出某一帧坐标我使用命令gmx trjconv -s heat.tpr -f heat.xtc -o QM.pdb -sep -skip 1 -dt 1000 -pbc mol
导出的QM0.pdb文件就是第1001帧的坐标，这个dt 1000是间隔1000
2.2.结合VMD使用导出
先使用以下命令导出完整分子的轨迹图
gmx trjconv -f heat.xtc -onew.xtc -s heat.tpr -pbc whole
再使用VMD先载入.gro文件，再载入新生成的new.xtc
如图导出第1001帧的坐标
我的操作有什么问题么，还请老师指教
作者Author: sobereva 时间: 2018-12-27 05:55
1 用比如gmx trjconv -f md.trr -s md.tpr -o 3000ps.gro -dump 3000，就可以提取最接近3000ps的那一帧
2 操作没问题。但记得载入gro后把当前仅有的那一帧先删掉
作者Author: 柒月小鱼 时间: 2018-12-27 17:26
本帖最后由 柒月小鱼 于 2018-12-27 17:28 编辑
谢谢老师的指教，我尝试了下
1.导出的是一个周期性的盒子，外层是有破碎的分子的，但是内层坐标与方法2是一致的
2.方法2中明明是只有6600帧，那个第0帧是什么鬼哦，而且还是有坐标数据的麻烦老师了
作者Author: sobereva 时间: 2018-12-28 01:18
恰当用-pbc选项处理就完了，我的目的是提示你dump怎么用
VMD的编号从0开始
作者Author: 柒月小鱼 时间: 2018-12-28 09:40
谢谢老师
可是从0开始的话,VMD就有6001帧了。而我的GMX算出来只有6000帧诶
还请老师批评
作者Author: sobereva 时间: 2018-12-28 13:04
第0帧对应初始结构
作者Author: 柒月小鱼 时间: 2018-12-28 15:53
谢谢老师
作者Author: 柒月小鱼 时间: 2018-12-29 10:31
还要麻烦老师一个问题
我的分子跑完动力学后，某种分子变形比较厉害，那我可以设定在跑的时候分子只移动而结构不发生变化了
小白问题，还请老师见谅
作者Author: sobereva 时间: 2018-12-30 04:27
没法严格约束整个分子的结构严格不变，但可以添加一些约束项，保持某些关键原子间距离不变，等效起到维持结构的效果，或者增加导致严重变形的几何变量的力常数
作者Author: 柒月小鱼 时间: 2018-12-30 09:57
谢谢老师
学习了很多
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