计算化学公社

标题: 请问用Materials Studio如何统计氢键？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-1-29 10:41
标题: 请问用Materials Studio如何统计氢键？
大家好！
请问用Materials Studio如何统计、分析氢键？

谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-1-29 14:18
最好把轨迹导出成xyz轨迹（见http://sobereva.com/143），然后搞到VMD里分析，自带就有氢键分析插件、可以直接显示氢键，还可以轻松地写各种氢键分析脚本
M$我很少用，速度又慢，局限性也太大，很不灵活

作者
Author: zluaa888 时间: 2020-7-13 13:55
i have a H-bonding script

作者
Author: MM萌萌 时间: 2021-5-10 17:30
你好，请问您最后是使用什么方法来统计氢键的呢

作者
Author: MM萌萌 时间: 2021-5-10 18:44

sobereva 发表于 2019-1-29 14:18
最好把轨迹导出成xyz轨迹（见http://sobereva.com/143），然后搞到VMD里分析，自带就有氢键分析插件、可以 ...

sob老师，您好！请问您用这个脚本将.xdt轨迹文件转化为.xyz文件成功了麽？我按照您的方法把脚本复制且放到了需要转化的目录下，但是运行的时候，scripting中的debug选项是灰色的，不知道是哪里出错了，烦请老师您帮我解答一下，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2021-5-11 05:41

MM萌萌发表于 2021-5-10 18:44
sob老师，您好！请问您用这个脚本将.xdt轨迹文件转化为.xyz文件成功了麽？我按照您的方法把脚本复制且放 ...

没听说过xdt格式

我如今也根本不用M$

作者
Author: 计算元 时间: 2021-10-18 20:37
你好，请问楼主解决了吗，我最近也在做氢键分析，可以告知如何统计吗，多谢多谢

作者
Author: yihanxu 时间: 2021-11-2 10:47

计算元发表于 2021-10-18 06:37
你好，请问楼主解决了吗，我最近也在做氢键分析，可以告知如何统计吗，多谢多谢

没解决

作者
Author: bbaaob 时间: 2021-12-4 12:29

yihanxu 发表于 2021-11-2 10:47
没解决

share\Examples\Scripting里有软件给的脚本，文件名叫HBondStats.pl，把脚本里的文件名改一下然后拖到对应文件夹就可以用，不过只能统计你打开的那一帧下的氢键

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