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标题: 优化过渡态发现两个频率 [打印本页]

作者
Author: 氢原子 时间: 2019-2-20 21:20
标题: 优化过渡态发现两个频率
优化过渡态发现两个频率，第一个是正确的，第二个怎么也消不掉，尝试了tight，calcall, superfine都不行。也调节了Manual displacement的值（0.08到0.3），都没能消去第二个虚频。请问，大家还有什么方法吗？下面是过渡态的输入输出文件，这个反应是二氧化碳的加成，O加到B上，C加到C上，协同过程。

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2019-2-21 08:03
关掉对称性试试

你这分子画得就挺诡异的，估计找得完全不对

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-2-21 15:41
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-2-21 15:48 编辑

你的第二个虚频很大，而且明显是由平面结构朝向面外的震动，这个振动是破坏分子平面所在的镜面的，所以确实应该破坏对称性，此时（仅适用于我前面所说的这个情况，不适用于其他有多余虚频的情况）可以手动把一个原子拉开一点（比如旋转一下甲基的三个氢可能就可以），或者按照虚频的模式移动后重新优化过渡态。
注意不是二楼所说的“关掉对称性”是不太正确的，即使不使用对称性（NoSymm之类），没有破坏平面对称性的因素，优化完了大多还是对称的。

以及我也觉得这分子有点奇怪，想象不出这想表达什么分子的什么实验过程，画一下键线式和电荷吧。

作者
Author: 18783980657 时间: 2019-2-21 15:48

可以试一试调manual displacement

作者
Author: 氢原子 时间: 2019-2-21 22:09

18783980657 发表于 2019-2-21 15:48
可以试一试调manual displacement

试过了，没消掉

作者
Author: 氢原子 时间: 2019-2-21 22:09

liyuanhe211 发表于 2019-2-21 15:41
你的第二个虚频很大，而且明显是由平面结构朝向面外的震动，这个振动是破坏分子平面所在的镜面的，所以确实 ...

谢谢您的帮助，我试试调节一下结构

作者
Author: 18783980657 时间: 2019-2-21 22:17

氢原子发表于 2019-2-21 22:09
试过了，没消掉

还有一种可能，或许你的过渡态就是错的，因为之前我有过类似情况，找一个转金属过渡态，也有两个虚频，第一个大虚频看起来就是转金属过程，我也试过很多方法消第二个，但是一直消不掉，然后我就重新用扫描的方法找转金属过渡态，最后找到一个没有多余虚频的。所以可能是过渡态错了

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Author: liyuanhe211 时间: 2019-2-22 00:24

18783980657 发表于 2019-2-21 22:17
还有一种可能，或许你的过渡态就是错的，因为之前我有过类似情况，找一个转金属过渡态，也有两个虚频，第 ...

理论上即使过渡态（机理）是错误的，（情况不十分特殊的话）也应当能找到对应的、消去虚频的过渡态。你说的情况更可能是有些随机的成分，即优化算法所限，从不同起始点出发的搜索过程会产生不同的结果（即使有时这两个起始点离的很近）。一种消除虚频的方法是给几何结构做一些随机扰动（比如给每个坐标加一个随机的小量）再重新优化，有的时候怎么都消不掉的（一般是很小的、不是楼主的情况）虚频就解决了。

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