计算化学公社

标题: 请问用turbomole可以计算电子转移过程吗 [打印本页]

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2019-1-18 17:02
标题: 请问用turbomole可以计算电子转移过程吗
各位老师，我想请问用turbomole程序可以计算电子转移过程吗？我有一个含铁酶的体系，涉及电子转移过程，我知道用gaussian可以算，不知道turbomole是否可以，请问有具体方法或者相关文献吗，我没有查到，望不吝赐教，谢谢！！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-18 19:11
“电子转移过程”指代不明，这种问题有不同考察方法，必须说清楚到底想怎么研究

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-6-12 19:02
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗？我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生，不知道什么原因

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2019-7-30 10:08

liuyjhx 发表于 2019-6-12 19:02
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗？我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生，不知道什么 ...

您好，我计算的是酶促反应，因此反应物构象被酶环境限制住了，可动的范围很小。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-30 21:14

liuyjhx 发表于 2019-6-12 19:02
可以请教一下你的复合物是怎么摆放一起的吗？我把两个分子随意放一起优化收敛没有电荷转移发生，不知道什么 ...

两个小分子一般取能量最低构型研究，怎么获得这样的构型，看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

对于小分子-蛋白质复合物，一般用X光衍射结构，或者分子对接方式得到初始构型，之后再优化

不可能没有一丁点电子转移。电子转移可以通过Multiwfn计算片段电荷定量考察（演示：https://www.bilibili.com/video/av26312703/ ），也可以通过绘制密度差图图形化考察（看http://sobereva.com/113）

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2019-7-31 20:51

sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究，怎么获得这样的构型，看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

谢谢sob老师！

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2019-7-31 21:00

sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究，怎么获得这样的构型，看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

sob老师，我研究的酶反应中有一步是OOH-（其中一端的O与Fe原子配位）的H+被残基夺取了，但是扫描出的能垒较高，根据自旋密度发现反应前后Fe与O发生了电子转移，我想研究一下是否电子转移是导致能垒较高的原因之一，该如何研究呢，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-31 23:28

小蒜泥发表于 2019-7-31 21:00
sob老师，我研究的酶反应中有一步是OOH-（其中一端的O与Fe原子配位）的H+被残基夺取了，但是扫描出的能垒 ...

我不觉得这有太直接的关系，也没有什么考察的办法

作者
Author: 小蒜泥 时间: 2019-8-1 10:13

sobereva 发表于 2019-7-31 23:28
我不觉得这有太直接的关系，也没有什么考察的办法

好的，谢谢老师！

作者
Author: liuyjhx 时间: 2019-8-2 15:11

sobereva 发表于 2019-7-30 21:14
两个小分子一般取能量最低构型研究，怎么获得这样的构型，看
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团 ...

好的谢谢老师

作者
Author: wuyiyyyy 时间: 2020-1-2 10:44
请问gaussian怎么计算转移的过程呀

作者
Author: sobereva 时间: 2020-1-3 18:09

wuyiyyyy 发表于 2020-1-2 10:44
请问gaussian怎么计算转移的过程呀

前面都已经回复了
算完了用Multiwfn做电荷、布居分析、密度差图等

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