计算化学公社

标题: VASP的最简单的安装方法（含全程视频演示） [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-1 13:40
标题: VASP的最简单的安装方法（含全程视频演示）

VASP的最简单的安装方法

The simplest way to install VASP

文/Sobereva@北京科音 2019-Jan-1

目前计算化学公社论坛（http://bbs.keinsci.com）上的第一性原理板块里已经有多篇写得很好的关于VASP的编译方法的帖子了。笔者这里写一个初学者最易于理解的版本，不仅所需要的操作步骤是最少的，而且编译出来的VASP运行效率几乎是最高的。考虑到少数读者可能存在阅读理解能力障碍、极其不情愿看文字，本文的安装过程笔者录了完整的演示视频，见https://www.bilibili.com/video/av39616222/。我相信，哪怕是对Linux、VASP、编程零基础的读者，只要严格模仿演示视频，也一定可以非常顺利地安装。也希望这些零基础VASP用户看了此视频后不会再去花钱找人装VASP或者花钱买网上乱七八糟的VASP安装视频。

本文用的软件版本和系统都是撰文时的最新版。编译的是VASP 5.4.4，操作系统是CentOS 7.6，编译器和MPI/MKL库是Intel Parallel Studio XE 2019 Update 1，其中的ifort编译器就是19.0.1版。Intel编译器目前不是免费的，但可以获取试用版。CentOS是在笔者来看最适合计算化学研究者使用的Linux操作系统，免费、稳定、设计合理、用户规模庞大、兼容性好、安装各种计算化学程序省心，不仅是最流行的计算服务器用的操作系统，初学者使用起来也没任何压力。本文安装过程用的账户是root账户，如果你用的是普通用户，本文中的安装路径需要做相应的调整。如果读者用的系统、程序、编译器版本和此文的不同，也有极大可能无法按照此文的方法安装，请随机应变。另外，使用较新系统、程序版本的读者，不要再去参考网上众多年代较早的编译VASP的文章，要么编译过程繁琐，要么根本不适合当前情况。

如果读者不会装CentOS系统，或者之前装过但是是瞎装的，强烈建议严格效仿此视频里的方式安装：《在VMware 15中安装CentOS 7.6的完整过程视频演示》（http://sobereva.com/454），可以很容易地装好系统，而且之后编译安装各种计算化学程序也都会比较顺利。

1 安装Intel编译器和相关的库

将parallel_studio_xe_2019_update1_cluster_edition.tgz包拷贝到Linux里面，通过tar -xzf [文件名]将之解压。如果当前处于图形环境，就进入此目录，在命令行下运行./install_GUI.sh启动Intel Parallel Studio XE的图形界面的安装程序。如果你是在纯文本环境下，就运行./install.sh启动文本界面的安装程序，但是在自定义组件的时候操作比较繁琐。

对于root用户，默认的安装路径是/opt/intel，这里就用默认路径。如果你想省硬盘，安装过程中可以选择自定义，对于编译计算化学程序完全用不着的组件都可以不去装。其中IA32版的组件都不装，因为我们编译程序都是编译64bit版本。要装的组件里只有以下这些是必须的
·Intel Fortran Compiler
·Intel C++ Compiler
·Intel Math Kernel Library 2019 Update 1 for Fortran里的Intel MKL core libraries for Fortran、Fortran 95 interfaces for BLAS and LAPACK、Cluster support for Fortran
·Intel Math Kernel Library 2019 Update 1 for C/C++里的Intel MKL core libraries for C/C++、Cluster support for C/C++
·Intel MPI Library 2019 Update 1里的Intel MPI Library for applications...
·Intel Threading Building Blocks 2019（这是Intel C++ Compiler必须依赖的）
安装时可能会显示缺少32bit库之类，不用管，继续装即可。

装好后，使用比如gedit ~/.bashrc命令编辑当前用户目录下的.bashrc文件，这里面的内容是每次进入bash终端时自动运行的。把下面这行加入其中末尾，用来自动配置Intel Parallel Studio XE的运行环境：
source /opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh
（如果你之前装了其它MPI库，应当把.bashrc里相应配置在开头加上#注释掉，免得造成冲突。另外，加入这语句后如果发现使用SSH的File Transfer界面以sftp方式连接失败，应当把这个.sh文件里的echo语句给注释掉或者删掉）

然后重新进入终端，运行ifort -V，如果显示出了编译器的版本，说明编译器已经可以正常使用了。

然后进入/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf，运行make libintel64命令，过一会儿当前目录下会产生libfftw3xf_intel.a库文件。

2 编译VASP

解压VASP包，得到vasp.5.4.4目录。进入此目录，把arch/makefile.include.linux_intel拷到上一级目录下改名为makefile.include，里面的配置专门适合Intel编译器。打开此文件，把其中的OFLAG参数里加入-xhost，这样编译器会使得编译出的程序能够利用当前机子CPU能支持的最高档次的指令集以加速计算，也因此就没必要手动添加其它一些VASP编译教程里诸如-xAVX、-mSSE4.2之类的选项了。

之后运行make all命令开始编译。一般半个小时到一个小时可以编译完毕。

编译完成后，在vasp.5.4.4/bin目录下出现了vasp_gam、vasp_ncl、vasp_std三个可执行文件，分别是Gamma only版，非共线版和标准版。为了使用方便，可以把最常用的vasp_std改名为vasp。然后在~/.bashrc末尾加入以下这行，使得此目录加入到操作系统寻找可执行文件的路径中：
export PATH=$PATH:/sob/vasp.5.4.4/bin
之后重新进入终端，VASP就可以用了。

3 测试VASP

下载测试任务包http://sobereva.com/attach/455/benchmark.Hg.tar.gz，这是个含50个Hg原子的标准测试任务。将之解压，会看到IN-short和IN-long，分别是一个耗时较短和一个耗时较长任务的INCAR文件。这里将IN-short改名为INCAR，进入此目录，输入mpirun -np 4 vasp测试调用四个核心执行此任务，然后检查得到的OUTCAR看是否内容正常，没异常的话就说明完全装好了！

如果运行自己的任务出现异常，把ulimit -s unlimited命令加入到~/.bashrc里重新进入终端再试，此命令可以避免某些操作系统对堆栈内存可用尺寸进行过严限制的问题。

作者
Author: jessenju 时间: 2019-1-1 14:53
太给力了，全是针对我这种零基础的人的，谢谢社长！

作者
Author: 啦啦黑还黑 时间: 2019-1-1 15:21
sob老师，intel2019的 parallel_studio_x.lic 文件怎么才能得到呀，多谢老师

作者
Author: obaica 时间: 2019-1-1 16:01

啦啦黑还黑发表于 2019-1-1 15:21
sob老师，intel2019的 parallel_studio_x.lic 文件怎么才能得到呀，多谢老师

作者
Author: 1130240115 时间: 2019-1-1 23:44

啦啦黑还黑发表于 2019-1-1 15:21
sob老师，intel2019的 parallel_studio_x.lic 文件怎么才能得到呀，多谢老师

Intel_Parallel_Studio_XE_2019_Update1_Linux版：http://bbs.keinsci.com/thread-11614-1-1.html

作者
Author: haizhiwuyu 时间: 2019-1-2 09:40
Sob君，我要给你点赞啊

作者
Author: hxd_yi 时间: 2019-1-2 21:46

啦啦黑还黑发表于 2019-1-1 15:21
sob老师，intel2019的 parallel_studio_x.lic 文件怎么才能得到呀，多谢老师

用高校邮箱可以免费申请，还有其他的免费申请，比如开源项目

作者
Author: 胡说 时间: 2019-1-4 17:00
”然后进入/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf，运行make libintel64命令，过一会儿当前目录下会产生libfftw3xf_intel.a库文件。“
老师请问做这一步是为什么，后面需要用到吗？

作者
Author: CocuLiu 时间: 2019-1-4 17:36
老师，您能分享一下VASP5.4.4.4的文件夹吗？感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-5 09:20

胡说发表于 2019-1-4 17:00
”然后进入/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf，运行make libin ...

因为VASP需要用FFT库

作者
Author: 胡说 时间: 2019-1-5 10:03

sobereva 发表于 2019-1-5 09:20
因为VASP需要用FFT库

明白了多谢老师

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2019-1-8 11:43
请教一下老师，附带的vasp.5.lib.tar.gz和 potpaw_PBE.54.tar.gz，这2个包有什么作用，如何进行安装呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-9 00:00

xaomidaxue 发表于 2019-1-8 11:43
请教一下老师，附带的vasp.5.lib.tar.gz和 potpaw_PBE.54.tar.gz，这2个包有什么作用，如何进行安装呢？谢 ...

前者用不着。后者是PAW势库，自行构建输入文件时候用，看一眼手册第二章就明白了

作者
Author: xaomidaxue 时间: 2019-1-9 14:21

sobereva 发表于 2019-1-9 00:00
前者用不着。后者是PAW势库，自行构建输入文件时候用，看一眼手册第二章就明白了

非常感谢老师，谢谢，测试已经ok，基本上用虚拟机搞定了大部分量化软件的安装，torque安装也成功了，接下去就是进行集群组建工作了。

作者
Author: ralph 时间: 2019-1-10 10:51
老师你好，我按照你的方法编译完成后，运行时出现/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mpi/intel64/bin/mpirun: line 103: 16799 Segmentation fault (core dumped) mpiexec.hydra "$@" 0<&0
请问一下，如何解决，谢谢老师

作者
Author: zorow 时间: 2019-1-10 13:15
本帖最后由 zorow 于 2019-1-10 13:41 编辑

请问sob老师，我按您的上述方法进行到了ifort -V这步，但是在编译libfftw3xf_intel.a 的时候出现这种错误，是什么原因啊？(PS: 服务器中似乎以前装有14.0的库，不知是否对fftw的编译19.0有影响)
[root@localhost fftw3xf]# make libintel64
make -f  makefile lib _IA=intel64
make[1]: Entering directory `/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/inter
faces/fftw3xf'mkdir -p ./obj_intel
icc  -Wall -Werror  -I/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/include -I/o
pt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/include/fftw    -c /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces/fftw3xf/wrappers/fftw_alignment_of.c -o obj_intel/fftw_alignment_of.oerror #13003: message verification failed for: 28003; reverting to internal message
compilation aborted for /opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interfaces
/fftw3xf/wrappers/fftw_alignment_of.c (code 1)make[1]: *** [obj_intel/fftw_alignment_of.o] Error 1
make[1]: Leaving directory `/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/interf
aces/fftw3xf'make: *** [libintel64] Error 2

作者
Author: zorow 时间: 2019-1-10 16:34

zorow 发表于 2019-1-10 13:15
请问sob老师，我按您的上述方法进行到了ifort -V这步，但是在编译libfftw3xf_intel.a 的时候出现这种错误， ...

找到问题了，似乎是之前编译Intel2019库少了东西？我重新编译了一遍，编译Intel2019时严格按照老师的视频选择需要的组件，就可以在后面成功编译fftw了，现在已经成功编译vasp了！按着视频无脑编译就行！

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-1-12 09:13
请问出现undefined reference to "errfc"怎么解决？

作者
Author: Libesi 时间: 2019-1-15 10:58
非常感谢，出错的时候，特别要注意，是不是有什么字母或者符号打错了。。。。

作者
Author: 小苹果 时间: 2019-1-27 17:31
本帖最后由小苹果于 2019-1-27 17:40 编辑

sob老师好，前面认真按照介绍逐步完成，最后make all编译时出现如下错误怎么回事？已经安装Intel mpi库了，谢谢！机器的Linux版本是CentOS Linux release 7.2.1511。

mpiifort -free -names lowercase -assume byterecl -w -O2 -xhost -I/opt/intel/compilers_and_libraries_2019.1.144/linux/mkl/include/fftw -c openmp.f90
make[2]: *** No rule to make target `mpi.f90', needed by `mpi.o'. Stop.
make[2]: Leaving directory `/home/gp/bin/vasp.5.4.4/build/std'
cp: cannot stat ‘vasp’: No such file or directory
make[1]: *** [all] Error 1
make[1]: Leaving directory `/home/gp/bin/vasp.5.4.4/build/std'
make: *** [std] Error 2

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-28 01:15

小苹果发表于 2019-1-27 17:31
sob老师好，前面认真按照介绍逐步完成，最后make all编译时出现如下错误怎么回事？已经安装Intel mpi库了， ...

从这上看不出来。如果源文件包内容齐全，严格按照帖子操作，理应不会有这个问题

作者
Author: cahndengbin 时间: 2019-2-15 21:36
按视频操作，成功安装，多谢sobereva老师！

作者
Author: dt97511 时间: 2019-2-25 17:50
我按照视频中的步骤安装好VASP5.4.4后，进行了对原胞的收敛性测试，准备开始进行正式的结构弛豫计算，但一开始计算就报错，主要是：
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
我网上看了一圈，设置方面的建议都试了下，不行，然后只剩下了vasp编译方面的建议
由于我是按照视频和教程安装的，对他们说的编译设置不是很懂，就直接换回了按照http://bbs.keinsci.com/thread-4267-1-1.html在centos6.6下安装的vasp5.4.1，发现能够正常计算
但我还是想用5.4.4版本，请问有人遇到过同样的问题吗，对视频中演示的安装方法，有没有什么简单点的解决方案

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-26 00:34

dt97511 发表于 2019-2-25 17:50
我按照视频中的步骤安装好VASP5.4.4后，进行了对原胞的收敛性测试，准备开始进行正式的结构弛豫计算，但一 ...

把-xhost去掉再试，还不行把-O2改成-O1再试（去掉这俩都会降低性能），或者用CentOS 6.6按照我文中的做法编译5.4.4再试。我这里计算完全正常。

作者
Author: kaypu 时间: 2019-3-29 17:31
Sob老师，您好，按照视频安装parallel_studio_xe_2019_update3_cluster_edition后，如果再root账户的bashrc中加入source opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh后，则无法利用xftp软件登陆到服务器，但是ssh没有问题。只要在bashrc中去掉source opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh 这句，就可以ftp上服务器。请问sob老师，这个问题怎么处理，非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-30 01:22

kaypu 发表于 2019-3-29 17:31
Sob老师，您好，按照视频安装parallel_studio_xe_2019_update3_cluster_edition后，如果再root账户的bashrc ...

把/opt/intel/parallel_studio_xe_2019/psxevars.sh里面的echo语句注释掉

作者
Author: alwens 时间: 2019-4-2 14:16

obaica 发表于 2019-1-1 16:01

教育网免费半年啊

作者
Author: kaypu 时间: 2019-4-2 17:07
sob老师，您好，目前用vasp计算任务，log文件中显示
**************************************************************
entering main loop
   N    E                   dE          d eps    ncg    rms       rms(c)
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image             PC             Routine          Line       Source
vasp             0000000001571BD3  Unknown             Unknown  Unknown
libpthread-2.17.s  00007F152D49C5D0  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             000000000064D4D6  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000D8AA4D  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             0000000000DEF5D3  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000013DA4FF  Unknown             Unknown  Unknown
vasp             00000000013B6DB6  Unknown             Unknown  Unknown
***************************************
可能是centos的堆栈太小，通过命令ulimit -s unlimited后，再提交任务，可以计算，不过opt十步后，就无法链接到服务器，任务也被ban掉了。目前不太清楚什么原因，感觉intel 编译器2019利用impi编译vasp有点问题

作者
Author: tianya126 时间: 2019-4-3 15:13
虽然摸索了好久已经装好了。不过这个实在是太赞了，对初学者太有用了。

作者
Author: dt97511 时间: 2019-4-14 17:42

sobereva 发表于 2019-2-26 00:34
把-xhost去掉再试，还不行把-O2改成-O1再试（去掉这俩都会降低性能），或者用CentOS 6.6按照我文中的做法 ...

终于抽空把系统由换回了centos7.6试了一下，但去掉-xhost，-O2改成O1,O0都不行，执行命令ulimit -s unlimited倒是可以算，但看到有大佬反映十多步后依然有问题，担心把服务器弄坏了，就又换回了centos6.6，依然按照该方法编译，结果编译不了，报错如下：
mkdir build/std ; \
cp src/makefile src/.objects makefile.include build/std ; \
make -C build/std VERSION=std all
mkdir: \u65e0\u6cd5\u521b\u5efa\u76ee\u5f55"build/std": \u6587\u4ef6\u5df2\u5b58\u5728
make[1]: Entering directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std'
rsync -ru ../../src/lib .
cp makefile.include lib
make -C lib -j1
make[2]: Entering directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make libdmy.a
make[3]: Entering directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[3]: \u201clibdmy.a\u201d\u662f\u6700\u65b0\u7684\u3002
make[3]: Leaving directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std/lib'
make[2]: Leaving directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std/lib'
rsync -ru ../../src/parser .
cp makefile.include parser
make -C parser -j1
make[2]: Entering directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std/parser'
make libparser.a
make[3]: Entering directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std/parser'
icpc -D YY_parse_DEBUG=1 -c sites.cpp -o sites.o
icpc: error #10417: Problem setting up the Intel(R) Compiler compilation environment. Requires 'install path' setting gathered from 'g++'
make[3]: *** [sites.o] \u9519\u8bef 1
make[3]: Leaving directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std/parser'
make[2]: *** [all] \u9519\u8bef 2
make[2]: Leaving directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std/parser'
make[1]: *** [parser] \u9519\u8bef 2
make[1]: Leaving directory `/root/vasp.5.4.4/vasp.5.4.4/build/std'
make: *** [std] \u9519\u8bef 2
这种问题应该不是偶然，希望大佬能找出原因，进一步完善该安装方法，让以后的人少走点弯路。我现在急着用，还是自己老老实实的继续再编译一次5.4.1吧

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-15 09:56

kaypu 发表于 2019-4-2 17:07
sob老师，您好，目前用vasp计算任务，log文件中显示
************************************************* ...

可以把输入文件发上来我测试下

作者
Author: kaypu 时间: 2019-4-16 16:47
本帖最后由 kaypu 于 2019-5-29 10:01 编辑

kaypu 发表于 2019-4-2 17:07
sob老师，您好，目前用vasp计算任务，log文件中显示
************************************************* ...

目前已经编译成功，上面出现的这个问题感觉跟自己的服务器有关系（不确定）。目前采用的是视频sob老师提供的方法，intel编译器用的是2019的update3版本，mkl库也是用的intel的，只不过用的不是intel mpi，而是用的mpich3.3版本的mpi
makefile文件中 FC 和FCL修改成mpich的路径
***************************************************************
FC = /home/zwk/mpich-install/bin/mpif90
FCL = /home/zwk/mpich-install/bin/mpif90 -mkl=sequential -lstdc++
*****************************************************************
mkl用的依然是intel的
************************************************************
MKLROOT =/home/zwk/intel/mkl
MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
**********************************************************附件是makefile文件

作者
Author: 天凌若雪 时间: 2019-4-18 10:45
谢谢老师

作者
Author: 492949319 时间: 2019-4-21 16:15
感谢社长，本人小白一个，纯实验组没有一个搞计算的，看了社长的视频，安了双系统，并且centOS下vasp安装成功，测试可以使用，用win版castep两年了，终于可以玩玩vasp了。明年去北京第一年，希望可以听到社长讲解第一性原理的课程。万分感谢！！！！！

作者
Author: devil_lei 时间: 2019-4-22 18:15
不知道社长有没有测试过VASP的GPU加速怎么样，能否加入GPU版本的编译方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-23 01:41

devil_lei 发表于 2019-4-22 18:15
不知道社长有没有测试过VASP的GPU加速怎么样，能否加入GPU版本的编译方法。

手头没像样的GPU，没法测试

作者
Author: ene 时间: 2019-4-24 22:23
说起来新版的VASP是真的好编译，在树莓派上用gnu编译器都能整出来，不过得改改makefile，看报错补库。

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-25 03:40
感谢此贴，使用了几周，一切顺利。但是目前遇到了一个问题，我加入vaspsol后，其他都好，但是计算Ra重原子时出现了错误提示三个：1） WARNING：Sub-space-Matrix is not hermitian in DAV.... 2） very serious problems the old and the new charge density differ； 3）error EDDDAV: call to ZHEGV failed Return code = 7 1 8.网上搜索了很多，都解决不了。看起来似乎只有INTEL 编译出问题，咨询官方，官方提示可能是LAPACK有问题。可否请站长老师传以下你的make.include file？

thanks a lot!

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-25 09:00
# Precompiler options
CPP_OPTIONS= -DHOST=\"LinuxIFC\"\
         -DMPI -DMPI_BLOCK=8000 \
         -Duse_collective \
         -DscaLAPACK \
         -DCACHE_SIZE=4000 \
         -Davoidalloc \
         -Duse_bse_te \
         -Dtbdyn \
         -Duse_shmem \
         -Dsol_compat

CPP       = fpp -f_com=no -free -w0  $*$(FUFFIX) $*$(SUFFIX) $(CPP_OPTIONS)

FC       = mpiifort
FCL       = mpiifort -mkl=sequential -lstdc++

FREE    = -free -names lowercase

FFLAGS    = -assume byterecl -w
OFLAG    = -O2 -xhost
OFLAG_IN = $(OFLAG)
DEBUG    = -O0

MKL_PATH = $(MKLROOT)/lib/intel64
BLAS    =
LAPACK    =
BLACS    = -lmkl_blacs_intelmpi_lp64
SCALAPACK  = $(MKL_PATH)/libmkl_scalapack_lp64.a $(BLACS)

OBJECTS = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d.o \
         $(MKLROOT)/interfaces/fftw3xf/libfftw3xf_intel.a

INCS    =-I$(MKLROOT)/include/fftw

LLIBS    = $(SCALAPACK) $(LAPACK) $(BLAS)

OBJECTS_O1 += fftw3d.o fftmpi.o fftmpiw.o
OBJECTS_O2 += fft3dlib.o

# For what used to be vasp.5.lib
CPP_LIB = $(CPP)
FC_LIB    = $(FC)
CC_LIB    = icc
CFLAGS_LIB = -O
FFLAGS_LIB = -O1
FREE_LIB = $(FREE)

OBJECTS_LIB= linpack_double.o getshmem.o

# For the parser library
CXX_PARS = icpc

LIBS    += parser
LLIBS    += -Lparser -lparser -lstdc++

# Normally no need to change this
SRCDIR    = ../../src
BINDIR    = ../../bin

#================================================
# GPU Stuff

CPP_GPU = -DCUDA_GPU -DRPROMU_CPROJ_OVERLAP -DUSE_PINNED_MEMORY -DCUFFT_MIN=28 -UscaLAPACK

OBJECTS_GPU = fftmpiw.o fftmpi_map.o fft3dlib.o fftw3d_gpu.o fftmpiw_gpu.o

CC       = icc
CXX       = icpc
CFLAGS    = -fPIC -DADD_ -Wall -openmp -DMAGMA_WITH_MKL -DMAGMA_SETAFFINITY -DGPUSHMEM=300 -DHAVE_CUBLAS

CUDA_ROOT  ?= /usr/local/cuda/
NVCC    := $(CUDA_ROOT)/bin/nvcc -ccbin=icc
CUDA_LIB := -L$(CUDA_ROOT)/lib64 -lnvToolsExt -lcudart -lcuda -lcufft -lcublas

GENCODE_ARCH := -gencode=arch=compute_30,code=\"sm_30,compute_30\" \
               -gencode=arch=compute_35,code=\"sm_35,compute_35\" \
               -gencode=arch=compute_60,code=\"sm_60,compute_60\"

MPI_INC = $(I_MPI_ROOT)/include64/

以上是我的make file

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-25 12:26

shiqiantao 发表于 2019-4-25 03:40
感谢此贴，使用了几周，一切顺利。但是目前遇到了一个问题，我加入vaspsol后，其他都好，但是计算Ra重原子 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 66)

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-26 01:45

sobereva 发表于 2019-4-25 12:26

感谢Sobereva！
我看到make file 里面 BLAS 以及LAPACK 后面都是空白，看到官方也是如此，会否因此会有些问题。如果要加的话应该写一些什么?
多谢!

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-26 02:46

shiqiantao 发表于 2019-4-26 01:45
感谢Sobereva！
我看到make file 里面 BLAS 以及LAPACK 后面都是空白，看到官方也是如此，会否因此会有 ...

MKL库里本来就已经提供了BLAS库和LAPACK库定义的函数，因此用了MKL就不需要设这些

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-26 02:59

sobereva 发表于 2019-4-26 02:46
MKL库里本来就已经提供了BLAS库和LAPACK库定义的函数，因此用了MKL就不需要设这些

多谢！可是为什么我计算中会有那些问题？请问版大有没有安装vaspsol，可否帮我测试一个程序是否可以顺利运行，我重新编译了一遍，算Fe O H As C Pb等原子都没问题，加上这个Ra就有问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-26 03:08

shiqiantao 发表于 2019-4-26 02:59
多谢！可是为什么我计算中会有那些问题？请问版大有没有安装vaspsol，可否帮我测试一个程序是否可以顺利 ...

我没安装VASPsol
你再鼓捣鼓捣，或者换其它ifort版本试试，更老的2017或者更新的（现在2019已经出update 3了）

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-26 03:25
好的非常感谢！

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-26 03:26

sobereva 发表于 2019-4-26 03:08
我没安装VASPsol
你再鼓捣鼓捣，或者换其它ifort版本试试，更老的2017或者更新的（现在2019已经出update ...

非常感谢！

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-26 03:42

sobereva 发表于 2019-4-26 03:08
我没安装VASPsol
你再鼓捣鼓捣，或者换其它ifort版本试试，更老的2017或者更新的（现在2019已经出update ...

再问个比较弱的问题：如何卸载原有的intel parallel 以及VASP？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-26 04:35

shiqiantao 发表于 2019-4-26 03:42
再问个比较弱的问题：如何卸载原有的intel parallel 以及VASP？

VASP直接删了就完了

要删除intel编译器，去安装目录里面找uninstall.sh

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-4-26 21:04
老师您好，我是在Ubuntun16.04系统下安装vasp。第一步：安装的是：Intel® Parallel Studio  2018 XE Cluster Edition ，再按照您的步骤第二步安装vasp5.4.4，make all 均没有问题，只是最后一步输入mpirun -np 4 vasp后显示如下，想请教您如何解决？谢谢您，耽误您时间了

[proxy:0:0@jime-TianYi510Pro-18ICB] HYDU_create_process (../../utils/launch/launch.c:827): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@jime-TianYi510Pro-18ICB] HYDU_create_process (../../utils/launch/launch.c:827): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@jime-TianYi510Pro-18ICB] HYDU_create_process (../../utils/launch/launch.c:827): execvp error on file vasp (No such file or directory)
[proxy:0:0@jime-TianYi510Pro-18ICB] HYDU_create_process (../../utils/launch/launch.c:827): execvp error on file vasp (No such file or directory)

which ifort    /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.5.274/linux/bin/intel64/ifort
which mpicc  /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.5.274/linux/mpi/intel64/bin/mpicc
我的Hg文件是在 /下载，vasp是安装在/software中

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 05:38

sobereva 发表于 2019-4-26 04:35
VASP直接删了就完了

要删除intel编译器，去安装目录里面找uninstall.sh

安装了一个update3，结果有点问题，重新安装想卸载的时候居然提示：the product installation directory determined by the unistaller is incrrect. 我还有什么其他办法卸载吗？

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 05:57

sobereva 发表于 2019-4-26 04:35
VASP直接删了就完了

要删除intel编译器，去安装目录里面找uninstall.sh

如果我直接删除掉intel文件见可以不可以算卸载？

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 06:01

sobereva 发表于 2019-4-26 04:35
VASP直接删了就完了

要删除intel编译器，去安装目录里面找uninstall.sh

老师好，完整提示是：the product installation directory determined by the uninstaller is incorret. Please ensure that the unistaller has been launched under the same user account as product was installed.

有没有其他暴力卸载的办法？

谢谢！

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 06:19

sobereva 发表于 2019-4-26 04:35
VASP直接删了就完了

要删除intel编译器，去安装目录里面找uninstall.sh

补充一下，都用的是root账户，也换了各种账户，不行啊。这是个bug吗？

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 06:52

sobereva 发表于 2019-4-26 04:35
VASP直接删了就完了

要删除intel编译器，去安装目录里面找uninstall.sh

一堆问题，不好意思，安装过程中有个提示：
Xorg X11 libXss runtime library is not found
The install program cannot detect the Xorg X11 libXss runtime library required by the graphical user interface of the product. Contact your system administrator to install the library or install the product on a compliant system.

The installed version of the Network Security Services library is not supported
The graphical user interface of the product requires Network Security Services library version 3.22 or higher. Contact your system administrator to install the library or install the product on a compliant system.

我选择不要安装那个graphical user interface 了。没啥问题吧？

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 06:56

飞翔的猪发表于 2019-4-26 21:04
老师您好，我是在Ubuntun16.04系统下安装vasp。第一步：安装的是：Intel® Parallel Studio 2018 XE C ...

你的路径设置对了不，是不是试一下mpirun -n 4 vasp_std?

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-4-27 08:30

shiqiantao 发表于 2019-4-27 06:56
你的路径设置对了不，是不是试一下mpirun -n 4 vasp_std?

感谢您提出的建议，运行mpirun -n 4 vasp_std后问题也是一样的，可能是因为我将vasp_std改名为了vasp，所以这块影响不大。

我是root权限下安装，bashrc中路径设置export PATH=$PATH:/software/vasp.5.4.4/bin 哪块儿出现了问题不是很清楚

非常感谢您提出建议，谢谢您

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 09:01

飞翔的猪发表于 2019-4-27 08:30
感谢您提出的建议，运行mpirun -n 4 vasp_std后问题也是一样的，可能是因为我将vasp_std改名为了vasp，所 ...

你的software是账号名字吗？还是他在root里面？

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-4-27 09:29

shiqiantao 发表于 2019-4-27 09:01
你的software是账号名字吗？还是他在root里面？

您好，software是系统里面的名称，我的理解是：跟win 10里面的D盘应该是一个东西，小白一只表达不准确的地方，还望多多指教

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 09:45

飞翔的猪发表于 2019-4-27 09:29
您好，software是系统里面的名称，我的理解是：跟win 10里面的D盘应该是一个东西，小白一只表达不准确 ...

如果你的software是在你的home文件夹里那应该是home/**（账户名）*/software

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-4-27 10:10

shiqiantao 发表于 2019-4-27 09:45
如果你的software是在你的home文件夹里那应该是home/**（账户名）*/software

您好谢谢您的回复不是在home中

jime@jime-TianYi510Pro-18ICB:/software/vasp.5.4.4$

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-27 10:33

飞翔的猪发表于 2019-4-27 10:10
您好谢谢您的回复不是在home中

jime@jime-TianYi510Pro-18ICB:/software/vasp.5.4.4$

客气了等版大回来弄吧

作者
Author: highlight 时间: 2019-4-27 11:14
本帖最后由 highlight 于 2019-4-27 12:34 编辑

飞翔的猪发表于 2019-4-27 08:30
感谢您提出的建议，运行mpirun -n 4 vasp_std后问题也是一样的，可能是因为我将vasp_std改名为了vasp，所 ...

建议学习一下什么是环境变量

我是root权限下安装，bashrc中路径设置export PATH=$PATH:/software/vasp.5.4.4/bin 哪块儿出现了问题不是很清楚

1.  不是 bashrc 是 .bashrc
2.  .bashrc 在每个账户的根目录下都有一个，如果你只在 root 里加了，换一般账户再运行，肯定会出错
3.  你可以直接运行 mpirun -np 4  /software/vasp.5.4.4/bin/vasp

作者
Author: highlight 时间: 2019-4-27 12:36

shiqiantao 发表于 2019-4-27 06:01
老师好，完整提示是：the product installation directory determined by the uninstaller is incorret. ...

不知道你要多暴力，不过可以看看
http://bbs.keinsci.com/thread-11177-1-1.html#pid76946

作者
Author: 飞翔的猪 时间: 2019-4-27 14:39

highlight 发表于 2019-4-27 11:14
建议学习一下什么是环境变量

1. 不是 bashrc 是 .bashrc

您的建议已经解决了我的问题，您说的很清楚我理解了您的意思，非常感谢您的回复，关于.bashrc相关的问题我还需要再学习，谢谢您的帮助

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-28 04:12

shiqiantao 发表于 2019-4-27 06:52
一堆问题，不好意思，安装过程中有个提示：
Xorg X11 libXss runtime library is not found
The instal ...

编译器有两个安装器，一个是图形界面的，一个是纯文本界面的，你当前是纯文本环境，应当用那个纯文本的安装器

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-28 04:13

shiqiantao 发表于 2019-4-27 05:38
安装了一个update3，结果有点问题，重新安装想卸载的时候居然提示：the product installation directory ...

这里有专门的关于卸载intel编译器的讨论
https://software.intel.com/en-us ... -or-not-functioning

作者
Author: shiqiantao 时间: 2019-4-28 05:01

sobereva 发表于 2019-4-28 04:13
这里有专门的关于卸载intel编译器的讨论
https://software.intel.com/en-us/articles/uninstall-intel-c ...

谢谢回复，最新进展：我万般无奈解决不了，于是想用另一个账号重新安装，结果提示我已经安装需要卸载，于是我卸载成功了。。。。。

作者
Author: 踏雪寻梅 时间: 2019-4-30 15:54
谢谢分享

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2019-5-3 16:58

obaica 发表于 2019-1-1 16:01

在申请学生版intel包的时候回给你一个序列号，同时会才另外一个地方产生.lic，需要重新下载

作者
Author: linuxprobe 时间: 2019-5-4 14:01
本帖最后由 linuxprobe 于 2019-5-4 14:03 编辑

sob老师，按照您的视频去安装时，最后make all到最后出现这样的报错，编译失败了。其他过程都和您的一样，请问是什么原因呢？该如何解决呢？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-4 17:21

linuxprobe 发表于 2019-5-4 14:01
sob老师，按照您的视频去安装时，最后make all到最后出现这样的报错，编译失败了。其他过程都和您的一样， ...

貌似是缺叫做fabric的库，想办法装系统里再试。我不用SUSE，细节情况我不清楚。

作者
Author: ylbt1989 时间: 2019-5-21 18:21
感谢sobereva老师，参考您B站的视频成功装上了VASP5.4.4版本，衷心感谢！！！

作者
Author: Scienceme 时间: 2019-5-26 22:56
学习量化学习计算物理和化学跟着卢老师 ~

作者
Author: 任我行天下 时间: 2019-5-27 17:01
问个比较简单问题，按视频编译完成后能做过渡态吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-5-28 05:59

任我行天下发表于 2019-5-27 17:01
问个比较简单问题，按视频编译完成后能做过渡态吗？

能

作者
Author: fallleave 时间: 2019-6-6 12:18
按社长说的编译成功，短时间的任务vasp也正常运行，但对于超过5个小时的任务，vasp的输出文件就停止更新了（top命令显示仍然在计算中），不知道为何？

作者
Author: lidong99 时间: 2019-6-13 00:52

小苹果发表于 2019-1-27 17:31
sob老师好，前面认真按照介绍逐步完成，最后make all编译时出现如下错误怎么回事？已经安装Intel mpi库了， ...

[root@localhost vasp.5.4.4]# make all
mkdir build/std ; \
cp src/makefile src/.objects makefile.include build/std ; \
make -C build/std VERSION=std all
mkdir: cannot create directory ‘build/std’: File exists
cp: cannot stat ‘src/makefile’: No such file or directory
cp: cannot stat ‘src/.objects’: No such file or directory
make[1]: Entering directory `/lidong/vasp.5.4.4/build/std'
make[1]: *** No rule to make target `all'. Stop.
make[1]: Leaving directory `/lidong/vasp.5.4.4/build/std'
make: *** [std] Error 2

作者
Author: yufeng 时间: 2019-8-14 10:40
老师，没有root账户可以装intel编译器吗，学校超算的比较老了，想自己装一个

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-15 08:10

yufeng 发表于 2019-8-14 10:40
老师，没有root账户可以装intel编译器吗，学校超算的比较老了，想自己装一个

可以

作者
Author: jjsony 时间: 2019-8-21 21:56
老师，我输入./install_GUI.sh回车后又返回输入行怎么解决啊

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-22 00:31

jjsony 发表于 2019-8-21 21:56
老师，我输入./install_GUI.sh回车后又返回输入行怎么解决啊

不在现场说不清楚。理应不该什么提示都没有。并且要确保你当前是在图形环境中，否则安装的图形界面出不来。

作者
Author: abin 时间: 2019-8-24 18:48
视频链接：
https://www.bilibili.com/video/av65175173/

视频内容：
在CentOS7系统，使用GNU编译套件，从源码编译安装vasp544。
含必要的字幕和语音旁白。

作者
Author: zhaoshuo168 时间: 2019-8-28 19:17

dt97511 发表于 2019-4-14 17:42
终于抽空把系统由换回了centos7.6试了一下，但去掉-xhost，-O2改成O1,O0都不行，执行命令ulimit -s unlim ...

同学我也遇到了你的问题，应该是gcc路径出现了问题，我装了一下gcc-c++就好了
命令是
yum install gcc-c++
之后就可以正常编译了
希望能帮助你

作者
Author: vayne 时间: 2019-8-29 21:53
社长请问Ubuntu18.04.2的操作系统下安装VASP时的安装步骤有什么差别吗?

作者
Author: sobereva 时间: 2019-8-30 04:24

vayne 发表于 2019-8-29 21:53
社长请问Ubuntu18.04.2的操作系统下安装VASP时的安装步骤有什么差别吗?

先照着装，遇到问题再根据提示解决。死活装不上就换CentOS。我讨厌Ubuntu，也没试过在Ubuntu下安装。

作者
Author: vayne 时间: 2019-8-30 08:15

sobereva 发表于 2019-8-30 04:24
先照着装，遇到问题再根据提示解决。死活装不上就换CentOS。我讨厌Ubuntu，也没试过在Ubuntu下安装。

好吧谢谢老师- -

作者
Author: vayne 时间: 2019-9-2 09:46
老师请问为什么不需要序列号呢

作者
Author: vayne 时间: 2019-9-2 10:10

alonewolfyang 发表于 2019-5-3 16:58
在申请学生版intel包的时候回给你一个序列号，同时会才另外一个地方产生.lic，需要重新下载

在哪个地方产生lic呢

作者
Author: vayne 时间: 2019-9-2 16:00
感谢老师，结合您和网上的一些教程，我在Ubuntu的操作系统下已成功安装VASP5.4.1 。感恩！！！！

作者
Author: urnotaltman 时间: 2019-9-13 22:59

vayne 发表于 2019-9-2 10:10
在哪个地方产生lic呢

会发邮件给你的，另外如果有序列号的话可以直接使用。

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2019-10-16 13:56
本帖最后由 Feltonbaby 于 2019-10-16 17:27 编辑

makefile.include 文件中的 mpiifort 应该写为mpifort才可以成功编译，刚开始一直按照arch文件夹中的默认参数来的结果总报错
问题找到了，我的openmpi环境没有设置好导致的。设置好之后全部运行正常

作者
Author: Feltonbaby 时间: 2019-10-16 17:30

dt97511 发表于 2019-2-25 17:50
我按照视频中的步骤安装好VASP5.4.4后，进行了对原胞的收敛性测试，准备开始进行正式的结构弛豫计算，但一 ...

我今天也遇到这个错误，我运行的vasp 5.4.4，后来发现出现这个错误的原因是我编译vasp时用的intel的mpi但是运行时用的openmpi导致的，需要保证编译vasp和运行vasp时是否使用同一个并行库。

作者
Author: 408693878 时间: 2019-10-25 21:31
sob老师，我的电脑有2个处理器，每个处理器14核，28线程，VM最大支持的内核数最多是16怎么办呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-10-26 04:09

408693878 发表于 2019-10-25 21:31
sob老师，我的电脑有2个处理器，每个处理器14核，28线程，VM最大支持的内核数最多是16怎么办呢？

开两个虚拟机跑不同任务，或者用实体linux
一般双路服务器都是主要做计算任务用，一般都应当装实体linux。如果确实要在这个机子上偶尔跑点windows下的程序，可以用linux版vmware装windows虚拟机

作者
Author: fineren 时间: 2019-10-26 11:39
感谢社长为计算化学做出卓越贡献

作者
Author: 老白 时间: 2019-10-31 11:49
谢谢sob君，完全零基础，一步一步安装成功

作者
Author: wypkdhd 时间: 2019-11-14 10:38
谢谢老师，先收藏了。

作者
Author: qxx 时间: 2019-11-23 11:34

Feltonbaby 发表于 2019-10-16 13:56
makefile.include 文件中的 mpiifort 应该写为mpifort才可以成功编译，刚开始一直按照arch文件夹中的默认 ...

非常感谢您，安装好之后也出现了不能运行的问题，实在不知道该咋办，安装您提供的方法修改了makefile.include后，就可以计算了，太感谢了

作者
Author: B0xer 时间: 2019-11-27 15:53
sob老师，为什么我测试的时候报错 Error reading item 'VCAIMAGES' from file INCAR.呀

作者
Author: steve 时间: 2019-11-30 10:02
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