计算化学公社

标题: 如何证明反应机理、中间体的合理性？ [打印本页]

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-1-13 22:14
标题: 如何证明反应机理、中间体的合理性？
对一个有机反应，提出了过渡态和中间体，计算了 IRC 和 free energy profile，能量上合理，也与实验结果吻合。
但审稿人还要求进一步证明我提出的中间体和反应机理的合理性，而不仅仅是讨论IRC和能量。
不知这该从哪里下手呢？老师们可以提供一些思路吗？（审稿人的意思是通过计算分析来证明，不是通过实验手段。）

作者
Author: 18783980657 时间: 2019-1-14 10:04
我最近也是遇到这个问题，就是如何分析你的中间体或者过渡态是合理的，讲明了就是要进一步深入，虽然势能面是和实验一致，但是也要分析的，不过这个要看具体情况分析的，不同的过渡态过程分析方法是不一样的。我也很愁

作者
Author: daxiali 时间: 2019-1-14 11:13
我认为可以计算其它可能路径的过渡态，比较不同反应路径活化能大小。

作者
Author: niobium 时间: 2019-1-14 11:35
非要这么严格，那就是像楼上说的，找多种可能的反应路径，比较能垒

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-1-14 12:25
本帖最后由霜晨月于 2019-1-14 13:38 编辑

niobium 发表于 2019-1-14 11:35
非要这么严格，那就是像楼上说的，找多种可能的反应路径，比较能垒

嗯，其实还是讨论能量，我能想到的也只有这些。

审稿人是这么说的：
However, only energetic profiles are discussed. I would have expected some rationalization of the mechanism based on reactivity descriptors or chemical properties.
似乎是要求除了讨论能量，还要用reactivity descriptors or chemical properties来表明反应机理的合理性

我想，能否通过分析波函数，证明中间体和过渡态是稳定的，所以这个反应机理是合理的？（但该分析哪些内容，我也没有idea）

作者
Author: niobium 时间: 2019-1-14 15:24

霜晨月发表于 2019-1-14 12:25
嗯，其实还是讨论能量，我能想到的也只有这些。

审稿人是这么说的：

这个就要请教卢老师了。或者查查文献里面是怎么算的。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-1-14 18:30

niobium 发表于 2019-1-14 15:24
这个就要请教卢老师了。或者查查文献里面是怎么算的。

卢老师昨天刚上完课，应该是休息中。。。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-1-17 22:39
本帖最后由霜晨月于 2019-1-17 22:42 编辑

折腾了很久，还是不知如何下手。
继续请教各位老师

作者
Author: dongt 时间: 6 day ago

霜晨月发表于 2019-1-17 22:39
折腾了很久，还是不知如何下手。
继续请教各位老师

请问最后怎么解决的呢

作者
Author: Luciferly 时间: 前天 10:25
你这种情况可以对关键的过渡态做波函数分析，比如拿到BCP，ADCH这类数据进一步佐证你的动力学结论。审稿人那意思应该也是让你用描述符做反应性相关的计算

作者
Author: Huschein 时间: 前天 22:34
做做福井描述符或者一些相关的分析

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