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标题: 关于fchk文件的转换报错问题 [打印本页]

作者
Author: panger 时间: 2015-6-3 22:46
标题: 关于fchk文件的转换报错问题
在linux系统下利用formchk转换chk文件时，对于比较大的体系总是提示“Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.”

小体系一般没问题。大家遇到过么？
望高手不吝指教，谢谢。
p.s：chk文件比较大，大概13M。如果是因为chk太大有解决办法么？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-4 07:33
13MB并不算大。把formchk完整的输出贴出来我看看

当转换很大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置诸如export GAUSS_MEMDEF=2000000000（即2GB）来分配给formchk等高斯自带的子程序的最大内存使用量。不过你的问题应该不会是这个，毕竟文件不大，虽然你可以先试试。

作者
Author: panger 时间: 2015-6-4 10:23

sobereva 发表于 2015-6-4 07:33
13MB并不算大。把formchk完整的输出贴出来我看看

当转换很大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置诸如 ...

谢谢sob老师，我转化的时候屏幕提示信息已经贴出来了，在上边的附件里。

作者
Author: panger 时间: 2015-6-4 10:26

sobereva 发表于 2015-6-4 07:33
13MB并不算大。把formchk完整的输出贴出来我看看

当转换很大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置诸如 ...

还真不是文件大小的问题。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-4 10:40
应该是chk文件有问题，重新算一次单点再试。

如果用的formchk不是产生chk文件时的高斯自带的，应当用自带的。

作者
Author: panger 时间: 2015-6-4 10:48

sobereva 发表于 2015-6-4 10:40
应该是chk文件有问题，重新算一次单点再试。

如果用的formchk不是产生chk文件时的高斯自带的，应当用自 ...

谢谢sob老师，我再试一下。

作者
Author: 圣人惠 时间: 2018-4-15 11:12
请问你这个问题解决了吗？是怎么解决的啊，我也碰到了一样的问题

作者
Author: panger 时间: 2018-5-4 14:10

圣人惠发表于 2018-4-15 11:12
请问你这个问题解决了吗？是怎么解决的啊，我也碰到了一样的问题

时间太长记不太清了，印象中是重新做了一遍。

作者
Author: 圣人惠 时间: 2018-5-5 08:30

panger 发表于 2018-5-4 14:10
时间太长记不太清了，印象中是重新做了一遍。

谢谢，我也是重算了一把就没事了

作者
Author: Jack 时间: 2018-5-6 15:05

sobereva 发表于 2015-6-4 07:33
13MB并不算大。把formchk完整的输出贴出来我看看

当转换很大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置诸如 ...

Sob老师，您好！我在服务器上计算的chk文件有2个多G大小。按照您所说的，在环境变量加入一行，如下图，但还是显示内存不够用的错误，提示的错误信息为
Coordinates translated and rotated.
Coordinates match /B/ after translation and rotation.
Out-of-memory error in routine FChkPn-MO (IEnd= 62570846 MxCore= 33554432)
Use %mem=60MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e at Sun May 6 15:54:31 2018.
Segmentation fault (core dumped)
请问，这种情况怎么处理？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-6 19:45

Jack 发表于 2018-5-6 15:05
Sob老师，您好！我在服务器上计算的chk文件有2个多G大小。按照您所说的，在环境变量加入一行，如下图，但 ...

GAUSS和MEMDEF之间有下划线
安装Gaussian根本没必要自己修改PATH和LD_LIBRARY_PATH，别被网上一些帖子误导

作者
Author: Jack 时间: 2018-5-6 19:55

sobereva 发表于 2018-5-6 19:45
GAUSS和MEMDEF之间有下划线
安装Gaussian根本没必要自己修改PATH和LD_LIBRARY_PATH，别被网上一些帖子 ...

好的，谢谢Sob老师的指导。

作者
Author: Jack 时间: 2018-5-6 20:08

sobereva 发表于 2018-5-6 19:45
GAUSS和MEMDEF之间有下划线
安装Gaussian根本没必要自己修改PATH和LD_LIBRARY_PATH，别被网上一些帖子 ...

Sob老师，您好！我这个是有下划线的，只是被红色的方框覆盖掉了。系统提示的Use %mem=60MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.这个怎么处理？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-6 21:53

Jack 发表于 2018-5-6 20:08
Sob老师，您好！我这个是有下划线的，只是被红色的方框覆盖掉了。系统提示的Use %mem=60MW to provide th ...

你用echo $GAUSS_MEMDEF看看到底修改生效了没有
如果没生效，重新进入终端

作者
Author: Jack 时间: 2018-5-6 22:03

sobereva 发表于 2018-5-6 21:53
你用echo $GAUSS_MEMDEF看看到底修改生效了没有
如果没生效，重新进入终端

谢谢Sob老师，重新进入终端就可以了

作者
Author: davi 时间: 2024-3-6 20:54
我这个是什么问题啊

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-7 08:01

davi 发表于 2024-3-6 20:54
我这个是什么问题啊

把里面formchk有关文字仔细看了
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

作者
Author: davi 时间: 2024-3-7 10:13
老师，我看了您的http://sobereva.com/516这篇博文，对于第一个例子，我上手发现和您里面内容不太对的上。ethanol我采用下面进行计算，然后用Multiwfn两步标准拟合得到的电荷如下面图片所示。但我用您提供的fch和out文件就能够和博文对的上，不太清楚什么原因？跟版本有关吗，我用的是16的

作者
Author: davi 时间: 2024-3-8 09:24
老师，我用您提供的例子在16跑了，也是对的上你的博文的，我查找不到问题所在。左边是您提供的例子，右边是我自己做的，难道是因为构建的方式不一样嘛，我可能比较新手，老师。

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