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标题: 进行ONIOM计算时，Link atom需要加上电荷吗? [打印本页]

作者
Author: Oscar 时间: 2019-1-22 14:00
标题: 进行ONIOM计算时，Link atom需要加上电荷吗?

想请教各位前辈一个问题，我们在进行ONIOM计算蛋白质结构优化时，High layer与Low layer 交界的link atom需要加上电荷吗? 如果需要，该如何决定?

High layer与Low layer 交界: Glutamate 的alpha碳与beta碳上

如附图:

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-22 14:36
不用设

作者
Author: Oscar 时间: 2019-1-22 16:04

sobereva 发表于 2019-1-22 14:36
不用设

谢谢老师，会有疑问主要是从Gaussian的范例中，其Link atom是有设定电荷的。
还有另一个问题，如果link atom不设定电荷的话，link atom 的电荷是预设为0，这样High layer部分MM设定的电荷会有偏差，是否影响计算结果?

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-22 16:59

Oscar 发表于 2019-1-22 16:04
谢谢老师，会有疑问主要是从Gaussian的范例中，其Link atom是有设定电荷的。
还有另一个问题，如果link ...

用不着管那个，没必要
反倒是设了我认为才莫名其妙，MM静电相互作用没法恰当抵扣，因为本来MM算real体系的时候也不存在那个link atom

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