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标题: 关于二面角柔性扫描的问题 [打印本页]

作者
Author: seantan521 时间: 2019-1-16 08:58
标题: 关于二面角柔性扫描的问题
各位老师们好！我现在有个D-A-D结构的分子，基态优化后D-A的二面角是37度。我打算对两个D-A二面角同时进行扫描。
我之前的方法是：

%nprocshared=10
%mem=16GB
%chk=dihedral-scan.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity
......
中间省略
......
D 14 13 31 30 S 9 20.000000
D 9 8 26 27 S 9 20.000000

但是这样有两个问题：
首先它不是从0度开始扫描的，而是从37度开始的，然后依次57，77，97，117，137，157，177，197，217的构型，作图不太好看。
其次，这样同时设定两个二面角的话，需要扫描100次，而我实际上只需要两个二面角相同的10个结构而已，计算量增加了10倍！

所以我想问一下，能否对两个二面角同时进行柔性扫描的时候，保持两个二面角大小始终保持一致，然后扫描从0度开始，每20度一个间隔，分别得到0，20，40，60，80，100，120，140，160，180的构型数据。请问我应该怎样设置？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-1-16 12:14
从哪个度数开始扫取决于你的初始结构，初始结构放成20，扫的就是20、40、60...
两个变量协同扫描可以设法使用G16的GIC，不过鉴于你只需要做十个结构，不妨就手动调出10个初猜结构，使得两个二面角处于想要的角度，然后做十个限制性优化。

作者
Author: seantan521 时间: 2019-1-16 16:35
本帖最后由 seantan521 于 2019-1-17 03:05 编辑

liyuanhe211 发表于 2019-1-16 12:14
从哪个度数开始扫取决于你的初始结构，初始结构放成20，扫的就是20、40、60...
两个变量协同扫描可以设法 ...

李老师您好，参考了http://sobereva.com/404和http://gaussian.com/opt/两处说明后，我利用GIC写了协同扫描的关键词。麻烦你帮我看下这样写的对不对，或者您有什么更好的写法建议？谢谢老师

%nprocshared=10
%mem=16GB
%chk=dihedral-scan.chk
# opt=(modredundant,addgic) b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
......
中间省略
......
D 15 9 7 8 S 6 30.000000
D 5 6 8 7 S 6 30.000000

D001=D(15,9,7,8)
D002=D(5,6,8,7)
rcons(freeze)=D001-D002

作者
Author: seantan521 时间: 2019-1-16 16:45
本帖最后由 seantan521 于 2019-1-17 03:01 编辑

liyuanhe211 发表于 2019-1-16 12:14
从哪个度数开始扫取决于你的初始结构，初始结构放成20，扫的就是20、40、60...
两个变量协同扫描可以设法 ...

李老师，还有关于限制性优化的写法，是不是这样的：

（先手动把二面角设置成自己要求的大小，比如从0度开始）

%nprocshared=10
%mem=16GB
%chk=dihedral-scan.chk
# opt=modredundant b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity
......
中间省略
......
14 13 31 30 F
9 8 26 27 F

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