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标题: 关于Co-crystal的计算 [打印本页]

作者
Author: superrice 时间: 2015-6-5 23:31
标题: 关于Co-crystal的计算
本帖最后由 superrice 于 2015-6-5 23:46 编辑

1. 请问有办法计算co-crystal的吸收光谱吗？现在组里用的Crystal14，不过手册里好像没有光谱的计算，请问其他软件有吗？
2. 这个co-crystal里有氢键存在，在结构优化的时候氢原子会从acceptor移动到donor，请问这样的话是用实验数据还是用优化过之后的数据呢？
3. 一般如果体系有氢键存在，会计算什么性质？体系里两种分子，怎么区分哪个是酸或者哪个是碱？有方法可以计算吗？
4. 比如valance band，能知道这个band是由分子的哪个轨道，比如HOMO, HOMO-1 之类组成的吗？

作者
Author: wei 时间: 2015-6-6 17:22
1. castep可以，vasp应该也可以，不过后者没用过
2. 在实验数据基础上优化一下为宜。晶体cif文件中的H原子很多都不是测得而是经验添加的，故需要优化
3. 可以做一点能量计算或波函数分析。酸碱可以从氢键的键长变化看出给体和受体
4. 理论上可以计算，但怎么准确计算没试过

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-6-6 20:06
1、VASP可以计算，但需要计算得到介电常数的实部和虚部进行换算，网上有小程序可以进行换算，但使用并不方便，自己用Fortran写一下也并不复杂，公式黄昆先生的书上有，如果采取这样的方式搞不定我们可以再进行交流；
2、赞同楼上的，H一般没法测，一般看计算结果；
3、这个我不是很熟悉；
4、有些程序应该可以做分子轨道投影态密度，但哪些程序能够实现我并不清楚（印象中GPAW是可以做的）这样能够得到大致的分布，对于单个的能带如果写程序原则上应该也能实现，但我没做过相关的处理。

作者
Author: jiewei 时间: 2015-6-16 10:15
co-crystal的吸收光谱吗？

用castep的TD-DFT方法可算。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-6-16 11:39

jiewei 发表于 2015-6-16 10:15
co-crystal的吸收光谱吗？

用castep的TD-DFT方法可算。

CASTEP没办法使用TDDFT做，手册给出计算限制：
Only a Gamma point calculation is allowed, which should be sufficiently accurate for a "molecule in a box" geometry。

但是CASTEP可以通过计算Optical properties来获得介电常数换算到吸收谱，与VASP的过程没啥区别，只是这个换算过程程序能够直接实现而已。

作者
Author: 万里云 时间: 2015-6-16 14:27
现在TDDFT只适用于非周期性结构。周期性结构需要非常特殊的交换关联泛函，只有少数程序支持，并且指明这项功能是"EXPERIMENTAL"。可以尝试exciting / elk这两个程序。不过这两个程序是全电子程序，估计计算量很大。

现在算周期性结构介电函数最常用的是DFT+RPA，并且视材料不同，可以用杂化泛函或者DFT+U。VASP和CASTEP都支持此种计算。

更为精确的计算方法是解Bethe-Salpeter方程，不过这个计算量惊人。

对于第四点：固体中波函数用n和k两个量子数标识，一条能带囊括了所有n为定制的波函数，因此“一条能带由哪些原子波函数贡献”的说法其实不准确。
VASP可以通过PROCAR得到此种信息，pwscf也可以。

作者
Author: jiewei 时间: 2015-6-16 19:54

卡开发发发表于 2015-6-16 11:39
CASTEP没办法使用TDDFT做，手册给出计算限制：
Only a Gamma point calculation is allowed, which shou ...

你用的是哪个版本？

作者
Author: jiewei 时间: 2015-6-16 20:00

万里云发表于 2015-6-16 14:27
现在TDDFT只适用于非周期性结构。周期性结构需要非常特殊的交换关联泛函，只有少数程序支持，并且指明这项 ...

层主有所不知，8.0 可用td-dft计算周期性的吸收光谱

作者
Author: 卡开发发 时间: 2015-6-16 20:02
本帖最后由卡开发发于 2015-6-16 20:26 编辑

jiewei 发表于 2015-6-16 19:54
你用的是哪个版本？

手里的是7.0的，对于8.0的情况不明。
前面看了下8.0的help文档，上面还是这么写着的。也去查了一下CASTEP开发组的信息，对这个问题也没有明确说明。

作者
Author: 万里云 时间: 2015-6-16 21:25

jiewei 发表于 2015-6-16 20:00
层主有所不知，8.0 可用td-dft计算周期性的吸收光谱

方法可靠吗？

作者
Author: jiewei 时间: 2015-6-17 10:03

万里云发表于 2015-6-16 21:25
方法可靠吗？

可靠，不过需要设置比较大的nstate

作者
Author: 丁越 时间: 2021-9-21 22:39
CP2K也支持TDDFT计算，楼上的老师们都用过这个没呀？其优势和短板在哪里呢？

作者
Author: lhd 时间: 2022-1-10 21:52

卡开发发发表于 2015-6-16 20:02
手里的是7.0的，对于8.0的情况不明。
前面看了下8.0的help文档，上面还是这么写着的。也去查了一下CASTE ...

用castep可以计算晶体的红外吸收吗？实验测得的金刚石晶体的红外透过谱，能用CASTEP计算吗？谢谢

作者
Author: lhd 时间: 2022-1-10 21:53
楼主现在还在吗？这个crystal的安装是需要购买使用还是有别的渠道呢？谢谢

作者
Author: 卡开发发 时间: 2022-1-10 23:34

lhd 发表于 2022-1-10 21:52
用castep可以计算晶体的红外吸收吗？实验测得的金刚石晶体的红外透过谱，能用CASTEP计算吗？谢谢

红外吸收谱应该可以算，你可以看下性质计算有IR、Raman的计算选项，不过需要注意的是可能只支持使用模守恒赝势。

作者
Author: lhd 时间: 2022-1-10 23:40
我计算了金刚石的，但是没有IR活性。事实上在3-7微米的时候，确实是有吸收，这个不知道能不能计算？我现在一直在摸索，没有计算出来？还有，请问您有crystal的安装包吗？想要个盗版，嘿嘿，谢谢您能回复我。

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