计算化学公社

标题: 请问sob老师一个问题 [打印本页]

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-6 11:50
标题: 请问sob老师一个问题
服务器用mpi线程计算，每次用8个核，g09路径是/home/g09/请问脚本应该怎么写呢？

用什么命令提交呢？

提交后如何查看任务的进展情况？

谢谢大神，以前的服务器坏了，换了一个没有队列系统的服务器，重新安装g09后发现以前的.pbs文件不能用了。

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-6 15:38
Gaussian不是通过MPI并行的。Gaussian在单机通过OpenMP并行，跨节点通过linda并行。
如果就是个普通的多核服务器，就直接用nohup g09 < test.gjf > test.out &运行就行了（登出时用exit命令），输入文件里通过nproc设定用几个线程。

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-6 16:23

sobereva 发表于 2015-6-6 15:38
Gaussian不是通过MPI并行的。Gaussian在单机通过OpenMP并行，跨节点通过linda并行。
如果就是个普通的多核 ...

非常感谢sob老师

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-6 16:31

sobereva 发表于 2015-6-6 15:38
Gaussian不是通过MPI并行的。Gaussian在单机通过OpenMP并行，跨节点通过linda并行。
如果就是个普通的多核 ...

nproc后面接的数字不是指利用的核数吗？
以前在pbs脚本里面可以指定用的核数；在本次这个脚本里能否指定核数呢？是 -np=...吗？

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-6 16:45

sobereva 发表于 2015-6-6 15:38
Gaussian不是通过MPI并行的。Gaussian在单机通过OpenMP并行，跨节点通过linda并行。
如果就是个普通的多核 ...

刚才我试了一下在脚本里只用
nohup g09 < 1.gjf > 1.out &
可是出现错误
$ nohup: redirecting stderr to stdout

请问sob老师这到底是怎么回事？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-6 16:47
这并不是错误，只是提示。

用不着什么脚本去运行，直接写比如
%nproc=16
%mem=60GB
# B3LYP/6-31G*
...
就行了

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-6 17:06

sobereva 发表于 2015-6-6 16:47
这并不是错误，只是提示。

用不着什么脚本去运行，直接写比如

哦，谢谢老师。
再请教两个弱弱的问题：
1. 如果执行了多个任务，用PS查看服务器状态时只能看到PID号，不知道哪个对应的是哪个输入文件，请问如何才能知道呢?
2. 用哪个命令可以把内网服务器上的文件转移到总服务器上呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2015-6-6 19:58

lastzealot 发表于 2015-6-6 17:06
哦，谢谢老师。
再请教两个弱弱的问题：
1. 如果执行了多个任务，用PS查看服务器状态时只能看到PID号， ...

1 用ps w可以看到对pid应于哪个chk文件，可以帮助判断对应的是哪个任务
2 不清楚你的网络是怎么布置的，不好说，无外乎就是scp

作者
Author: lastzealot 时间: 2015-6-7 21:29

sobereva 发表于 2015-6-6 19:58
1 用ps w可以看到对pid应于哪个chk文件，可以帮助判断对应的是哪个任务
2 不清楚你的网络是怎么布置的， ...

谢谢老师

作者
Author: 万里云 时间: 2015-6-8 17:50

lastzealot 发表于 2015-6-6 17:06
哦，谢谢老师。
再请教两个弱弱的问题：
1. 如果执行了多个任务，用PS查看服务器状态时只能看到PID号， ...

在/proc目录下面有每个进程对应的目录，目录里有各种有关运行参数的伪文件。

比如某个进程PID是2209，cd /proc/2209，会看到一个叫cmdline的文件。

cat cmdline就会看到运行这个命令时所用的命令行参数，可以帮助确定所对应输入文件。

作者
Author: stecue 时间: 2015-6-9 04:19

lastzealot 发表于 2015-6-6 17:06
哦，谢谢老师。
再请教两个弱弱的问题：
1. 如果执行了多个任务，用PS查看服务器状态时只能看到PID号， ...

如果你是要同步或者备份两台服务器的数据，强烈推荐Unison。可以认为是rsync的壳但是比它易用多了。用cron可以定时备份。类似私有云。
http://www.cis.upenn.edu/~bcpierce/unison/

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