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标题: aRDG分析，得到等值面与设想分析的不同 [打印本页]

作者
Author: lijiayisjtu 时间: 2019-2-19 21:43
标题: aRDG分析，得到等值面与设想分析的不同
将步骤描述如下，我先用amber进行了MD模拟，后处理时每隔10个frame选取一个pdb, 一共是1000个结构保存为一个PDB文件，然后将其载入VMD (, 下载次数 Times of downloads: 43) ，保存为xyz格式文件，ultraedit打开选取感兴趣的S原子（位于体系的内部），serial 94 (, 下载次数 Times of downloads: 35) ，然后使用Multiwfn进行aRDG分析 (, 下载次数 Times of downloads: 36) 得到avgRDG.cub和avgsl2r.cub。最后source avgRDG.vmd却发现等值面却位于体系的外部 (, 下载次数 Times of downloads: 29) ，不知什么原因，请大神指点一下，谢谢!

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-20 00:04
很诡异，应该是操作流程上哪里搞错了
在VMD里再反复检查序号、坐标

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