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标题: 如何设定氨基酸两性离子结构问题 [打印本页]

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Author: 陌上花开小伟 时间: 2019-1-25 15:15
标题: 如何设定氨基酸两性离子结构问题
本帖最后由陌上花开小伟于 2019-1-25 15:17 编辑

想请教大家一下。我想用高斯考察氨基酸与离子液体作用，氨基酸在溶液中以两性离子存在，一个分子上-NH3带一个正电荷，-COO带一个负电荷，请问如何在高斯输入中如何设定这种两性分子结构？我尝试在高斯view里面直接画出丙氨酸的两性离子结构，但是优化后氨基上的氢自动跑到羧基去了，下图1为丙氨酸两性离子结构，图2为高斯view画出的丙氨酸结构，图3为优化到第10帧后的丙氨酸结构。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-1-25 15:23
一是注意溶剂化，在真空中本来就是非两性离子稳定。
二是为了防止氢跳来跳去有的时候会造成优化震荡，可以把带氢的氧放上面去。（不过仍然需要确认两性离子与中性结构的能量关系是符合所需研究的实验条件中的实验结果的，否则其他计算可能会出很多问题。）

作者
Author: 陌上花开小伟 时间: 2019-1-25 15:38

liyuanhe211 发表于 2019-1-25 15:23
一是注意溶剂化，在真空中本来就是非两性离子稳定。
二是为了防止氢跳来跳去有的时候会造成优化震荡，可以 ...

学习了，谢谢指导

作者
Author: SHISHISHI 时间: 2020-5-3 09:04
您好我最近也在尝试在做谷氨酸的两性结构但无法进行计算应该是输入文件有误请问您的GIF文件文档能借我学习一下么

作者
Author: yygong 时间: 2020-5-4 14:24

SHISHISHI 发表于 2020-5-3 09:04
您好我最近也在尝试在做谷氨酸的两性结构但无法进行计算应该是输入文件有误请问您的GIF文件文档能 ...

还要不？我可以传你

作者
Author: dimog 时间: 2020-6-28 15:46

yygong 发表于 2020-5-4 14:24
还要不？我可以传你

请问可以分享一下gif文件吗，新手学习高斯，想计算一个两性离子，但是输入老是报错，得不到正确的优化结果。求楼主分享~ 附上qq邮箱：1187367636

作者
Author: yygong 时间: 2020-6-28 19:26

dimog 发表于 2020-6-28 15:46
请问可以分享一下gif文件吗，新手学习高斯，想计算一个两性离子，但是输入老是报错，得不到正确的优化结 ...

已经发你邮箱

作者
Author: 小萌薇 时间: 2021-3-3 21:04

yygong 发表于 2020-5-4 14:24
还要不？我可以传你

请问你方便也传给我一份吗？最近想优化一系列的氨基酸分子，但是不知道怎么设置优化的输入文件

（qq:2276382713）

作者
Author: yygong 时间: 2021-3-4 09:01

小萌薇发表于 2021-3-3 21:04
请问你方便也传给我一份吗？最近想优化一系列的氨基酸分子，但是不知道怎么设置优化的输入文件 ...

已经发送邮箱

作者
Author: qxx 时间: 2021-3-4 16:42
楼主，请问可以发我一份吗？最近也在搞这个

，学习下您的，感谢感谢！QQ：10723460

作者
Author: 1152711743 时间: 2021-4-6 16:32
楼主好，请问您方便给也我发一份吗？感谢！！QQ：1152711743

作者
Author: 1152711743 时间: 2021-4-8 14:14

yygong 发表于 2020-5-4 14:24
还要不？我可以传你

您好，请问可以给我也发一份吗？感谢！邮箱：1152711743@qq.com

作者
Author: LZK-49 时间: 2024-1-26 16:25
本帖最后由 LZK-49 于 2024-8-7 09:58 编辑

楼主，可以分享一下gif文件么，我也是优化两性氨基酸的时候发生质子传递（QQ：2856008512）

作者
Author: 456782 时间: 2024-3-11 19:47
请问你方便也传给我一份吗？最近想优化一系列的氨基酸分子，但是不知道怎么设置优化的输入文件（qq:2857571240）

作者
Author: baixiaoxuan 时间: 2024-9-8 20:35

yygong 发表于 2020-5-4 14:24
还要不？我可以传你

您好，请问你方便也传我一份GIF吗？最近在做氨基酸分子结构优化，总是无法收敛，向您学习一下，谢谢

作者
Author: 文艺青年别装笔 时间: 2024-9-20 15:47
您好，请问方便转给我一个氨基酸的gjf文件吗，最近想用来计算氨基酸组成的DES溶液体系，想向您学习一下，谢谢，1033998440@qq.com

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