计算化学公社

标题: 求读取xyz文件中指定原子坐标的代码 [打印本页]

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作者
Author: shalene    时间: 2019-2-14 15:05
标题: 求读取xyz文件中指定原子坐标的代码
rt.谢谢

只会C，年龄大了实在是静不下心再学一门语言

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作者
Author: liyuanhe211    时间: 2019-2-14 16:25


最简单的情况如下，需要处理更复杂的情况（比如一个xyz里有多个结构的）自己改吧。
这事儿用C也很容易实现，不必要学新语言。
有C的基础用上一个周末的功夫学Python，绝对能用Python实现这件事

1. dump_lines = 空余行数
   
2. input_file = 输入文件路径
   
3. atom_index = 需要坐标的原子序号
   
4. 
   
5. 
   
6. def get_atom_coord(input_file, dump_lines, atom_index):  # atom_index count starts from 1
   
7.     with open(input_file) as input_file:
   
8.         input_file = input_file.readlines()
   
9.         return tuple(map(float, input_file[dump_lines + atom_index - 1].split()[1:]))
   
10. 
    
11. 
    
12. print(get_atom_coord(input_file, dump_lines, atom_index))  # 返回一个由xyz三个坐标构成的元组

复制代码

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作者
Author: shalene    时间: 2019-2-14 20:03
谢谢

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