计算化学公社

标题: 关于使用GROMACS和VMD绘制空间分布函数SDF的问题 [打印本页]

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2019-2-22 12:34
标题: 关于使用GROMACS和VMD绘制空间分布函数SDF的问题
最近在用VMD画空间分布函数，关于一个木糖分子周围溶剂的分布情况，目前的溶剂是γ-戊内脂，我根据网上的教程，做出来的图为图2还有图3，但是我想要做出来的效果是图1，怎么调节isovalue都不行，我想是不是只要选择中心分子周围的溶剂就好了，但是我不知道怎么只选择部分溶剂，我的步骤是如图4，请问大家知道怎么解决吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-22 23:07
得到平滑的sdf需要帧数非常多，例如
(, 下载次数 Times of downloads: 88)

并非只选取此分子附近的溶剂，而且也没法这么选

当然，操作步骤错误也可能导致结果完全没意义

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2019-2-28 19:33

sobereva 发表于 2019-2-22 23:07
得到平滑的sdf需要帧数非常多，例如

谢谢老师您的回复！我的模拟的时间是4ns，我的gromacs版本是5.1.4的，在计算SDF时，我的操作过程是这样的
gmx trjconv -s md.tpr -f md.xtc -n index.ndx -o md_cnt.xtc -boxcenter tric -ur compact -pbc none
Select group for output
Selected 0: 'System'
gmx trjconv -s md.tpr -f md_cnt.xtc -n index.ndx -o md_cnt_fit.xtc -fit rot+trans
Select group for least squares fit
Selected 2: 'INP'这个是中心分子组
Select group for output
Selected 0: 'System'
gmx spatial -s md.tpr -f md_cnt_fit.xtc -n index.ndx -nab 80 -b 1000 -e 4000
Select group to generate SDF:
Selected 6: 'OW'这是周围水分子的氧原子
Select group to output coords (e.g. solute):
Selected 2: 'INP'
得到grid.cube文件
用VMD载入
之后得到的结果

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2019-2-28 19:53

sobereva 发表于 2019-2-22 23:07
得到平滑的sdf需要帧数非常多，例如

sob老师，我上次模拟是在盒子中心放入一个木糖分子，然后填充溶剂，后来会不会不能是只有一个分子，我最近是在盒子里放入15个木糖分子，填充水，进行模拟，最后的md模拟是4ns，结果最后计算SDF，导入.cube文件之后显示在画面的还是15个木糖分子，我理解的是最后SDF结果中应该只显示一个中心分子吗？结果如下图（不是很清晰）

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-1 00:24

LINQIXUAN 发表于 2019-2-28 19:53
sob老师，我上次模拟是在盒子中心放入一个木糖分子，然后填充溶剂，后来会不会不能是只有一个分子，我最 ...

你弄那么多溶质分子没有意义
不管你放了多少，统计的时候你也只能取其中一个来统计，因此溶质分子放多了，还导致你计算过程增加了无意义的耗时。因此就放一个就完了。

一般来说建议把中心分子放在盒子中央并且冻结住，然后做MD，再进行sdf统计，这样最省事、放心。我幻灯片上的水的例子也是这么做的

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2019-3-1 10:49

sobereva 发表于 2019-3-1 00:24
你弄那么多溶质分子没有意义
不管你放了多少，统计的时候你也只能取其中一个来统计，因此溶质分子放多了 ...

好的，谢谢老师了~

作者
Author: naoki 时间: 2019-7-1 19:50

sobereva 发表于 2019-2-22 23:07
得到平滑的sdf需要帧数非常多，例如

Sob老师，我想请教一下您这个图中跑50ns最终输出了多少帧才可以达到图中的效果呢，谢谢~

作者
Author: sobereva 时间: 2019-7-2 10:57

naoki 发表于 2019-7-1 19:50
Sob老师，我想请教一下您这个图中跑50ns最终输出了多少帧才可以达到图中的效果呢，谢谢~

五万

作者
Author: 模拟小菜鸟 时间: 2019-9-2 09:24

sobereva 发表于 2019-3-1 00:24
你弄那么多溶质分子没有意义
不管你放了多少，统计的时候你也只能取其中一个来统计，因此溶质分子放多了 ...

请问老师怎么在盒子中央冻结中心分子呢

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-3 00:59

模拟小菜鸟发表于 2019-9-2 09:24
请问老师怎么在盒子中央冻结中心分子呢

把那个分子在索引文件里定义成一个组，然后把这个组在mdp里设成freezegrps组就行了

作者
Author: yee 时间: 2022-5-10 17:03

sobereva 发表于 2019-9-3 00:59
把那个分子在索引文件里定义成一个组，然后把这个组在mdp里设成freezegrps组就行了

请问老师，如果是做离子液体，想求阳离子对阴离子的sdf也能用这种方法吗？我理解您的方法是在体系中加入一个阳离子和很多阴离子，然后将阳离子冻结在盒子中心。gromacs可以跑带电荷的体系吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-5-16 00:10

yee 发表于 2022-5-10 17:03
请问老师，如果是做离子液体，想求阳离子对阴离子的sdf也能用这种方法吗？我理解您的方法是在体系中加入 ...

如果你是用PME等考虑无穷远静电作用的方法，盒子里净电荷应当为0

作者
Author: yuying348 时间: 2023-4-28 13:57
请教一下您的图1来源是哪篇文章？我想学习一下。谢谢

作者
Author: LINQIXUAN 时间: 2023-5-4 15:00

yuying348 发表于 2023-4-28 13:57
请教一下您的图1来源是哪篇文章？我想学习一下。谢谢

1. Insights into the solvation of glucose in water, dimethyl sulfoxide (DMSO), tetrahydrofuran (THF) and N,N-dimethylformamide (DMF) and its possible implications on the conversion of glucose to platform chemicals
2. Understanding solvent effects in the selective conversion of fructose to 5-hydroxymethyl-furfural: a molecular dynamics investigation
3. Fructose−Water−Dimethylsulfoxide Interactions by Vibrational Spectroscopy and Molecular Dynamics Simulations
这几篇都有这种图，我最开始看到这几篇文章

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