计算化学公社

标题: 求教INTERFCAE力场在GMX中使用的问题 [打印本页]

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-2-28 12:17
标题: 求教INTERFCAE力场在GMX中使用的问题
如题，在INTERFACE FF官网看到有interfaceff2gro插件可以通过MS中导出的.car和.mdf文件生成相应的.itp .top .gro文件,按操作使用官方的示例.car文件运行无误,但换成自己导出的就有问题,对比之后发现自己导出的.car文件中缺少原子类型以及电荷参数.对比如下:
自己导出的:
!BIOSYM archive 3
PBC=ON
Materials Studio Generated CAR File
!DATE Wed Feb 27 13:37:11 2019
PBC 25.6830 25.9920 57.6438 90.0000 90.0000 90.0000 (P1)
Al1    3.204317703 2.396460000 0.000000000 XXXX 1    xx    Al  0.000
Al2    0.050422864 2.396460000 6.463575740 XXXX 1    xx    Al  0.000
Al3    0.251150225 1.530930000 0.778218770 XXXX 1    xx    Al  0.000
Al4    5.658255499 1.530930000 7.241794510 XXXX 1    xx    Al  0.000
O1    3.305703066 4.036560000 0.237861573 XXXX 1    xx    O 0.000

官方示例:
!BIOSYM archive 3
PBC=ON
Materials Studio Generated CAR File
!DATE Thu Apr 10 19:49:52 2014
PBC 5.1540 8.9420 7.3910 91.9300  105.0500 89.8000 (P1)
Al1    0.938276811 4.401836405 3.352685177 XXXX 1    ay1    Al  1.449
Al2    1.082772059 7.303633477 3.217151390 XXXX 1    ay2    Al  1.449
Al3    3.644013041 8.801274934 3.352689112 XXXX 1    ay1    Al  1.449
Al4    3.498106040 2.848365587 3.281350393 XXXX 1    ay2    Al  1.449
Si1    0.222968064 3.107174125 0.399469296 XXXX 1    sy1    Si  1.100

因此想请教诸位,能否在MS中导出含原子类型及电荷参数的.car文件,还是无法导出需要自己添加?

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2019-2-28 15:25
原子力场类型等都需要在MS中定义好再输出成.car，随后才能顺利在interface2gro中转换

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-2-28 16:42

yjmaxpayne 发表于 2019-2-28 15:25
原子力场类型等都需要在MS中定义好再输出成.car，随后才能顺利在interface2gro中转换

感谢您的解答，请问原子力场的类型等如何在MS中定义的呢？我用的MS 8.0，只看到性质管理器下有原子的forcefield Type和formal Charge，是在这里逐一输入吗？

作者
Author: yjmaxpayne 时间: 2019-3-2 09:54

Lacrimosa 发表于 2019-2-28 16:42
感谢您的解答，请问原子力场的类型等如何在MS中定义的呢？我用的MS 8.0，只看到性质管理器下有原子的forc ...

MS里面可以直接导入interfaceFF.frc

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2019-3-2 15:37

yjmaxpayne 发表于 2019-3-2 09:54
MS里面可以直接导入interfaceFF.frc

谢谢~我发现charmm27_interface_v1_5.prm文件中没有对应铝氧四面体的铝原子类型，用其他铝原子类型替换又会出现orthoclase.mdf\nMsi2LMP is not equipped to handle symmetry operations这样的提示，从而无产生.itp文件。请问这种情况还能解决么

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-4-26 20:47
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-4-26 21:02 编辑

yjmaxpayne 发表于 2019-3-2 09:54
MS里面可以直接导入interfaceFF.frc

求助，应该如何导入呢？*.frc似乎不识别，只有off能识别，但是分不了原子类型

作者
Author: liuxdhs 时间: 2022-8-5 16:07

Entropy.S.I 发表于 2022-4-26 20:47
求助，应该如何导入呢？*.frc似乎不识别，只有off能识别，但是分不了原子类型

你好，请问你解决了这个问题吗？我想向ms导入prm文件

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