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标题: 用VMD的TCL脚本把Multiwfn的结果标记到原子上的方法 [打印本页]

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Author: ggdh 时间: 2019-1-4 12:30
标题: 用VMD的TCL脚本把Multiwfn的结果标记到原子上的方法
本帖最后由 ggdh 于 2020-6-15 15:15 编辑

在vmd中标记原子的方法参考：
在VMD中显示原子序号的方法
Multiwfn可以产生各种划分到原子上的信息，比如轨道分布，原子电荷等等。如果能把这些信息标记到原子上，一目了然。如果嫌直接显示标签太乱，看不清，可以使用
使用Multiwfn+VMD以原子着色方式表现原子电荷、自旋布居、电荷转移、简缩福井函数

这里记录，如何把HOMO轨道的分布标记到原子上的过程：
1.进行Gaussian运算，产生fchk。
2.用Multiwfn处理fchk文件，使用8 2 功能对HOMO轨道做SCPA分解。
3.把产生的轨道分布信息复制到excel中，格式改为保留2位小数，然后在复制出来，到Notepad++中，保存为文件（附件中的的orb_comp.txt文件）
4.把gaussian的log文件转换成vmd可以打开的结构文件，这里我转成了mol2文件（附件中的NCPCN.mol2)
5.用vmd打开mol2文件，然后打开tk console，把下面的程序复制过去：

proc labelAtoms {filename seltext} {
set molid [molinfo top]
set sel [atomselect top all]
set atomlist [$sel list]
set label_data [split [read [open $filename r]] "\n"]
set i 0
label delete Atoms all
foreach {atom} $atomlist {data} $label_data {
set atomlabel [format "%d/%d" $molid $atom]
label add Atoms $atomlabel
label textformat Atoms $i $data
incr i
}
label hide Atoms
set selshow [atomselect top $seltext]
set atomlist [$selshow list]
foreach {atom} $atomlist {
label show Atoms $atom
}
$sel delete
}

复制代码

6.继续在Tk console 中输入

labelAtoms "D:/orb_comp.txt" all

复制代码

注意这里的D:/orb_comp.txt 为你实际放置标签信息的位置
最后效果如下 (, 下载次数 Times of downloads: 53) 注意：label的颜色在Graphics-->color 中调节，而label的大小在Graphics-->Labels中调节

可以看到H原子上的HOMO轨道占据基本都是0，为了使得显示更简洁，可以把H上的标签全部去掉
输入命令

labelAtoms "D:/orb_comp.txt" "not name \"H.*\""

复制代码

(, 下载次数 Times of downloads: 70)
可以看到，清楚了不少。

最后附上另外一种方法，首先定义程序：

proc labelAtoms {molid seltext label_format} {
label delete Atoms all
set sel [atomselect $molid $seltext]
set i 0
set atomlist [$sel list]
foreach {atom} $atomlist {
set atomlabel [format "%d/%d" $molid $atom]
label add Atoms $atomlabel
label textformat Atoms $i $label_format
incr i
}
$sel delete
}

复制代码

然后使用上面的程序
使用方法是
labelAtoms 0 all “%a-%i-%q”
可以显示所有原子的原子名称，序号和电荷，
这个电荷是写在mol2文件中的最后一列里面（具体位置参考附件中的mol2文件），因此我们可以把Multiwfn产生的各种信息当作电荷，替换mol2文件中原本放电荷的位置，让vmd显示出来。
这里的标签格式可以自行指定。具体有哪些格式可以参考：

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