计算化学公社

标题: 关于博文http://sobereva.com/73二维自由能收敛性和error bar的咨询 [打印本页]

作者
Author: harrypotty18 时间: 2019-1-31 15:10
标题: 关于博文http://sobereva.com/73二维自由能收敛性和error bar的咨询
Sob老师，您好：
我最近做一个关于蛋白质的工作，用到了您博文http://sobereva.com/73提到的二维自由能面，我是用多组独立的轨迹合并成一个，然后计算PCA后用您提到的方法得到自由能面图，但是审稿人问道，"Was there overlap of in distribution space? How was convergence assessed? What are the error bars? "，请教您，对于这三个问题，您有什么建议么？

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-1-31 18:21
你用多组轨迹作图，必须每组轨迹的采样接近，算出来的自由能面接近才行，error就是多组数据的标准差

如果采样重叠不足的话结果基本上就是initial bias或者随机事件，就没有什么物理意义

作者
Author: harrypotty18 时间: 2019-1-31 20:37

fhh2626 发表于 2019-1-31 18:21
你用多组轨迹作图，必须每组轨迹的采样接近，算出来的自由能面接近才行，error就是多组数据的标准差

如 ...

谢谢，那收敛性怎么去判断呢？

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-1-31 23:02
本帖最后由霜晨月于 2019-1-31 23:04 编辑

harrypotty18 发表于 2019-1-31 20:37
谢谢，那收敛性怎么去判断呢？

个人理解，如果采样收敛了的话，那么你跑出来的每组轨迹的自由能面图应该是基本一致的；而且，假如你的每组轨迹采样500ns，那么你延长采样时间200~500ns，所得到的FEL应该基本不变。
换句话说，假如你每组轨迹的FEL相差甚远，而且每组轨迹的FEL一直在随时间变化，就说明采样未收敛。

个人理解，敬请 Fu 博士、Sob老师等方家指正。

作者
Author: fhh2626 时间: 2019-2-1 22:42

霜晨月发表于 2019-1-31 23:02
个人理解，如果采样收敛了的话，那么你跑出来的每组轨迹的自由能面图应该是基本一致的；而且，假如你的每 ...

我也是这样想的

作者
Author: harrypotty18 时间: 2019-2-2 13:58

霜晨月发表于 2019-1-31 23:02
个人理解，如果采样收敛了的话，那么你跑出来的每组轨迹的自由能面图应该是基本一致的；而且，假如你的每 ...

谢谢，明白了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)