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标题: 求助:editconf将pdb文件转为gro文件的问题 [打印本页]

作者
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naoki    时间: 2019-1-23 15:56
标题: 求助:editconf将pdb文件转为gro文件的问题
本帖最后由 naoki 于 2019-1-23 16:05 编辑

各位大神,我想请教一个问题。我用editconf将pdb文件转为gro文件(gmx editconf -f interface.pdb -o interface.gro),得到的gro文件最后一行盒子尺寸总显示0.00000   0.00000   0.00000(如图片所示),导致之后做em时GROMACS提示我“ERROR: The cut-off length is longer than half the shortest box vector or longer than the smallest box diagonal element. Increase the box size or decrease rlist”。请问这是什么原因造成的呢,怎么才能让gro有正确的盒子尺寸呢?如果手动改的话,就按照packmol盒子尺寸输入就可以了吗?


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naoki    时间: 2019-1-23 16:48
问题已解决,Sob老师在群里回答了:“ 你如果packmol的时候没设add_box_sides,本来pdb里就没有盒子信息,editconf自然也不会瞎给你加盒子
手动改完全莫名其妙”。
输入add_box_sides 1.0就好了,再次感谢Sob老师~
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zty    时间: 2020-2-20 19:28
naoki 发表于 2019-1-23 16:48
问题已解决,Sob老师在群里回答了:“ 你如果packmol的时候没设add_box_sides,本来pdb里就没有盒子信息,e ...

感谢分享,鄙视那些发帖求助后不回复抱有相同疑问后来者的楼主。




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