计算化学公社

标题: mmgbsa求助，ELE项为0 [打印本页]

作者
Author: lingogo 时间: 2015-6-1 10:44
标题: mmgbsa求助，ELE项为0
我在算一个蛋白质和小分子配体的结合能，用amber的mm_pbsa.pl,输入文件如下，为什么算出来的结果△ele  项为0？
@GENERAL
VERBOSE             0
PARALLEL             0
#
PREFIX             wat
PATH                ./
START                1
STOP                100
OFFSET             1
#
COMPLEX             1
RECEPTOR             1
LIGAND             1
#
COMPT                ./com.prmtop
RECPT                ./pro.prmtop
LIGPT                ./lig.prmtop
#
GC                   0
AS                   0
DC                   0
#
MM                   1
GB                   1
PB                   0
MS                   1
#
NM                   0
#
@PB
PROC                2
REFE                0
INDI                1.0
EXDI                80
SCALE                2
LINIT                1000
PRBRAD             1.4
ISTRNG             0.0
RADIOPT             1
INP                2
#
SURFTEN             0.04356
SURFOFF             -1.008
#
IVCAP                0
CUTCAP             -1.0
XCAP                0.0
YCAP                0.0
ZCAP                0.0
#
@MM
DIELC                1.0
#
@GB
IGB                5
GBSA                1
SALTCON             0.00
EXTDIEL             80
INTDIEL             1.0
#
SURFTEN             0.0072
SURFOFF             0.00
#
@MS
PROBE                0.0
#

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-1 11:59
这部分表面上看倒是没什么问题，检查下之前拆分过程是否合理（特别是配体受体残基号的设定有无搞错），以及试图从输出的其它能量项上判断是否那里设错了

作者
Author: lingogo 时间: 2015-6-1 14:51

sobereva 发表于 2015-6-1 11:59
这部分表面上看倒是没什么问题，检查下之前拆分过程是否合理（特别是配体受体残基号的设定有无搞错），以及 ...

谢谢sob老师，拆分过程应该没有问题，其他能量项的数据我列在下面，我用mmpbsa.pl和mmpbsa.py都算了，结果都是这样类似的，配体那部分的ELE能量就是0，会不会是小分子电荷的问题啊？我的小分子配体是高斯优化后，算了resp电荷，过程中都没有提示任何错误，不知道是哪里的问题
#                COMPLEX             RECEPTOR                LIGAND
#       ----------------------- ----------------------- -----------------------
#                MEAN       STD       MEAN       STD       MEAN       STD
#       ======================= ======================= =======================
ELE          -6933.54    53.73    -6933.54    53.73       0.00    0.00
VDW             280.82    25.88    317.99    25.85       7.18    1.99
INT          8662.60    45.70    8587.81    45.64       74.79    4.45
GAS          2009.88    59.74    1972.26    61.33       81.97    4.67
GBSUR          134.83    0.62    135.47    0.71       5.44    0.06
GB             707.51    76.71    694.52    76.10       0.00    0.00
GBSOL          842.34    76.51    829.99    75.86       5.44    0.06
GBELE       -6226.03    71.29    -6239.02    71.41       0.00    0.00
GBTOT          2852.22    82.95    2802.25    84.76       87.41    4.66

#                   DELTA
#       -----------------------
#                MEAN       STD
#       =======================
ELE             0.00    0.00
VDW             -44.35    2.79
INT             0.00    0.00
GAS             -44.35    2.79
GBSUR          -6.08    0.31
GB             12.99    10.10
GBSOL             6.91    10.16
GBELE          12.99    10.10
GBTOT          -37.44    11.32

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-1 15:39
看上去只能是小分子的电荷问题了，可能都为0

作者
Author: lingogo 时间: 2015-6-4 10:00

sobereva 发表于 2015-6-1 15:39
看上去只能是小分子的电荷问题了，可能都为0

sob老师，我又重新换了另一个小分子，过程和之前的一样，但结果还是ele那一项是0，太不正常了，老师有什么看法吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-4 10:23

lingogo 发表于 2015-6-4 10:00
sob老师，我又重新换了另一个小分子，过程和之前的一样，但结果还是ele那一项是0，太不正常了，老师 ...

你先在leap里检查一下小分子的原子电荷是否合理

作者
Author: cheyenne 时间: 2022-12-5 15:15
请问这个问题解决了吗？我也遇到了相同的问题

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