计算化学公社

标题: 求助gromacs力场问题 [打印本页]

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-2-26 11:20
标题: 求助gromacs力场问题
请问一下各位大佬，如果我想用的力场不在gromacs软件中，例如ＤｒｅｉｄｉｎｇＩＩ力场，我应该如何添加力场参数呢？或者在哪里找我们所需要的力场的包呢？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-2-26 11:21
顺便想请教一下 sob 老师，lammps的培训班什么时间有呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-2-26 13:45
目前没计划开lammps培训班
dreiding已经过时了，要用也是用后来更好一点、支持元素更多的UFF
根据gmx拓扑文件的规则、支持的力场函数形式和原文里的参数，可以自行补充到gmx的拓扑文件里使用
下文中的OBGMX也可以直接产生基于UFF的拓扑文件

几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266（http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html）

原理上，只要一个力场的函数形式是gmx支持的（支持哪些形式在手册里写明了），就都可以补进gmx里去用

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-2-26 14:59

sobereva 发表于 2019-2-26 13:45
目前没计划开lammps培训班
dreiding已经过时了，要用也是用后来更好一点、支持元素更多的UFF
根据gmx拓扑 ...

非常感谢您的回复！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-7 20:43

sobereva 发表于 2019-2-26 13:45
目前没计划开lammps培训班
dreiding已经过时了，要用也是用后来更好一点、支持元素更多的UFF
根据gmx拓扑 ...

老师，我想请教您，第一，假如我想使用的是dreiding2力场，因为我想全部按照文献内容进行模拟的话，gromacs中没有这个力场，此时我应该如何做呢？第二，我想请教一下，我以opls力场为例，假如我想修改bond 的力场参数，我需要修改ffbond.itp里的b0 和 kb 两个量对吗？请问要是一种键的话也需要一个一个修改吗？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-8 05:45

少年爱吃地三鲜发表于 2019-3-7 20:43
老师，我想请教您，第一，假如我想使用的是dreiding2力场，因为我想全部按照文献内容进行模拟的话，groma ...

自行根据gmx手册对势函数的定义来把文献的参数补充进去
是。我不知道你说的一种键是什么意思。你把这个文件原本的内容读明白自然就懂了

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-3-8 08:10

sobereva 发表于 2019-3-8 05:45
自行根据gmx手册对势函数的定义来把文献的参数补充进去
是。我不知道你说的一种键是什么意思。你把这个 ...

谢谢老师！非常感谢！

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-4-12 20:59

sobereva 发表于 2019-3-8 05:45
自行根据gmx手册对势函数的定义来把文献的参数补充进去
是。我不知道你说的一种键是什么意思。你把这个 ...

老师，请问您针对如何添加新的力场和参数这个会在gromacs班里进行说明吗？

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-4-12 21:08

sobereva 发表于 2019-3-8 05:45
自行根据gmx手册对势函数的定义来把文献的参数补充进去
是。我不知道你说的一种键是什么意思。你把这个 ...

老师，我有一个想法想和您确认一下是否可行，我把我的体系做成非标准残基，添加新的原子类型进去oplsaa力场，因为我有力场参数和函数形式，我改一下oplsaa中的func 与我的函数形式对应，参数也该，这样我用的是opls的力场但是实际效果是我自己想用的别的力场。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-4-12 22:38

少年爱吃地三鲜发表于 2019-4-12 20:59
老师，请问您针对如何添加新的力场和参数这个会在gromacs班里进行说明吗？

添加力场的情况非常多，会涉及一部分

作者
Author: 少年爱吃地三鲜 时间: 2019-4-13 08:00

sobereva 发表于 2019-4-12 22:38
添加力场的情况非常多，会涉及一部分

感谢您！

作者
Author: lqhenwunai 时间: 2020-8-20 14:09

少年爱吃地三鲜发表于 2019-4-13 08:00
感谢您！

您好，请问能不能随便贴个例子？我想学习一下怎么添加非默认力场。

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