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标题: VMD中给分子局部添加透明色背景中怎么选择局部的原子片段 [打印本页]

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-2-15 16:50
标题: VMD中给分子局部添加透明色背景中怎么选择局部的原子片段
老师您好，看了您“在VMD中给部分区域原子添加透明分子表面来突出显示”的视频后，我想给一个分子中的某一部分添加透明色表面，但是不知道怎么去选择哪个局部片段，看到您哪个是分开的分子，直接给整体添加了，那局部的该怎么去选择哪个片段(不知道局部选择的那个片段的命令是什么)？请老师指导，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-15 17:20
比如serial 1 6 7 to 10代表选择1,6,7,8,9,10原子构成的片段

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-2-15 19:16

sobereva 发表于 2019-2-15 17:20
比如serial 1 6 7 to 10代表选择1,6,7,8,9,10原子构成的片段

好的，感谢老师

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-2-15 21:53
老师您好，按照您给我指导的方法，我选择特定片段后透明区域添加的不在指定片段区域而跑到了没有定义的片段区了，不知道是哪里操作有问题，还请老师指导。(请见附件图片所注)

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-2-16 14:52
你有三个Rep,是不是要delete第三个Rep?

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-2-16 16:13
本帖最后由 cqu_xiaoq 于 2019-2-16 16:22 编辑

lijiayisjtu 发表于 2019-2-16 14:52
你有三个Rep,是不是要delete第三个Rep?

感谢您的回复，我后面两个rep对应于该分子的两个不同的片段，都需要添加透明色背景，所以有两个片段的rep，另外删掉最后那个rep以后操作第二个时仍然出现上图所示情况，请问这个可能是什么原因造成的呢？还是我的操作有误？请帮忙解答，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-16 17:36

cqu_xiaoq 发表于 2019-2-15 21:53
老师您好，按照您给我指导的方法，我选择特定片段后透明区域添加的不在指定片段区域而跑到了没有定义的片段 ...

编号没设对。没有其它可能
注意区分index和serial的区别，前者从0开始计，后者从1开始计

作者
Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-2-16 19:59

sobereva 发表于 2019-2-16 17:36
编号没设对。没有其它可能
注意区分index和serial的区别，前者从0开始计，后者从1开始计

感谢老师，之前不知道VMD编号默认是从零开始，然后关键词一直用serial，所以导致一直出错，现在好了，谢谢老师。

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