计算化学公社

标题: 请问如何统计盒子内小球的个数与半径？ [打印本页]

作者
Author: Chromium 时间: 2019-1-15 22:22
标题: 请问如何统计盒子内小球的个数与半径？
(, 下载次数 Times of downloads: 23) 各位老师好，这是我的一个模拟结果。我想要让程序自动统计盒子内小球的个数与半径，请问能给一些指导么? 我自己的思路是先找一个原子，然后判断周围dr范围内有没有足够多原子，如果有就扩大dr继续判断，如果没有就认为这一团是一个独立小球，计数加1，然后再找下一个原子开始判断。不知道这样行不行，另外如何单独给出每个小球的半径？谢谢。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-16 05:08
有很多现成的归簇算法，可以看Molecular modelling Principles and applications 2ed(Leach A.R.)第9.13节。归簇完了，再用atomselect选定每个簇，可以直接得到x,y,z方向最大最小距离，取跨度的平均定义直径。

作者
Author: bluewhale 时间: 2019-1-16 09:25
例如：
https://mubaris.com/posts/kmeans-clustering/

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