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标题: ParmEd的in文件读取不了 [打印本页]

作者
Author: amagi 时间: 2019-1-15 15:13
标题: ParmEd的in文件读取不了
大家好，我想将amber的prmtop文件转化为psf文件，google了一下可以使用parmed，但无法读取网上抄下来的in文件如下import parmed as pmd
amber = parmed.load_file('CPC.prmtop')
amber.save('CPC.psf')

命令： parmed -i aaa

报错：ParmEd: a Parameter file Editor

['aaa']
Reading actions from aaa

import command not recognized
amber command not recognized
amber.save('CPC.psf') command not recognized
Done!

作者
Author: ggdh 时间: 2019-1-15 15:30
你用的是python调用parmed 库的脚本文件
不是amber下parmed命令使用的脚本文件
parmed命令使用的脚本命令的格式在amber手册中有。转换成psf的命令格式如下
chamber -top <RTF> -param <PAR> -str <STR> -psf <PSF> [-crd <CRD>] [-nocmap] [-box <a,b,c[,a;b; g]>|bounding] [-radii <radiusset>]

作者
Author: amagi 时间: 2019-1-15 16:27

ggdh 发表于 2019-1-15 15:30
你用的是python调用parmed 库的脚本文件
不是amber下parmed命令使用的脚本文件
parmed命令使用的脚本命令 ...

谢谢解答，感觉明朗了很多
我现在aaa里写chamber -psf CPC.psf，然后在外面parmed -p CPC.prmtop -c CPC.inpcrd -i aaa -O，
显示ParmEd: a Parameter file Editor

Loaded Amber topology file CPC.prmtop with coordinates from CPC.inpcrd

['aaa']
Reading actions from aaa

Action chamber failed
InputError: No parameter files were provided!

是不是转化psf还需要其他的输入文件？我手头只有amber的文件。

作者
Author: ggdh 时间: 2019-1-15 22:06

amagi 发表于 2019-1-15 16:27
谢谢解答，感觉明朗了很多
我现在aaa里写chamber -psf CPC.psf，然后在外面parmed -p CPC.prmtop -c CPC ...

我刚看了下。好像是amber自带的parmed只支持把charm 转换成amber，不能双向转换。
你也可以去研究下amber手册。
如果确实不行，还是装个anaconda 然后装parmed 的python 库写python脚本比较好。
parmed 的python版本强大的多。就是手册写的不行

作者
Author: chenxianzhao 时间: 2021-1-25 18:53

ggdh 发表于 2019-1-15 22:06
我刚看了下。好像是amber自带的parmed只支持把charm 转换成amber，不能双向转换。
你也可以去研究下ambe ...

麻烦请教一下如何用parmed把Gromacs的输入文件top和gro转换成amber格式，我装好parmed了，但是按照parmed里的教程输代码没有成功，显示没有GromacsTopologyFile这个模块是怎么回事？

作者
Author: 科研狗 时间: 2022-6-8 15:32

chenxianzhao 发表于 2021-1-25 18:53
麻烦请教一下如何用parmed把Gromacs的输入文件top和gro转换成amber格式，我装好parmed了，但是按照parmed ...

你好，最近我也遇到同样的问题，怎么用parmed转化GROMACS转化为Amber格式的，你已经解决了吗

作者
Author: linlinlin 时间: 2023-5-17 11:26
你好，请问你学会了怎么用parmed转化GROMACS转化为Amber格式了吗，可以教教我吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-17 11:50

linlinlin 发表于 2023-5-17 11:26
你好，请问你学会了怎么用parmed转化GROMACS转化为Amber格式了吗，可以教教我吗？

北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt：

(, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: linlinlin 时间: 2023-5-17 15:11

sobereva 发表于 2023-5-17 11:50
北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt：

谢谢sob老师！在提交后我出现了parmed.exceptions.PreProcessorError: Could not find topol_Protein_chain_A.itp的错误，请问是我的gro文件有问题吗？E:\Pictures\Saved Pictures\微信图片_20230517150632.jpg

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-17 16:47

linlinlin 发表于 2023-5-17 15:11
谢谢sob老师！在提交后我出现了parmed.exceptions.PreProcessorError: Could not find topol_Protein_cha ...

贴图方式不对，好好看置顶新社员必读贴

路径问题

作者
Author: linlinlin 时间: 2023-5-17 22:12

sobereva 发表于 2023-5-17 16:47
贴图方式不对，好好看置顶新社员必读贴

路径问题

收到！

不太清楚sob老师您说的是哪个路径，我修改了topol.top文件中立场、水、离子的几个itp文件路径为绝对路径，但还是报一样的错为parmed.exceptions.PreProcessorError: Could not find topol_Protein_chain_A.itp。请问我该怎么修改？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-18 00:05

linlinlin 发表于 2023-5-17 22:12
收到！

不太清楚sob老师您说的是哪个路径，我修改了topol.top文件中立场、水、离子的几个itp文件路径 ...

所有这些文件都放到当前目录下再试，top里include这些文件也只写文件名

作者
Author: linlinlin 时间: 2023-5-18 09:40

sobereva 发表于 2023-5-18 00:05
所有这些文件都放到当前目录下再试，top里include这些文件也只写文件名

谢谢sob老师的回复！

我把forcefiled.itp ions.itp tip3p.itp都复制到了当前文件夹中，运行test.py，出现could not find ffbonded.itp和ffnonbonded.itp的报错，我再将这两个复制到当前文件夹中，运行test.py，出现之前的报错parmed.exceptions.PreProcessorError: Could not find topol_Protein_chain_A.itp。请问我该怎么修改？

作者
Author: linlinlin 时间: 2023-5-22 14:34

linlinlin 发表于 2023-5-18 09:40
谢谢sob老师的回复！

我把forcefiled.itp ions.itp tip3p.itp都复制到了当前文件夹中，运行test.py， ...

应该不是路径的问题，是itp文件缺失（之前步骤不是我做的），重新生成后再运行test.py，成功生成.prmtop和.inpcrd文件。感谢各位老师的帮助。

作者
Author: herbrex 时间: 2024-3-8 10:57

sobereva 发表于 2023-5-17 11:50
北京科音分子动力学与GROMACS培训班ppt：

请问sob老师，有把gromacs力场文件转charmm的力场文件转换的代码吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-9 05:40

herbrex 发表于 2024-3-8 10:57
请问sob老师，有把gromacs力场文件转charmm的力场文件转换的代码吗？

没有转力场文件的程序。如果是转拓扑文件，用parmED

作者
Author: herbrex 时间: 2024-3-11 15:22
好的老师，我看您ppt上没有使用ParmED把gromacs文件转charmm文件命令的示例（只有gromacs转amber），请问如果目标格式是charmm立场该用什么命令呢？

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