计算化学公社

标题: 非共价相互作用理论计算，选哪个泛函和基组更好呢？ [打印本页]

作者
Author: yanmu 时间: 2019-2-15 11:42
标题: 非共价相互作用理论计算，选哪个泛函和基组更好呢？
(, 下载次数 Times of downloads: 20) 因为2和3都含有芳香环，所以二者之间应该有π-π堆叠作用。此外，因为有氨基和羰基，所以可能分子间还存在氢键相互作用。审稿人让加一点计算证明两者之间存在非共价相互作用所以才更稳定，如何证明分子间的氢键作用呢，老师让重点给出氢键键长图，由于时间比较紧，选哪个泛函和基组更好呢？谢谢大家。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-15 12:16
要求不高的话，而且如果你只会用Gaussian的话，先用PM6D3做快速预优化，然后用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**进一步做几何优化
详情看以下文章
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210

证明存在氢键最简单、直观的方法是用Multiwfn做RDG或IGM分析，用Multiwfn做RDG分析的文章估计得有快1000篇了，比单纯用氢键距离说明这点强得多得多。仔细看
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
通过独立梯度模型(IGM)考察分子间弱相互作用
http://sobereva.com/407（http://bbs.keinsci.com/thread-9472-1-1.html）
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn还支持其它一大把分析方法，诸如AIM分析、CVB指数等等都可以用来讨论氢键

作者
Author: yanmu 时间: 2019-2-15 17:19

sobereva 发表于 2019-2-15 12:16
要求不高的话，而且如果你只会用Gaussian的话，先用PM6D3做快速预优化，然后用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**进一步 ...

老师，我用的高斯，按照您说的先用了PM6D3做快速预优化，然后用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**进一步做几何优化时一直提交不了任务，是因为我用的 Gaussian 16, Revision A.03版本问题吗?是error:segmentation violation的错误

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-15 17:33

yanmu 发表于 2019-2-15 17:19
老师，我用的高斯，按照您说的先用了PM6D3做快速预优化，然后用B3LYP-D3(BJ)/6-311G**进一步做几何优化时 ...

关键词没用对
如果你直接拿B3LYP-D3(BJ)当关键词，明显没看我贴的博文

作者
Author: yanmu 时间: 2019-2-16 11:53

sobereva 发表于 2019-2-15 17:33
关键词没用对
如果你直接拿B3LYP-D3(BJ)当关键词，明显没看我贴的博文

老师，我按照您说的做完了预优化，在进行进一步几何优化时，算的特别慢，有没有加速的办法?因为这个审稿人让做一个简单计算就可以，并不是纯计算的文章。还有就是D3加不加BJ有什么区别？真心感谢老师的解答。

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-2-16 14:37
DFT-D校正如果在Gaussian中用的话，关键词写成em=gd3 或em=gd3bj

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-2-16 14:38
PM6D3可以直接写，等价于PM6 empiricalDispersion=GD3

作者
Author: yanmu 时间: 2019-2-16 15:15

lijiayisjtu 发表于 2019-2-16 14:37
DFT-D校正如果在Gaussian中用的话，关键词写成em=gd3 或em=gd3bj

嗯嗯，谢谢解答，我后来关键词用对了，PM6D3结果很快出来了，后来用b3lyp时计算的特别慢。我想问一下高斯如何判断两个分子间存在π-π堆积作用呢，是看自由能吗？如果自由能不能说明问题的话，可以用距离说明问题吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-16 17:28

yanmu 发表于 2019-2-16 15:15
嗯嗯，谢谢解答，我后来关键词用对了，PM6D3结果很快出来了，后来用b3lyp时计算的特别慢。我想问一下高斯 ...

用Multiwfn分析啊！我的回复里写得很清楚，看什么自由能

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-16 17:29

yanmu 发表于 2019-2-16 11:53
老师，我按照您说的做完了预优化，在进行进一步几何优化时，算的特别慢，有没有加速的办法?因为这个审稿 ...

我博文里写得都超级清楚，仔细看了不可能还问D3和D3(BJ)有什么区别这个问题。与其等着回复，还不如赶快把我贴的博文好好读读，明显可以更快得到答案。

体系不小，DFT计算当然耗时。算不动就用更便宜的级别，该用、能用什么在我博文里都写明了

作者
Author: yanmu 时间: 2019-2-16 17:37

sobereva 发表于 2019-2-16 17:28
用Multiwfn分析啊！我的回复里写得很清楚，看什么自由能

因为让明天就把结果给他，我没有用过muitiwfn，一直用的高斯，并且我在计算方面确实不是很懂，想着给他个键长意思一下就可以，本来也不是纯计算的文章。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-16 17:39

yanmu 发表于 2019-2-16 17:37
因为让明天就把结果给他，我没有用过muitiwfn，一直用的高斯，并且我在计算方面确实不是很懂，想着给他个 ...

理解能力正常的情况下，照着博文，用Multiwfn绘制IGM图，连学带绘图，撑死了半个小时就够，更何况你还有半天的时间。完全在于你肯不肯拿出一丁点时间看看写得极其清楚易懂的博文去学习超级易用的Multiwfn的相应功能的使用。
如果你就是想通过距离证明存在氢键，一开始索性别问“如何证明分子间的氢键作用呢”，省得别人白回复

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)