计算化学公社

标题: 伞状抽样如何做出看窗口重叠情况的图？ [打印本页]

作者
Author: wasngsimin 时间: 2019-2-27 20:40
标题: 伞状抽样如何做出看窗口重叠情况的图？
各位老师和同学，我在lammps中用fix colvars伞状抽样，然后用WHAM得到PMF，那如何做出窗口overlap的图以判断窗口重叠情况呢？

作者
Author: xiaowu759 时间: 2019-2-27 22:08
wham的hist选项也可以输出下面那个图

作者
Author: k64_cc 时间: 2019-2-28 15:00
Count your CV and draw histogram...

作者
Author: wasngsimin 时间: 2019-3-1 14:01

xiaowu759 发表于 2019-2-27 22:08
wham的hist选项也可以输出下面那个图

可以吗？我仔细看了WHAM手册，也加进去了，但是输出是这样的（如下图），好像一个窗口就得好多点吧？我的为什么只有这些呢？

作者
Author: xiaowu759 时间: 2019-3-1 16:46

wasngsimin 发表于 2019-3-1 14:01
可以吗？我仔细看了WHAM手册，也加进去了，但是输出是这样的（如下图），好像一个窗口就得好多点吧？我的 ...

看错了，以为你用的是gromacs里的g_wham呢

作者
Author: wasngsimin 时间: 2019-3-1 19:07

xiaowu759 发表于 2019-3-1 16:46
看错了，以为你用的是gromacs里的g_wham呢

嗯嗯我用的是Lammps

作者
Author: ljh123 时间: 2025-10-6 17:25
可以写个小脚本，把反应坐标序列输入到一个文件里，然后复制到origin中绘制分布图，再把分布图中的直方图部分隐藏就是这个了
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顺便请教下各位，这个重叠什么程度比较好呢？如果重叠部分非常大，甚至接近90%的话是不是不太合理？是否要增加力常数

作者
Author: beyond 时间: 2025-10-6 17:40

ljh123 发表于 2025-10-6 17:25
可以写个小脚本，把反应坐标序列输入到一个文件里，然后复制到origin中绘制分布图，再把分布图中的直方图部 ...

重叠90%，说明你可以减少一些windows，
当然提高力学常数也可以。。。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-10-6 17:51

beyond 发表于 2025-10-6 17:40
重叠90%，说明你可以减少一些windows，
当然提高力学常数也可以。。。

可以请教下您重叠度过高的影响是什么吗？除了增加了不必要的计算量以外，会影响自由能曲线吗

作者
Author: beyond 时间: 2025-10-6 18:10

ljh123 发表于 2025-10-6 17:51
可以请教下您重叠度过高的影响是什么吗？除了增加了不必要的计算量以外，会影响自由能曲线吗

不会
30%是比较合理的

作者
Author: 海棠依旧cdut 时间: 2025-11-16 23:54
伞形采样的窗口重叠图其实就是被“弹簧”牵引的物质的密度分布。所以我直接用lammps计算这个物质的密度分布，然后输出其密度分布和坐标关系的图就好了。

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