背景：在处理目标分子磷霉素（fosfomycin，已经PBE1PBE/6-311g(d,p)下优化）时，利用acpype产生itp、top和gro文件，出现LINCS错误，以为是自己操作，但是试了几个分子后（二甲基咪唑，黄连素和氯霉素）都没有出现错误。于是仔细查看报错，开始时的报错都是磷酸基团上的O-H的bonds that rotated more than 30 degrees。因为是新手，一开始摸不着头脑，于是就去掉了磷酸基团上的两个氢，结果可以正常跑。考虑到是不是磷酸基团和磺酸基团上的H有些特别，容易出错，就找了一个带磺酸基团的有机物和把磷霉素环氧化开环生成邻二醇类的两个分子拿来试了试，结果都是如此，就是磺酸基团和磷酸基团上的O-H容易报bonds that rotated morethan 30 degrees。
处理方法：
（1）退火从0K升温，一样出错。
（2）换了ATB生成itp，成功。
问题：
（2）对于磺酸基团和磷酸基团，是GAFF力场不适合，还是有其它原因，比如md设置，或者其它；
（1）在正常跑完MD后，在VMD中跑轨迹时C-P键没有连接，其它键没有问题，如何把这个键连接上呢。