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标题: 使用pmemd做距离限制时报错 [打印本页]

作者
Author: 16aDream 时间: 2019-1-24 17:36
标题: 使用pmemd做距离限制时报错
本帖最后由 16aDream 于 2019-1-24 17:37 编辑

同样的输入文件，使用sander时能够正常运行。但换成pmemd会显示At line 1032 of file nmr_calls.F90 (unit = 33, file = 'rc-0.5.RST')
Fortran runtime error: Bad data for namelist object iat这个错误。
限制文件（rc-0.5.RST）为：
# reaction coordinate d(O-P) - d(P-O3)
&rst
iat=28312,27610,27610,27609, rstwt=1,-1,,
r1=-12,r2=-0.5,r3=-0.5,r4=11,
rk2=500,rk3=500,
/
输入文件为
equil npt
&cntrl
  imin=0, irest=0, ntx=1,
  ntb=2, ntp=1,
  nstlim=20000, dt=0.001,
  ntt=3,
  gamma_ln=1.0,
  tempi=10.0, temp0=300.0, tautp=3,
  vlimit=20,
  ioutfm=0,
  ntxo=1,
  cut=12.0,
  ntpr=10, ntwx=100,
  ntr=1,
  restraint_wt=10.0,
  restraintmask=':1550>@20',
  nmropt=1
/
&wt type='DUMPFREQ', istep1=1  /
&wt type='END' /
DISANG=rc-0.5.RST
DUMPAVE=rctest_vs_t
LISTIN=POUT
LISTOUT=POUT
为什么pmemd不能识别这个限制文件？

作者
Author: tomwong4253 时间: 2019-1-25 10:33
似乎rstwt是sander特有的关键词，pmemd不认识。AMBER手册里搜索rstwt就知道了。建议换一个约束的表达方式。

作者
Author: 16aDream 时间: 2019-1-26 13:45

tomwong4253 发表于 2019-1-25 10:33
似乎rstwt是sander特有的关键词，pmemd不认识。AMBER手册里搜索rstwt就知道了。建议换一个约束的表达方式。

谢谢，换过后可以了

作者
Author: azero 时间: 2019-5-27 17:06
我也打算做类似的反应坐标，即d(A-B) - d(C-D)的形式
但翻了手册依然不是很懂限制文件怎么写。
想问一下LZ
1. rstwt=1,-1是什么意思，好像是说对多个距离限制，感觉1是代表限制A与B的距离，而-1是限制C与D的距离
2. r1, r2, r3, r4怎么理解，还有该怎么设置数值

作者
Author: 16aDream 时间: 2019-5-28 17:02

azero 发表于 2019-5-27 17:06
我也打算做类似的反应坐标，即d(A-B) - d(C-D)的形式
但翻了手册依然不是很懂限制文件怎么写。
想问一下L ...

现在基本用另一种限制的写法，详情可以看一下手册Running simulations--Free energies--Adaptively Biased MD, Steered MD, Umbrella Sampling with REMD and String Method这一节，用任务文件里的pmd指令和cv文件中的LCOD模式能达到同样的效果。r1-r4对应偏置函数的参数

作者
Author: azero 时间: 2019-5-30 14:50

16aDream 发表于 2019-5-28 17:02
现在基本用另一种限制的写法，详情可以看一下手册Running simulations--Free energies--Adaptively Biase ...

嗯，看到详细的解释了。。。挺多公式的，看不懂再请教你，3Q~

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