计算化学公社

标题: 两个含氮配体配位能力怎么评价？ [打印本页]

作者
Author: loovfnd 时间: 2018-12-27 12:42
标题: 两个含氮配体配位能力怎么评价？
有两个配体如下：1和2。实验中发现，1易于与Pd配位形成3，而2基本不与Pd配位形成4。
从1和2结构上看，1中N周围空间大一些，而2周围空间小一些，猜测可能是会影响配位。
文章投出后，审稿人要求从能量上分析一下。
做了如下计算：
E(3)-E(1)*2-E(pd)=-11kcal/mol
E(4)-E(2)*2-E(pd)=-33kcal/mol
结果反而与实验相反了。
琢磨了一下，不知道想的对不对，这样计算能量合适吗？有些疑惑：就算计算出了过渡态求得活化能，这是两个体系（1和2结构相差很多）的反应能这么单纯的比较能量吗？
如果能量角度不合适，要从1和2本身找原因，需要考察计算那些方面呢？
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作者
Author: liyuanhe211 时间: 2018-12-27 13:24
不管哪个高，这两个结构差将近100kJ/mol个人感觉很不正常，违背化学直观，看看有没有什么计算错误之类的。

另外如果要往paper里放的话，注意别减“E(Pd)”，因为配位过程肯定不是和裸的Pd原子去做的，直接把两个式子减一下只写个差，不用管Pd自己的能量就好了。

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-12-27 15:10
用吉布斯自由能试试，它包括熵效应和焓

作者
Author: loovfnd 时间: 2018-12-27 15:13

xylz6188 发表于 2018-12-27 15:10
用吉布斯自由能试试，它包括熵效应和焓

用的就是自由能。

作者
Author: GoldenBaby 时间: 2018-12-27 18:12
考虑溶剂化模型了吗？会不会是溶剂化的影响呢？

作者
Author: xylz6188 时间: 2018-12-27 21:08

loovfnd 发表于 2018-12-27 15:13
用的就是自由能。

你分别比较1和2、3和4的吉布斯自由能大小看看，要么是楼下说的溶剂化效应的影响，要么是方法上的问题

作者
Author: gauss98 时间: 2018-12-28 09:45
你这两个配体分子分子间作用很强
配位的时候看看两个分子的位置取向要类似

作者
Author: loovfnd 时间: 2018-12-28 15:33

gauss98 发表于 2018-12-28 09:45
你这两个配体分子分子间作用很强
配位的时候看看两个分子的位置取向要类似

感谢啊，变换下构型试试。

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