计算化学公社

标题: 采用双基组计算QST2出问题 [打印本页]

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-7 21:50
标题: 采用双基组计算QST2出问题
各位前辈好！我想模拟金团簇连接有机分子发生异构的中间态，对于金属和有机原子分别采用不同基组，但是据此写成的gjf文件有问题，找不出来哪里错误。
这是输入文件，顺便将gjf输入文件上传，烦请指点，感谢！
%nprocshared=20
%mem=20GB
%chk=sh-au-reaction.chk
# opt=qst2 b3lyp/genecp geom=connectivity

Title Card Required

0 1
C                3.12149800 -0.25385200 -0.84865900
C                4.44486500 0.70582700 0.75164100
C                5.41626500 -0.31655000 0.65697100
C                5.20950900 -1.41626400 -0.29125900
H                3.89891600 2.53300800 1.73008300
C                4.64983600 1.75533600 1.66446500
C                6.56428100 -0.28058200 1.46001200
C                6.75102400 0.76110400 2.35244200
C                5.78889500 1.77916000 2.45062700
H                7.28810800 -1.08046100 1.36153100
H                7.63775300 0.79247200 2.97437700
H                5.93869100 2.59315800 3.15108500
N                3.29031100 0.71665900 -0.02415500
N                4.00952000 -1.29027500 -1.01205400
H                3.81821100 -2.02479400 -1.68192700
O                5.94938100 -2.36205700 -0.48540300
S                1.69683200 -0.30849600 -1.94596400
Au                0.08600600 -1.68196800 -0.70945600
Au                0.27278000 1.44628600 -0.96666400
Au             -1.98573000 -2.58654100 0.73021000
Au             -1.68139400 2.81477500 0.26287800
Au             -1.83219300 0.11667900 0.50024200

1 13 2.0 14 1.5 17 1.0
2 3 1.5 6 1.5 13 1.0
3 4 1.0 7 1.5
4 14 1.0 16 2.0
5 6 1.0
6 9 2.0
7 8 2.0 10 1.0
8 9 1.5 11 1.0
9 12 1.0
10
11
12
13
14 15 1.0
15
16
17 18 1.0 19 1.0
18 20 1.0 19 1.0 22 1.0
19 21 1.0 22 1.0
20 22 1.0
21 22 1.0
22

C 1-4 6-9
6-311+g(d,p)
****
H 5 10-12 15
6-311+g(d,p)
****
N 13-14
6-311+g(d,p)
****
O 0
6-311+g(d,p)
****
S 0
6-311+g(d,p)
****
Au 18-22
lanl2dz
****

Au 18-22
lanl2

Title Card Required

0 1
C                3.13336400 -0.22207800 -0.84789500
C                4.40433400 0.76205400 0.75435200
C                5.37945100 -0.26747300 0.63580000
C                5.07340900 -1.27725300 -0.33586500
H                3.86281200 2.57647700 1.76698000
C                4.61690900 1.80318300 1.68941800
C                6.53718800 -0.23019900 1.44562600
C                6.72086800 0.79461400 2.34688500
C                5.75258500 1.81575700 2.46573300
H                7.29723400 -1.00269000 1.37339700
H                7.60955300 0.81981200 2.96596800
H                5.90927200 2.61643800 3.17953300
N                3.27171000 0.77101100 -0.00817600
N                3.98381900 -1.25388000 -1.05539800
S                1.69373400 -0.24971000 -1.93682500
Au                0.11763200 -1.67076700 -0.71995000
Au                0.25123000 1.46376700 -0.96942500
Au             -1.94318600 -2.61767200 0.72058500
Au             -1.73647100 2.78847200 0.27541800
Au             -1.82975300 0.08817400 0.50082900
O                5.89462000 -2.31745400 -0.57048000
H                6.67040600 -2.27247700 -0.00130900

1 13 2.0 14 1.5 15 1.0
2 3 1.5 6 1.5 13 1.5
3 4 1.5 7 1.5
4 14 2.0 21 1.0
5 6 1.0
6 9 2.0
7 8 2.0 10 1.0
8 9 1.5 11 1.0
9 12 1.0
10
11
12
13
14
15 16 1.0 17 1.0
16 18 1.0 17 1.0 20 1.0
17 19 1.0 20 1.0
18 20 1.0
19 20 1.0
20
21 22 1.0
22

C 1-4 6-9
6-311+g(d,p)
****
H 5 10-12 22
6-311+g(d,p)
****
N 13-14
6-311+g(d,p)
****
O 0
6-311+g(d,p)
****
S 0
6-311+g(d,p)
****
Au 16-20
lanl2dz
****

Au 16-20
lanl2

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-7 21:54
我是先分别优化原料和产物的，采用的泛函基组与此QST2的gjf输入相同。
参照论坛里面大家的qst2输入方式和社长在 http://bbs.keinsci.com/thread-11624-1-1.html 上传的gjf文件，但是我这个有问题，所以烦请大家指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-7 23:16
先把两帧的原子顺序都对上再说别的，顺序都不对根本没法算
尽量用opt=TS，麻烦少得多

作者
Author: LGC020305 时间: 2019-1-7 23:35
1. 保证qst2中两个结构所有原子序号一样，如Sob君所述
2. 更改之后的输入文件样式如下：仔细对照不同之处%nprocshared=20
%mem=20GB
%chk=sh-au-reaction.chk
# opt=qst2 b3lyp/genecp

structure1

0 1
C                3.12149800 -0.25385200 -0.84865900
C                4.44486500 0.70582700 0.75164100
C                5.41626500 -0.31655000 0.65697100
C                5.20950900 -1.41626400 -0.29125900
H                3.89891600 2.53300800 1.73008300
C                4.64983600 1.75533600 1.66446500
C                6.56428100 -0.28058200 1.46001200
C                6.75102400 0.76110400 2.35244200
C                5.78889500 1.77916000 2.45062700
H                7.28810800 -1.08046100 1.36153100
H                7.63775300 0.79247200 2.97437700
H                5.93869100 2.59315800 3.15108500
N                3.29031100 0.71665900 -0.02415500
N                4.00952000 -1.29027500 -1.01205400
H                3.81821100 -2.02479400 -1.68192700
O                5.94938100 -2.36205700 -0.48540300
S                1.69683200 -0.30849600 -1.94596400
Au                0.08600600 -1.68196800 -0.70945600
Au                0.27278000 1.44628600 -0.96666400
Au             -1.98573000 -2.58654100 0.73021000
Au             -1.68139400 2.81477500 0.26287800
Au             -1.83219300 0.11667900 0.50024200

Structure 2

0 1
C                3.13336400 -0.22207800 -0.84789500
C                4.40433400 0.76205400 0.75435200
C                5.37945100 -0.26747300 0.63580000
C                5.07340900 -1.27725300 -0.33586500
H                3.86281200 2.57647700 1.76698000
C                4.61690900 1.80318300 1.68941800
C                6.53718800 -0.23019900 1.44562600
C                6.72086800 0.79461400 2.34688500
C                5.75258500 1.81575700 2.46573300
H                7.29723400 -1.00269000 1.37339700
H                7.60955300 0.81981200 2.96596800
H                5.90927200 2.61643800 3.17953300
N                3.27171000 0.77101100 -0.00817600
N                3.98381900 -1.25388000 -1.05539800
S                1.69373400 -0.24971000 -1.93682500
Au                0.11763200 -1.67076700 -0.71995000
Au                0.25123000 1.46376700 -0.96942500
Au             -1.94318600 -2.61767200 0.72058500
Au             -1.73647100 2.78847200 0.27541800
Au             -1.82975300 0.08817400 0.50082900
O                5.89462000 -2.31745400 -0.57048000
H                6.67040600 -2.27247700 -0.00130900

C
6-311+g(d,p)
****
H
6-311+g(d,p)
****
N
6-311+g(d,p)
****
O
6-311+g(d,p)
****
S
6-311+g(d,p)
****
Au
lanl2dz
****

Au
lanl2

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-8 09:17

sobereva 发表于 2019-1-7 23:16
先把两帧的原子顺序都对上再说别的，顺序都不对根本没法算
尽量用opt=TS，麻烦少得多

谢谢sob老师，我想的是先用QST2找出中间态，看看与我的猜想是否一致

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-8 09:19

LGC020305 发表于 2019-1-7 23:35
1. 保证qst2中两个结构所有原子序号一样，如Sob君所述
2. 更改之后的输入文件样式如下：仔细对照不同之处% ...

谢谢前辈指点！
还想问一下geom=connectivity这个如果加上的话是不是需要再修改gjf文件了？因为这个加上就要分别写上原料和产物的分子序数的关系了

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-8 09:38

sobereva 发表于 2019-1-7 23:16
先把两帧的原子顺序都对上再说别的，顺序都不对根本没法算
尽量用opt=TS，麻烦少得多

sob老师，我心中还有一个疑问想要请教您。
我这个产物和原料的原子序数是对应gview显示来写的，但是对于这种写两个分子的gjf输入文件用双基组计算，若两个分子的各个原子序数不是完全一致，那么就不能分别对原料、产物各原子定义基组，而是需要向三楼这位前辈这样定义基组才可？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-1-8 11:11
本帖最后由 zjxitcc 于 2019-1-8 11:13 编辑

zhangwei2713 发表于 2019-1-8 09:38
sob老师，我心中还有一个疑问想要请教您。
我这个产物和原料的原子序数是对应gview显示来写的，但是对于 ...

否。一定要原子顺序完全对应一致，这是前提。顺序错了即使基组写对了也毫无意义。
其次才是基组问题。不用4#那么麻烦，直接
[空行]
C H O N S 0（即数字0）
6-311+G(d,p)
****
Au 0
LANL2DZ
****
[空行]
Au 0
LANL2
[空行]
[空行]

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-8 14:31

zjxitcc 发表于 2019-1-8 11:11
否。一定要原子顺序完全对应一致，这是前提。顺序错了即使基组写对了也毫无意义。
其次才是基组问题。不 ...

还是不大明白，想要请教您。
我的这个原料最后五个原子是Au，产物最后五个原子是Au、Au、Au、O、H，所以前后两个分子的原子序数是不一样的啊。
您这个“原子顺序完全对应一致”意思是表示在定义各个原子的基组时需要一致是吗？就是说像我一开始那么定义是不对的，因为前后两个分子的各个原子序数不对应，把序数删除，将原子基组定义写在一起即可。
不知道理解对不对，还麻烦指点指点

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-1-8 15:06

zhangwei2713 发表于 2019-1-8 14:31
还是不大明白，想要请教您。
我的这个原料最后五个原子是Au，产物最后五个原子是Au、Au、Au、O、H，所以 ...

先把反应物和产物的原子序数手动调成一致。以GV 6.0为例，在Tools -> Atom List里调；或者自己打开gjf文件手动编辑。不然计算没有任何意义。
举例：对HCN单分子反应，在反应物、过渡态和产物里都必须是H 1; C 2; N 3的顺序。
有问题多读官方手册http://gaussian.com/opt/，里面白纸黑字斜体强调
“The order of the atoms must be identical within all molecule specifications.”

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-8 15:07

zjxitcc 发表于 2019-1-8 15:06
先把反应物和产物的原子序数手动调成一致。以GV 6.0为例，在Tools -> Atom List里调；或者自己打开gjf文 ...

谢谢您的指导！感谢

作者
Author: zhangwei2713 时间: 2019-1-8 21:08

zjxitcc 发表于 2019-1-8 15:06
先把反应物和产物的原子序数手动调成一致。以GV 6.0为例，在Tools -> Atom List里调；或者自己打开gjf文 ...

还麻烦请教一下，我这个gjf提交后总是得不到输出结果，log文件显示
RedCar/ORedCr failed for GTrans.
Error termination via Lnk1e in /share/apps/G16A3source/g16/l101.exe
我的原子序数也都一一对应了，仔细查点了，gjf文件应该是没啥错误了（附件为输入文件）另外想问一下qst2方法只能得到原料和产物之间的一个中间态，如果中间态好几个应该是不能得到的吧？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-1-8 21:36

zhangwei2713 发表于 2019-1-8 21:08
还麻烦请教一下，我这个gjf提交后总是得不到输出结果，log文件显示
RedCar/ORedCr failed for GTrans.
...

假设你做的是H转移反应，这样的H转移显然很难一步到位。转移后的H虽说是O-H键，但应该介于N和O之间，不太可能处于远端。解决方法一是调整结构，使得O-H键摆到接近N的位置；解决方法二是不用QST2，自己搭过渡态结构，直接上opt=TS。

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