计算化学公社

标题: 分子对接的配体在对接前有必要用量化的方法优化吗？ [打印本页]

作者
Author: jase20 时间: 2019-1-9 21:12
标题: 分子对接的配体在对接前有必要用量化的方法优化吗？
因为量化opt的话，只是寻找相对的最低能构象吧？对于键长和键角会有一些调整。
但是分子对接的话，优化过后的小分子结构也许并不对应其与大分子结合后的最低能构象，而且对于一些可旋转的键，其角度也会根据口袋的大小发生变化，所以在作分子对接的时候，有必要对小分子进行结构上的优化吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-9 22:09
看具体情况，如果初始结构可能太糟糕，比如某些键长键角明显不合理，那也最好优化一下。用半经验，哪怕优化上百原子体系也就一两分钟的事，用xtb优化甚至耗时更低，如果用MMFF94之类力场优化也就是几秒钟的事（用openbabel可以很方便地批处理），何乐而不为。

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2019-1-10 15:22
(1)分子对接前，受体和配体都是需要进行处理的，如加氢、去水、质子化、补全loop等
(2)小分子的结构是否需要量子力学进行优化，这得看你分子对接所使用的算法是什么？分子对接的目的是什么？通常，分子对接都会产生数个不同的分子构象。当然，你也可以设置，让对接算法就按照你提供的初始构象进行对接

作者
Author: jase20 时间: 2019-1-10 19:32

Chenglong_li 发表于 2019-1-10 15:22
(1)分子对接前，受体和配体都是需要进行处理的，如加氢、去水、质子化、补全loop等
(2)小分子的结构是否需 ...

哦哦，谢谢拉～第一步我可以在MGLtools里弄得好

作者
Author: jase20 时间: 2019-1-10 19:33

sobereva 发表于 2019-1-9 22:09
看具体情况，如果初始结构可能太糟糕，比如某些键长键角明显不合理，那也最好优化一下。用半经验，哪怕优化 ...

谢谢社长大大，培训这么忙还能回答我的问题，真是非常感谢拉

作者
Author: 知黑守白 时间: 2020-7-30 14:26

Chenglong_li 发表于 2019-1-10 15:22
(1)分子对接前，受体和配体都是需要进行处理的，如加氢、去水、质子化、补全loop等
(2)小分子的结构是否需 ...

请教一个基础问题，您说的加氢，是指所有氢还是极性氢就可以呢？

作者
Author: Chenglong_li 时间: 2020-8-1 20:09

知黑守白发表于 2020-7-30 14:26
请教一个基础问题，您说的加氢，是指所有氢还是极性氢就可以呢？

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作者
Author: zako 时间: 2020-8-1 21:50
Is it a good idea to optimize the protein befor docking ?

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2020-8-6 09:25

zako 发表于 2020-8-1 21:50
Is it a good idea to optimize the protein befor docking ?

看你蛋白是怎么来的，如果是从晶体来的，那不用在对接前优化，如果是半柔性对接只要选择好柔性残基就可以了。
如果蛋白本身是同源建模的，可以用力场优化一下，一般来说OPLS2005或者Amber力场，还有新出的GFN-FF都可以。

作者
Author: fffff 时间: 2020-12-30 06:26

Chenglong_li 发表于 2019-1-10 15:22
(1)分子对接前，受体和配体都是需要进行处理的，如加氢、去水、质子化、补全loop等
(2)小分子的结构是否需 ...

请问您说的质子化是什么意思呢？和赋予电荷类型一样吗？

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