计算化学公社

标题: 发一个利用orca扫描得到的gbw文件和multiwfn批量计算输出分子体积的脚本 [打印本页]
作者
Author: catenarygong    时间: 2019-1-27 16:45
标题: 发一个利用orca扫描得到的gbw文件和multiwfn批量计算输出分子体积的脚本
本帖最后由 catenarygong 于 2019-1-27 16:48 编辑

Orca的scan扫描结合ri加速那是非常快，但是输出文件是一如既往的多，尤其是带有波函数信息的gbw文件，每个限制性优化之后就有一个
如果要扫描100个点，之后的gbw就有100个加最后一个点的一个，转成wfn导入multiwfn 做体积分析就很麻烦
所以写了一个Bash脚本，批量的把当前目录下所有的gbw文件转成wfn，然后导入multiwfn做分子体积的分析
脚本很简单，看看就明白，理论上稍加修改利用multiwfn 做别的分析也可以

用的时候把里面的目录改成自己的orca和multiwfn的目录



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直接运行会输出到console
./VDWVcalc.sh >> volume.txt可以输出到当前目录下的volume.txt文件

作者
Author: pika02    时间: 2022-9-12 02:09
非常感谢楼主的脚本
为了批量计算MPI和满足自己强迫症，我把脚本改得优雅了一些
  1. #!/bin/bash
  2. echo "Script for mapping molecular polarity index (MPI) from multiple xyz and gbw files."
  3. # ulimit -s unlimited
  4. tmp=$(mktemp)
  5. list=$(mktemp)
  6. cat << EOF > $tmp
  7. 12
  8. 0
  9. -1
  10. -1
  11. q
  12. EOF
  13. # for gbws in *.gbw
  14. #     do
  15. #     echo "Convert from ${gbws} to wfn..."
  16. #     $HOME/apps/orca4/orca_2aim ${gbws%.gbw}
  17. #     rm -f *.wfx
  18. #     echo "done"
  19. #     done
  20. echo 'file,MPI(eV),MPI(kcal/mol)' > "$list"
  21. for wfns in *.wfn
  22.     do
  23.     echo "Calculating MPI from $wfns ..."
  24.     mpi=$(multiwfn $wfns < $tmp |\
  25.         grep --colour=auto -m 1 'Molecular polarity index')
  26.     mpi_eV=$(echo "$mpi" | tr -cd "[0-9]. "| awk '{print $1}')
  27.     mpi_kcal_mol=$(echo "$mpi" | tr -cd "[0-9]. "| awk '{print $2}')
  28.     echo "$mpi"
  29.     echo "$wfns","$mpi_eV","$mpi_kcal_mol" >> "$list"
  30.     done
  31. rm $tmp
  32. mv $list MPIlist.csv

  34. echo "Finished"
复制代码


作者
Author: neocc    时间: 2022-9-12 10:47
本帖最后由 neocc 于 2022-9-12 10:49 编辑
pika02 发表于 2022-9-12 02:09
非常感谢楼主的脚本
为了批量计算MPI和满足自己强迫症，我把脚本改得优雅了一些

稍微歪个楼，请问如何读取计算静电势时multiwfn输出信息里面的极大值和极小值，然后对极大值向上取整，对极小值向下取整呢？
我的代码如下，但是运行后没有结果输出
  1. #!/bin/bash

  3. function ceil(){
  4.   floor=`echo "scale=0;$1/1"|bc -l ` # 向下取整
  5.   add=`awk -v num1=$floor -v num2=$1 'BEGIN{print(num1<num2)?"1":"0"}'`
  6.   echo `expr $floor  + $add`
  7. }

  9. max= grep "^\*" log-ESP-$1|tail -1|awk '{print $5}'
  10. min= grep "^\*" log-ESP-$1|head -1|awk '{print $5}'
  11. $UP=   echo `ceil ${max}`        ;echo $UP
  12. $DOWN= echo `ceil ${min}` - 1|bc ;echo $DOWN
  13. #read -p "max + 1 " up
  14. #read -p "min - 1 " down
  15. #echo `ceil $1`


  18. cat << EOFB > ESPbar-$1.sh
  19. cat << EOF > ESPbar.txt
  20. 12
  21. 0
  22. 9
  23. all
  24. ${DOWN}, ${UP}
  25. 20
  26. 3
  27. q

  29. EOF
复制代码
作者
Author: pika02    时间: 2022-9-14 02:02
本帖最后由 pika02 于 2022-9-14 05:37 编辑
neocc 发表于 2022-9-12 10:47
稍微歪个楼，请问如何读取计算静电势时multiwfn输出信息里面的极大值和极小值，然后对极大值向上取整，对 ...

玩儿shell脚本出毛病了，首先应该用 bash -x 你的脚本 自己检查检查
你这还自己造轮子，也太麻烦了，你干脆就用shell输出两串带小数的，然后接一个python脚本之类，np.ceil()和np.floor()不香嘛！
用excel也不是不行
作者
Author: neocc    时间: 2022-9-14 20:14
pika02 发表于 2022-9-14 02:02
玩儿shell脚本出毛病了，首先应该用 bash -x 你的脚本 自己检查检查
你这还自己造轮子，也太麻烦了，你 ...

说的也是，还是用python写个脚本更香，还能跨平台



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