计算化学公社

标题: ORCA的mpi选择问题 [打印本页]

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作者
Author: 中二晚期    时间: 2019-1-4 11:58
标题: ORCA的mpi选择问题


想请教一下大家，当我使用脚本交作业的时候，我把openmpi与ORCA的环境变量都写进了脚本，作业能正常运行。但是集群上编译了多个openmpi版本，那么在跑的ORCA任务使用的openmpi是我写进脚本里的openmpi吗？还是使用的其它版本的mpi？另外，在ORCA4.1版本刚放出来的时候下的安装包是不是有bug，那段时间有的4.1版本的安装包又被撤下了。

输出文件的开头如下，所以有些困惑

Jobexecution start: Fri Jan  4 10:15:32 CST2019

Sharedlibrary path: /mnt/data//prog/ORCA/openmpi2.1.5/lib:/home/intel2015//impi/5.0.1.035/intel64/lib:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/compiler/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/mpirt/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/ipp/../compiler/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/ipp/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/compiler/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/mkl/lib/intel64:/home/intel2015/composer_xe_2015.0.090/tbb/lib/intel64/gcc4.4:/public/software/gnu/amber18-openmpi/lib:/public/software/gnu/amber18-serial/lib:/public/software/gnu/Python-2.7.15/lib:/public/software/gnu/zlib-1.2.11/lib:/public/software/gnu/bzip2-1.0.6/lib:/public/software/gnu/openmpi-1.6.5/lib:/public/software/gnu/blcr-0.8.5/lib:/public/software/gnu/hwloc-1.8.1/lib:/mnt/data/prog/ORCA/openmpi-3.1.3/lib:/home/prog/g16/g16/bsd:/home/prog/g16/g16:/public/software/gnu/Python-3.6.6/lib::/opt/python/lib:/home/prog/g16/gv/lib:/mnt/data/prog/ORCA/orca_4_1_0_linux_x86-64_shared_openmpi313

PBSJob ID is: 3528.rmdx-cluster.edu.com.cn

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作者
Author: 沙漠猎人    时间: 2019-1-4 12:06
不知道我理解的对不对，ORCA的并行好像是这样的：http://sobereva.com/214

“在输入文件里写成%pal nprocs x end，x是调用的核数，无上限”

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作者
Author: 中二晚期    时间: 2019-1-4 12:17

沙漠猎人 发表于 2019-1-4 12:06
不知道我理解的对不对，ORCA的并行好像是这样的：http://sobereva.com/214

“在输入文件里写成%pal npro ...

不是并行的问题，可以并行。可不知道用的是不是我写在脚本里的mpi版本

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作者
Author: sobereva    时间: 2019-1-4 12:41
which mpirun，看显示的是哪个路径下的
最初的ORCA 4.1包没有问题，我这里按我博文方式安装，并行没问题。只不过后来又补充上了openmpi 2.1.5的ORCA包（大抵是某些用户反映在3.1.3下并行有问题所致）

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作者
Author: 中二晚期    时间: 2019-1-4 13:38

sobereva 发表于 2019-1-4 12:41
which mpirun，看显示的是哪个路径下的
最初的ORCA 4.1包没有问题，我这里按我博文方式安装，并行没问题。 ...

社长，which mpirun 指向的不是我新装的mpi版本，但我交作业脚本里写的是新装的mpi的环境变量，作业能正常的跑。还是不知道到底用的是那个mpi

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作者
Author: Hongshu    时间: 2019-1-4 15:44
可以这样，把pbs脚本里的环境变量单独复制出来在命令行下运行一次，再which mpirun，如果显示的是你新安装的，那程序运行时就是用的你新安装的

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作者
Author: 中二晚期    时间: 2019-1-4 16:38

Hongshu 发表于 2019-1-4 15:44
可以这样，把pbs脚本里的环境变量单独复制出来在命令行下运行一次，再which mpirun，如果显示的是你新安装 ...

可以的

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作者
Author: bluewhale    时间: 2019-1-4 17:06
如果集群软件越来越多，运行环境也多种多样，可以考虑使用module。

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