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标题: 激发态结构振动频率计算慢正常吗？ [打印本页]

作者
Author: lao7 时间: 2015-6-5 09:52
标题: 激发态结构振动频率计算慢正常吗？
荧光光谱计算，运行到激发态振动频率计算这一步（高斯手册第五步），30个左右的原子,16个核CPU（3.2主频）算了两周，显示还在计算，这正常吗？太慢了。谢谢！
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

%oldchk=04-ac%chk=05-ac
# B3LYP/6-31G(d,p) TD=(Read,NStates=6,Root=1) Freq
SCRF=(Solvent=water) Geom=Check Guess=Read NF excited state freq

0 1
。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-5 13:16
TDDFT在g09没有解析Hessian，只有解析梯度，所以需要通过有限差分来做，耗时相当于6*30=180步几何优化的耗时
看看几何优化每步耗时多少就能估出总时间

作者
Author: lao7 时间: 2015-6-5 13:23
谢谢，orca能否通过解析hessian来加快tddft呢?

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-5 13:58

lao7 发表于 2015-6-5 13:23
谢谢，orca能否通过解析hessian来加快tddft呢?

常见量化程序中支持TDDFT解析Hessian的只有Q-Chem
Gaussian对于CIS支持解析Hessian，也可以考虑

作者
Author: lao7 时间: 2015-6-29 17:40

sobereva 发表于 2015-6-5 13:58
常见量化程序中支持TDDFT解析Hessian的只有Q-Chem
Gaussian对于CIS支持解析Hessian，也可以考虑

Gaussian对于CIS支持解析Hessian，请问如此计算的精度咋样？对于强度精度无要求，只要求波长精度高些即可。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-29 17:48

lao7 发表于 2015-6-29 17:40
Gaussian对于CIS支持解析Hessian，请问如此计算的精度咋样？对于强度精度无要求，只要求波长精度高些即可 ...

CIS计算激发能总会偏高，但不意味着CIS的激发态势能面形状很不合理，用CIS算激发态振动还是可以的

作者
Author: lao7 时间: 2015-7-6 14:22
好谢谢！请问哪里能找到gaussian用CIS计算发射光谱的例子？能否把以前高斯说明书中的TDDFT的例子直接拿回来，基组换一下使用，其他不变？谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-6 15:21

lao7 发表于 2015-7-6 14:22
好谢谢！请问哪里能找到gaussian用CIS计算发射光谱的例子？能否把以前高斯说明书中的TDDFT的例子直接拿回 ...

非常简单
1 优化基态HF/6-31G* opt
2 用第1步结构做初猜优化激发态（如S1） CIS/6-31G* opt
最后一步输出的第一激发能就是荧光发射能。

作者
Author: lao7 时间: 2015-7-6 17:03
本帖最后由 lao7 于 2015-7-6 17:06 编辑

sobereva 发表于 2015-7-6 15:21
非常简单
1 优化基态HF/6-31G* opt
2 用第1步结构做初猜优化激发态（如S1） CIS/6-31G* opt

谢谢！总共两步吗？为什么高斯手册上计算荧光光谱用了7步呢。

根据你的意见，请看看我这样写分子坐标是否合理？谢谢。

第一步：
%nprocshared=20
%mem=55GB
%chk=2NF1.chk
# Opt Freq HF/6-31G** scrf=(solvent=water,pcm)

2NF1 ground state

2 1
C                -8.35184600 -4.37086300 -2.04627200
N                -9.69511900 -4.09121800 -1.53104700
C                -9.95150800 -2.64930000 -1.52529000
C                -8.94078600 -1.94531700 -0.61971000
N                -7.57146100 -2.24232700 -1.06487500
C                -7.31522600 -3.69885900 -1.15142700
... ...

第二步：
%nprocshared=20
%mem=55GB
%oldchk=2NF1
%chk=2NF2
# Opt Freq CIS/6-31G** TD=NStates=6 SCRF=(Solvent=water)
  Geom=Check Guess=Read

2NF2

2 1

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-6 17:06

lao7 发表于 2015-7-6 17:03
谢谢！总共两步吗？为什么高斯手册上计算荧光光谱用了7步呢。

根据你的意见，请看看我这样写分子坐标 ...

不要管高斯手册。很多人老是提高斯手册里的那个啰嗦复杂的例子。那个例子之所以啰嗦，是因为从吸收到发射都事无巨细完整算了一遍，还考虑了非平衡溶剂。

你写得不对，就按我说的写就完事了。顶多再写上scrf关键词考虑水溶剂就得了。

作者
Author: lao7 时间: 2015-7-6 17:08
本帖最后由 lao7 于 2015-7-6 17:15 编辑

sobereva 发表于 2015-7-6 17:06
不要管高斯手册。很多人老是提高斯手册里的那个啰嗦复杂的例子。那个例子之所以啰嗦，是因为从吸收到发 ...

刚才我改了（9楼），请看看错在什么地方，不好意思我从来没有算过这个荧光发射

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-6 17:17

lao7 发表于 2015-7-6 17:08
刚才我改了（9楼），请看看错在什么地方，不好意思我从来没有算过这个荧光发射

CIS比TDDFT差得远，算荧光应当用TDDFT

第一步：
%nprocshared=20
%mem=55GB
%chk=2NF.chk
# Opt B3LYP/6-31G** scrf

2NF1 ground state

2 1
C                -8.35184600 -4.37086300 -2.04627200
N                -9.69511900 -4.09121800 -1.53104700
C                -9.95150800 -2.64930000 -1.52529000
C                -8.94078600 -1.94531700 -0.61971000
N                -7.57146100 -2.24232700 -1.06487500
C                -7.31522600 -3.69885900 -1.15142700
... ...

第二步：
%nprocshared=20
%mem=55GB
%chk=2NF.chk
# Opt B3LYP/6-31G** TD SCRF Geom=Check Guess=Read

2NF2

2 1

直接取最后一步的第一激发能和振子强度即可。

作者
Author: lao7 时间: 2015-7-6 17:25

sobereva 发表于 2015-7-6 17:17
CIS比TDDFT差得远，算荧光应当用TDDFT

第一步：

谢谢卢老师，你这修改的应该是用TDDFT计算荧光发射、同时考虑到溶剂效应、2步计算完成的书写方式吧？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-6 21:38

lao7 发表于 2015-7-6 17:25
谢谢卢老师，你这修改的应该是用TDDFT计算荧光发射、同时考虑到溶剂效应、2步计算完成的书写方式吧？

对

如果再考虑荧光过程的非平衡溶剂效应会更准一些，但要稍微啰嗦点。

作者
Author: Gaoktp 时间: 2015-7-7 15:09
来学习下！！

作者
Author: lao7 时间: 2015-7-7 16:10

sobereva 发表于 2015-7-6 21:38
对

如果再考虑荧光过程的非平衡溶剂效应会更准一些，但要稍微啰嗦点。

谢谢卢老师，谈到这里，不免我还想请教一下，如果考虑荧光过程的非平衡溶剂效应，应该怎么设置呢？分几步？如果不考虑的话，上述计算方式一般能否被接受。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-7-7 16:39

lao7 发表于 2015-7-7 16:10
谢谢卢老师，谈到这里，不免我还想请教一下，如果考虑荧光过程的非平衡溶剂效应，应该怎么设置呢？分几步 ...

不考虑非平衡溶剂可能会有数量级在0~0.2eV左右的误差，问题不大。也不一定考虑了非平衡溶剂效应就更准，因为有时候有误差抵消。

我前面给出的过程是两步。要考虑非平衡溶剂，那就把手册里的6、7步加到最后，一共四步。

作者
Author: lao7 时间: 2015-7-7 17:00

sobereva 发表于 2015-7-7 16:39
不考虑非平衡溶剂可能会有数量级在0~0.2eV左右的误差，问题不大。也不一定考虑了非平衡溶剂效应就更准， ...

谢谢卢老师，高斯的说明书关于荧光光谱的计算误导了不少初学者。经你这么一指点，原来计算发射谱两步就能搞定。谢谢！

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