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标题: Gromacs新手求教 [打印本页]

作者
Author: hee_csu 时间: 2019-2-24 12:27
标题: Gromacs新手求教
本帖最后由 hee_csu 于 2019-2-25 09:43 编辑

sob大神，您好！我想用gromacs做点模拟，刚开始学，在做第一个教程时，遇到如下问题：

根据Gromacs官网的第一个教程：Introduction to Molecular Dynamics: Simulation of Lysozyme in Water
在用命令：gmx grompp -f em.mdp -p topol.top -c solvated.gro -o em.tpr时，提示出现fattal error:
number of coordinates in coordinate file (solvated.gro, 21216)
does not match topology (topol.top, 20970)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors

看了官网的解释，说是没有更新top文件，我没搞明白怎么更新，您能给我指点迷津吗？

非常感谢!

作者
Author: cokoy 时间: 2019-2-24 18:40
社长叫sob，不是sol...
你那个报错是gro里的原子数和top里的原子数不一致，你检查一下是不是之前的哪一步报错了或者漏做了。

作者
Author: 霜晨月 时间: 2019-2-24 20:12
本帖最后由霜晨月于 2019-2-24 20:13 编辑

你的top文件原子数比gro文件的原子数少。
一种可能是你genion之后忘了修改top文件的最末尾部分。比较老的gmx版本，你需要手工添加多少个Na，多少个Cl，并减去相应的水分子个数。（但新版gmx已经可以自动更新了，不知怎么回事，也许你用的是很老的gmx版本。）
另一种可能是你在gro里面添加了小分子配体，却忘记在top里面添加配体了。

作者
Author: 小范范1989 时间: 2019-2-24 21:34
动力学，建议还是上个sob老师的辅导班，清楚很多。

作者
Author: hee_csu 时间: 2019-2-25 09:43

小范范1989 发表于 2019-2-24 21:34
动力学，建议还是上个sob老师的辅导班，清楚很多。

我也想上辅导班，不知今年是否开班

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-25 12:54

hee_csu 发表于 2019-2-25 09:43
我也想上辅导班，不知今年是否开班

暑假会有下一届

仔细对照top的[molecules]字段和gro里的信息，top里原子数少于gro，显然是gro里添加内容的时候但是没有在top的[molecules]字段里增添相应内容所致

作者
Author: hee_csu 时间: 2019-2-26 14:30

sobereva 发表于 2019-2-25 12:54
暑假会有下一届

仔细对照top的[molecules]字段和gro里的信息，top里原子数少于gro，显然是gro里添加内 ...

Thanks a lot

作者
Author: 不辣的麻辣烫 时间: 2023-2-20 10:02

霜晨月发表于 2019-2-24 20:12
你的top文件原子数比gro文件的原子数少。
一种可能是你genion之后忘了修改top文件的最末尾部分。比较老的g ...

2018版本出现了这个情况，2023版本未出现。请教大佬，如何手工添加Na和Cl呢，在哪个文件中添加。新手求教，非常感谢！

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