计算化学公社

标题: lammps [打印本页]

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Author: wasngsimin 时间: 2019-2-21 19:40
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作者
Author: wasngsimin 时间: 2019-2-22 09:00
求做过的大神回答呀

作者
Author: dark_cosmos 时间: 2019-2-22 12:24
fix colvars调用一个.colvar文件，这个文件怎么写可以把colvar的手册看一下很简单（写的不太好，但是看完对整个lammps实现colvar能有一定了解）。之后得到的.colvars.traj文件，里面的数据需要进行分割（split -l可以按照多少行分割，分割为每个平衡位置一个文件）然后给WHAM使用，至于为什么把WHAM手册读一下就明白了。总体用起来感觉lammps对于colvars实现的并不好，我只是简单测试过，希望对你有点帮助。

作者
Author: wasngsimin 时间: 2019-2-22 13:57

dark_cosmos 发表于 2019-2-22 12:24
fix colvars调用一个.colvar文件，这个文件怎么写可以把colvar的手册看一下很简单（写的不太好，但是看完对 ...

谢谢您的回答！我还想问一下您那个.colvars.traj输出的是什么的Trajectory呢？比如我定义的colvars是一个分子沿某一个方向的投影距离，此时.colvars.traj输出的这个分子的投影距离吗？还是其他呢？我看公式里与径向分布函数有关，这个径向分布函数指的是谁的呢？可能问题比较stupid，请您多担待，我还得多向您学习，多看文献，多调试软件，谢谢！

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-2-22 16:00
你看篇综述再问吧……

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/wcms.66

RDF那个我觉得你是看混了。如果你的CV只是距离，那它和RDF是等效的，但是看起来你好像用不着这个。

作者
Author: wasngsimin 时间: 2019-2-22 16:21

k64_cc 发表于 2019-2-22 16:00
你看篇综述再问吧……

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/wcms.66

好的谢谢您！

作者
Author: wasngsimin 时间: 2019-2-22 21:51

k64_cc 发表于 2019-2-22 16:00
你看篇综述再问吧……

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/wcms.66

看完很受益！理论知识还有待加强，另外我说径向分布函数是看了一篇硕士论文上说的。谢谢！

作者
Author: kaola 时间: 2019-10-22 17:38

dark_cosmos 发表于 2019-2-22 12:24
fix colvars调用一个.colvar文件，这个文件怎么写可以把colvar的手册看一下很简单（写的不太好，但是看完对 ...

您好！请问您用的哪个版本的lammps的fix colvars?

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