计算化学公社

标题: 质子化过程的比较用什么方法分析 [打印本页]

作者
Author: 18783980657 时间: 2019-2-20 21:00
标题: 质子化过程的比较用什么方法分析
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大家好，这两个是HOAc给氢过程，13BE-Ph-ts-5的能量是11.6Kcal/mol,13BE-ts-3的能量是13.3Kcal/mol，我想用分析方法来解释这两个过渡态，为何13BE-Ph-ts-5能量更低。可以有哪些方法啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-20 21:13
可以算算接受氢的那个碳的原子电荷（或者算一下去掉HOAc时接受氢位点的分子表面局部静电势），越负的话理应越容易接受质子。也可以考察接受氢的位点的简缩局部软度（简缩福井函数与全局软度相乘）

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-2-21 08:08
质子化这个问题，咨询一下。
如何计算的呢？不能是单纯的高斯带一个正电荷吧。这样设置的话，正电荷就不是在质子化的那个部分了吧。
是不是需要把质子化的那个部分，让他孤立的带一个正电荷？让他跑不了。
这样如何弄的？不知道理解的对不对，谢谢指点

作者
Author: 18783980657 时间: 2019-2-21 11:05

小范范1989 发表于 2019-2-21 08:08
质子化这个问题，咨询一下。
如何计算的呢？不能是单纯的高斯带一个正电荷吧。这样设置的话，正电荷就不是 ...

比如我的这个过渡态，是中性的，设置就是0，我没有把质子化部分孤立出来带正电荷。

作者
Author: 18783980657 时间: 2019-2-21 11:08

sobereva 发表于 2019-2-20 21:13
可以算算接受氢的那个碳的原子电荷（或者算一下去掉HOAc时接受氢位点的分子表面局部静电势），越负的话理应 ...

谢谢老师，我做了NBO，NBO能说通，也做了没有去掉HOAc的静电势能面，这个我没说通，两个静电势能面差不多，碳原子在势能面里面，根本不好说明，可能是我没有去掉HOAc的原因。

作者
Author: 18783980657 时间: 2019-2-21 13:40

sobereva 发表于 2019-2-20 21:13
可以算算接受氢的那个碳的原子电荷（或者算一下去掉HOAc时接受氢位点的分子表面局部静电势），越负的话理应 ...

老师，简缩局部软度我在手册里没找到，怎么可以算这个？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-21 22:16

18783980657 发表于 2019-2-21 11:08
谢谢老师，我做了NBO，NBO能说通，也做了没有去掉HOAc的静电势能面，这个我没说通，两个静电势能面差不多 ...

根本就没有“静电势能面”这种词，仔细看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

静电势和势能面完全是八竿子打不着的两个概念
考察静电势显然得先把HOAc去掉

NBO指代不明。这是一堆理论的统称，NBO本身又是专门分析成键特征的，根本牵扯不到原子电荷上。NBO程序里给的原子电荷叫NPA电荷，我在上面博文里特意强调了。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-21 22:18

18783980657 发表于 2019-2-21 13:40
老师，简缩局部软度我在手册里没找到，怎么可以算这个？

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作者
Author: 18783980657 时间: 2019-2-26 22:30

sobereva 发表于 2019-2-21 22:18

老师，因为我这两个是烯烃上面连接不同的基团，可能导致共轭效应有所影响，我想从共轭的角度去分析这两个过渡态，有什么方法吗？

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