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标题: 新手求助：在Linux上依次跑结构优化任务该怎么做 [打印本页]

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-16 01:57
标题: 新手求助：在Linux上依次跑结构优化任务该怎么做
本帖最后由算一算于 2019-1-16 02:08 编辑

我有个分子，想用Linux上的Gaussian做连续优化：
步骤一：把我的输入文件（用semi-empirical方法优化结构）丢给Gaussian并跑完任务；
步骤二：把优化好的坐标提取出来，以它为起始结构，生成新的Gaussian输入文件（用HF方法优化结构）；
步骤三：把这个新输入文件丢给Gaussian执行；
步骤四：把优化好的坐标提取出来，以它为起始结构，生成新的Gaussian输入文件（用DFT方法优化结构）；
步骤五：把这个新输入文件丢给Gaussian执行；
步骤六：把优化好的坐标提取出来，并把semi-empirical和HF优化后的坐标也提取出来，三个坐标列在一个文档里。

我希望我能某天睡觉前把第一步的输入文件丢给它，第二天早上醒来就能看到最后那个文档。这个在Linux可行吗？
如果可行，是直接在Linux上写一串指令就行，还是我要写个什么脚本？
如果是写脚本，我该学哪种语言？学多久能写出这种脚本来？写的过程中有什么需要注意的地方吗？如果可以，哪位前辈能示范一下步骤二该怎么写吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-16 05:14
写shell脚本，并且恰当运用linux下的一堆文本处理命令，不是什么难事，自学相关知识+编写，撑死了三天足够

作者
Author: plus 时间: 2019-1-16 09:17
前五步用Link1

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-1-16 12:34
首先我想不出来对一般案例、先用HF优化再用DFT优化能比直接做DFT优化有任何优势
另外前五步高斯内部实现就可以了，形如：

%chk=1.chk
#p
pm6d3
opt
title
0 1
coord...
--link1--
%chk=1.chk
#p
HF/basis
opt
geom=allcheck
--link1--
%chk=1.chk
#p
DFT/basis
opt
geom=allcheck

复制代码

作者
Author: Jasminer 时间: 2019-1-16 12:57
不想学脚本的话，最后一步无非也就是滚一下log文件复制的事，纯手动也快得很。

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-16 18:46

plus 发表于 2019-1-16 09:17
前五步用Link1

谢谢，我知道，但是我就是想分开做

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-16 18:47

liyuanhe211 发表于 2019-1-16 12:34
首先我想不出来对一般案例、先用HF优化再用DFT优化能比直接做DFT优化有任何优势
另外前五步高斯内部实现就 ...

谢谢，我知道，但是我就是想分开做

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-16 18:47

Jasminer 发表于 2019-1-16 12:57
不想学脚本的话，最后一步无非也就是滚一下log文件复制的事，纯手动也快得很。

问题是步骤多的情况下，滚来滚去实在是烦啊

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-1-16 20:56

算一算发表于 2019-1-16 18:47
问题是步骤多的情况下，滚来滚去实在是烦啊

做完再切

Python 3.X

from more_itertools import split_after
filename = input("Filename:")
with open(filename) as file:
files_to_write = list(split_after(file.readlines(), lambda x: 'Normal Termination' in x))
for count, i in enumerate(files_to_write):
with open(filename+"."+str(count)+'.out','r') as output_file:
output_file.write(''.join(i))

复制代码

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-17 05:09

liyuanhe211 发表于 2019-1-16 20:56
做完再切

谢谢，我参考一下。楼上有人说shell语言三天就能学会，我从来没接触过这种语言，打算试试。你这个是python，大概不是三天就能学会吧！不过我会拿你这个做参考的，听说各种编程语言写出来很像。

作者
Author: plus 时间: 2019-1-17 11:14
你先试试用sed和awk把输出文件的坐标提取出来

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-1-17 17:15

算一算发表于 2019-1-17 05:09
谢谢，我参考一下。楼上有人说shell语言三天就能学会，我从来没接触过这种语言，打算试试。你这个是pytho ...

如果你学过任何一门编程语言，学一天Python肯定能写出来按“Normal Termination”分割文件的程序。

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-18 04:19

liyuanhe211 发表于 2019-1-17 17:15
如果你学过任何一门编程语言，学一天Python肯定能写出来按“Normal Termination”分割文件的程序。

不是吧，我记得当初本科学C语言的时候，学了一学期也没学到这个

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-18 04:21

plus 发表于 2019-1-17 11:14
你先试试用sed和awk把输出文件的坐标提取出来

谢谢，我去研究一下sed和awk是什么神器

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-1-18 18:37

算一算发表于 2019-1-18 04:19
不是吧，我记得当初本科学C语言的时候，学了一学期也没学到这个

C也非常容易实现啊。。。任何一门计算机语言都容易实现。

学了一学期C...是不会按关键词分割文本，还是不会读入、输出文件。。。

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-20 00:49

liyuanhe211 发表于 2019-1-18 18:37
C也非常容易实现啊。。。任何一门计算机语言都容易实现。

学了一学期C...是不会按关键词分割文本，还 ...

“按关键词分割文本，还是不会读入、输出文件”这些全不会。当初就学了基本操作以及写几个小游戏，没有学处理文件的东西。所以这些东西我都没把它们和C语言联系在一起。那我再看看吧。

作者
Author: Tanya 时间: 2019-1-20 20:33
能写出自动根据出错信息调整输入文件重新算的才有意思。或者人工智能，把分子结构和想干什么丢给它，算完画好图直接输出

作者
Author: 算一算 时间: 2019-1-30 10:40

Tanya 发表于 2019-1-20 20:33
能写出自动根据出错信息调整输入文件重新算的才有意思。或者人工智能，把分子结构和想干什么丢给它，算完画 ...

嗯嗯，你这个想法不错，会编程的人要实现这个应该不难

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