计算化学公社

标题: 请问有没有英文的分子动力学或者量子化学网络课程或者视频 [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-1-29 07:50
标题: 请问有没有英文的分子动力学或者量子化学网络课程或者视频
本帖最后由 yihanxu 于 2019-1-28 21:47 编辑

大家好，
请问有没有用英语教学的、好的（实用且容易理解的）分子动力学或者量子化学网络课程或者视频？有位外国的老师，没做过模拟，但是很想学习。我只上过卢老师的课，自己没看过额外的资料所以不了解，如果有人知道的话可以分享一下吗？

谢谢啦~~

作者
Author: wbn 时间: 2019-1-29 10:17
学MD看课程视频效率太低了，我当时直接gromacs manual 读一遍啥都有了。话说这种东西都要你帮他找也能在国外当老师吗...

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-1-29 10:43
本帖最后由 yihanxu 于 2019-1-28 20:51 编辑

wbn 发表于 2019-1-28 20:17
学MD看课程视频效率太低了，我当时直接gromacs manual 读一遍啥都有了。话说这种东西都要你帮他找也能在国 ...

你好，请人帮忙推荐有什么不好吗？隔行如隔山啊，这个世界上有那么多专业，谁能轻易地全部了解呢？而且人家老师这种活到老学到老、学无止境的精神至少也是该正面肯定的。

作者
Author: wbn 时间: 2019-1-29 12:44

yihanxu 发表于 2019-1-29 10:43
你好，请人帮忙推荐有什么不好吗？隔行如隔山啊，这个世界上有那么多专业，谁能轻易地全部了解呢？而且人 ...

哦，抱歉，我不了解情况。活到老学到老确实了不起。我以前自学模拟时浏览过一些英文资料，感觉没有我特别喜欢的，而且听别人讲总是没有自己看资料来得快。我现在教实验室的美国人基本上都是我把我的输入文件发给他们，然后花几个小时给他们介绍一下概念和各种命令。我觉得如果是一个老教授的话，让他从头学习模拟也有点不太现实，因为编写topology文件，拟合力场等等基本都是体力活，而且需要大量的练习，国外的教授恐怕没有这个时间和精力做这些的。我的老板也是美国人，70多了，我从来只把模拟结果交给他，不跟他讲细节。如果是他的实验室想转这个方向的话，我觉得你跟他的学生联系把他们教会更为靠谱。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-29 14:08
去youtube随便看看吧，动力学的我之前没留意到什么特别系统性、值得推荐的视频。量化的话Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models一书的作者Cramer有套视频在基本理论方面还可以（我没仔细看过），但是缺乏软件操作实例。学计算模拟必须得结合实际程序才能深化对理论的理解，否则只是纸上谈兵。

你可以把我培训讲义上最后部分的书籍推荐里面的一些书推荐给他。对于基础理论细节性的东西，看书通常更快，说得更详细，也容易反复查阅。PS：鉴于这一点，我的培训班里侧重于讲直接看书学不到的东西，或者自己看书、找资料需要花很长时间才能弄明白、总结出来的东西。那些自己看书就能看明白或者更适合看书来学的东西我就让学员自己回去看书籍推荐里的书了。

一般的MD和量化程序手册，对于已经有计算模拟经验的人来说，自己慢慢啃基本能会用，除非是手册写得太差。如果是完全没基础的话，直接看手册效率实在太低，或者死活入不了门，毕竟一般的手册写的思想是用来查的（reference）而不是用来学的（tutorial）。也就只有像Multiwfn、ORCA等少部分程序手册直接带了一大堆例子，自学才比较容易。

对于MD程序的学习，可以让他在网上多搜搜要用的程序的tutorial。用Amber的话看看官网上的教程就基本差不多了，很系统、全面。GROMACS没那么系统的官方教程，网络上所有与GROMACS有关的教程我一个不漏都看过，也就Justin的那几个教程针对那几个主题还说得过去（虽然其中一些内容我不敢苟同、有很多地方明显需要补充），而且对应的是GROMACS当前版本的情况。Gaussian的话，按《谈谈学量子化学如何正确地入门》http://sobereva.com/355里“自学”部分说的，姑且凑合看Exploring第二版。顺便可以推荐他来本论坛，充分利用Google translator，应该对他还是能获得很多很有用的信息的。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-1-30 00:23

wbn 发表于 2019-1-28 22:44
哦，抱歉，我不了解情况。活到老学到老确实了不起。我以前自学模拟时浏览过一些英文资料，感觉没有我特别 ...

谢谢你，我要是一开始就把情况介绍清楚就好了，

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-1-30 00:28

sobereva 发表于 2019-1-29 00:08
去youtube随便看看吧，动力学的我之前没留意到什么特别系统性、值得推荐的视频。量化的话Essentials of Com ...

非常感谢老师的回复与解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-31 01:28

阿di达思发表于 2019-1-30 17:35
sob老师，您文中提及的Cramer的视频是否是这套？ComputationalChemistryUMN-Chris Cramer-49集
https:// ...

是

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-2-4 10:38
谢谢大家，这是我最终发给老师的版本：
Molecular dynamics (MD)
https://www.youtube.com/watch?v=KEfMuHMTBQU&t=1932s
This video is short, and it shows example(s) about how to use GROMACS which I am going to use. It seems a good introduction to MD.

https://www.youtube.com/playlist ... JQendwEEcSrC8iwvgBn
These are lectures about MD. In week 8, it shows how to use GROMACS. But in the first several weeks it seems talk much about programming. You may be not interested in them and skip them.

Highly recommended Book: Molecular modeling – principles and applications, 2nd Ed. Andrew R Leach

Quantum Chemistry (QC)
http://ocw.metu.edu.tr/course/view.php?id=260
https://www.youtube.com/playlist ... HCvApmvafqqQUHb6JwF
The course maybe lack of examples of operating software which is necessary for understanding the theory part very well.
The author Cramer also has a book Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models.

https://www.youtube.com/watch?v=XCpCkdz8WsE&t=1549s
https://www.youtube.com/watch?v=5bV35jmBSAE&t=1562s
The above two videos talk about Computational Chemistry with Gaussian Software.

Highly recommended Book: Quantum Chemistry, 7th Ed
Author: Levine
This book is well-written, easy to understand and systematic. But it doesn’t teach how to use software to solve practical problems. Half of its content is about quantum mechanics. Therefore, it is easy to make readers lose interest. It is recommended to start practicing operating software before finishing reading the whole book.

Highly recommended Book: Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods
Author: Gaussian, Inc
This book is mainly about how to use Gaussian to solve practical chemical problems. It gives many examples while talks a little about theory. In addition, this book is old (1996), thus some methods are out of date.

Computational Chemistry Commune (Forum)
http://bbs.keinsci.com/forum.php
The reliable forum is mainly in Chinese. But it has a lot of useful content and can be read by Google Translator. Asking questions in English is totally accepted. Because you are going to learn by yourself, I think it is good to use this website when you would like to interact with a tutor or ask questions.

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