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标题: 请教：Lammps与GROMACS的重要区别是什么？ [打印本页]

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-2-2 09:44
标题: 请教：Lammps与GROMACS的重要区别是什么？
大家好，请问Lammps与GROMACS的重要区别是什么？我记得一个区别是Lammps有ReaxFF反应力场但GROMACS没有。
谢谢。

作者
Author: mol 时间: 2019-2-2 11:53
正解，另外lammps里有一些金属相互作用的多体势gmx里没有

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2019-2-2 17:34
两个软件都用。都是很优秀的软件，感觉两者相互不可替代，lammps里面支持的势很丰富，兼容目前大多数的势能模型，在固体、材料领域用起来很方便；gromacs计算效率高，在生物大分子体系模拟方面很方便。经验是：最好不要反过来使用，否则的话是自找麻烦。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-2 19:00
只要能用gmx很好模拟的问题，建议一律用gmx，速度快。有一些人以为gmx只能模拟生物体系，实际上不是。溶液体系、气相小分子、纳米体系、聚合物、部分类型金属单质、部分类型无机固体等等全都能搞。gmx能模拟什么，最主要取决于有没有对应的力场而且是gmx支持的势函数的形式。lammps支持的势函数形式更丰富，其中有很多是gmx不支持但又是专门适合某些类型无机体系模拟的，导致lammps在无机固体材料模拟方面用处很大，而且也和gmx没有什么竞争关系。

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-3-29 10:53
老师好，大家好，我有个问题想请教：lammps和gromacs哪个需要更多的时间学会？

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-9-18 13:46
本帖最后由 yihanxu 于 2019-9-17 23:48 编辑

sobereva 发表于 2019-2-2 05:00
只要能用gmx很好模拟的问题，建议一律用gmx，速度快。有一些人以为gmx只能模拟生物体系，实际上不是。溶液 ...

老师好，想要用分子动力学模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附，能用GROMACS吗？如果不能用的话，该怎么办呢？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-18 18:33

yihanxu 发表于 2019-9-18 13:46
老师好，想要用分子动力学模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附，能用GROMACS吗？如果不能用的话，该怎么 ...

Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来的，把参数补进gmx里就可以模拟

作者
Author: yihanxu 时间: 2019-9-19 13:47

sobereva 发表于 2019-9-18 04:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来 ...

老师好，请问用LAMMPS可以不补参数直接模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-19 16:16

yihanxu 发表于 2019-9-19 13:47
老师好，请问用LAMMPS可以不补参数直接模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附吗？

不清楚

作者
Author: yuanen 时间: 2021-7-17 10:30
老师好，若要是研究镉与dsDNA两者之间的结合情况，可以用gromacs做计算研究吗？

作者
Author: yuanen 时间: 2021-7-17 10:32

sobereva 发表于 2019-9-18 18:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来 ...

老师好，若要研究Cd 与 dsDNA之间的结合情况，相互作用，gromacs可以很好的呈现吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-17 15:33

yuanen 发表于 2021-7-17 10:32
老师好，若要研究Cd 与 dsDNA之间的结合情况，相互作用，gromacs可以很好的呈现吗？

可以，而且是首选之一

作者
Author: yuanen 时间: 2021-7-19 09:19

sobereva 发表于 2021-7-17 15:33
可以，而且是首选之一

那若要更深的考虑，Cd和链内碱基的可能？比如ssDNA适配体这种？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-19 21:44

yuanen 发表于 2021-7-19 09:19
那若要更深的考虑，Cd和链内碱基的可能？比如ssDNA适配体这种？

“Cd和链内碱基的可能？”病句

作者
Author: yuanen 时间: 2021-7-19 22:15

sobereva 发表于 2021-7-19 21:44
“Cd和链内碱基的可能？”病句

老师，我是想问关于Cd与ssDNA的碱基之间的可能结合情况能不能很好描述？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-7-19 22:22

yuanen 发表于 2021-7-19 22:15
老师，我是想问关于Cd与ssDNA的碱基之间的可能结合情况能不能很好描述？

如果用Merz的Cd2+的离子参数，只能说可以描述，描述得好坏没人测过

作者
Author: yuanen 时间: 2021-7-19 23:02

sobereva 发表于 2021-7-19 22:22
如果用Merz的Cd2+的离子参数，只能说可以描述，描述得好坏没人测过

好的，谢谢老师

作者
Author: yejustme 时间: 2021-10-10 21:06
主要用gromacs，粗略用过lammps。个人体验：
1.lammps偏重于材料力学，有很多非常花式的给体系加力或速度的方法，相比之下gromacs在这方面就很简单了。
2.同样的体系、同样的立场，gromacs能比lammps快一个数量级

作者
Author: yejustme 时间: 2021-10-10 21:08

yihanxu 发表于 2019-9-18 13:46
老师好，想要用分子动力学模拟高分子膜对铅离子、镉离子的吸附，能用GROMACS吗？如果不能用的话，该怎么 ...

我见过铅和镉的立场参数，估计应该可以

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2021-10-10 22:31

yejustme 发表于 2021-10-10 21:06
主要用gromacs，粗略用过lammps。个人体验：
1.lammps偏重于材料力学，有很多非常花式的给体系加力或速度 ...

而且Gromacs的2022版本把加速度组的功能也给删了

作者
Author: gejuqing 时间: 2023-5-13 20:24

sobereva 发表于 2019-9-18 18:33
Pd、Cd离子都不是gmx自带力场内置的参数。你去搜相关文章，如果有人用gmx模拟的，肯定文中提到参数是哪来 ...

sob老师我想问下想要用MD或者AIMD模拟Ni、Co、Cu、Fe、Pt、Pd等过渡金属的单质、氧化物、氢氧化物对溶液中一些有机小分子的吸附，那我只学gmx和cp2k是不是可以达到目的？还是说必须还要再多学个lammps？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-13 23:07

gejuqing 发表于 2023-5-13 20:24
sob老师我想问下想要用MD或者AIMD模拟Ni、Co、Cu、Fe、Pt、Pd等过渡金属的单质、氧化物、氢氧化物对溶液 ...

可以达到目的

作者
Author: 小沫沫 时间: 2024-4-7 15:46
想问下大家，如果想要模拟腐殖酸（腐殖酸的结构是通过分子片段借助packmol生成的初始结构）被氢气还原的过程，用lammps还是gromacs？

作者
Author: ljh123 时间: 2025-2-21 16:22

小沫沫发表于 2024-4-7 15:46
想问下大家，如果想要模拟腐殖酸（腐殖酸的结构是通过分子片段借助packmol生成的初始结构）被氢气还原的过 ...

可以请教下，腐殖酸的分子式你是根据什么来构建的吗？是从文献中找的特征结构吗

作者
Author: Hanna110 时间: 2025-9-19 17:04
无晶型碳和氢气的化学反应只能用lammps模拟吗？考虑到gromacs没有内置reaxff力场？

作者
Author: yihanxu 时间: 2025-9-20 22:15

Hanna110 发表于 2025-9-19 17:04
无晶型碳和氢气的化学反应只能用lammps模拟吗？考虑到gromacs没有内置reaxff力场？

我也不知道是不是只能用lammps，我赞同你说的gromacs不可以

作者
Author: cym 时间: 2025-9-21 09:46
好问题

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