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标题: 一个关于Gamess EDA任务报错的请教 [打印本页]

作者
Author:
JiaqiZhu    时间: 2019-2-28 16:04
标题: 一个关于Gamess EDA任务报错的请教
运行一个EDA分析,结果报了错。出错及最后一步运算如下所示。文件再Linux上运行,安装无误,之前也自己提交过一个比较小的EDA任务作为测试,运行无误。
...
...
          --------------------------
               R-M06 SCF CALCULATION
          --------------------------
         DENSITY MATRIX CONVERGENCE THRESHOLD=  1.00E-05
     COARSE -> FINE DFT GRID SWITCH THRESHOLD=  3.00E-04 (SWITCH IN $DFT)
                   HF -> DFT SWITCH THRESHOLD=  5.00E-03 (SWOFF IN $DFT)
DFT IS SWITCHED OFF, PERFORMING PURE SCF UNTIL SWOFF THRESHOLD IS REACHED.


ITER EX DEM     TOTAL ENERGY        E CHANGE  DENSITY CHANGE    DIIS ERROR
   1  0  0     -240.3164877399  -240.3164877399**************   1.005188454
          * * *   INITIATING DIIS PROCEDURE   * * *
   2  1  0     -214.5007602005    25.8157275394**************   0.416356665
   3  2  0     -256.7095152768   -42.2087550763  65.044098957   0.543886859
   4  3  0     -308.1441074976   -51.4345922208   4.654243595   0.536188350
   5  4  0     -320.9623674181   -12.8182599205   3.170214668   0.303534115
36273812  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
CPU     0: STEP CPU TIME=   204.94 TOTAL CPU TIME=       1571.2 (     26.2 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=      13795.7 SECONDS, CPU UTILIZATION IS    11.39%
ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
PRD: NODE   1 ENCOUNTERED UNEXPECTED END OF FILE READING UNIT   8
PRD: NODE   3 ENCOUNTERED UNEXPECTED END OF FILE READING UNIT   8
PRD: NODE   2 ENCOUNTERED UNEXPECTED END OF FILE READING UNIT   8
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).


Linux界面出现这样的报错信息:
calc54 tmp/gamess% cp N4.inp /home/XXX/tmp/scr/tmp/N4.F05
unset echo
/home/XXX/tmp/gamess/ddikick.x /home/XXX/tmp/gamess/gamess.18.x N4 -ddi 1 4 calc54:cpus=4 -scr /home/XXX/tmp/scr/tmp
DDI Process 0: error code 911
ddikick.x: Fatal error detected.
The error is most likely to be in the application, so check for
input errors, disk space, memory needs, application bugs, etc.
ddikick.x will now clean up all processes, and exit...
DDI Process 1: terminated upon request.
DDI Process 3: terminated upon request.
DDI Process 2: terminated upon request.
unset echo
ls: No match.
ls: No match.
ls: No match.


具体输入输出见附件。新手提问,还望不吝赐教,提前谢过各路神仙。

作者
Author:
sobereva    时间: 2019-2-28 17:19
去了溶剂模型设定再试
除非是修改版GAMESS-US,否则不支持溶剂下的EDA
这种体系用M06也明显是个很糟糕的选择
也可以试试单核


作者
Author:
JiaqiZhu    时间: 2019-2-28 20:38
非常感谢您的建议,正在尝试
作者
Author:
JiaqiZhu    时间: 2019-3-1 18:46
sobereva 发表于 2019-2-28 17:19
去了溶剂模型设定再试
除非是修改版GAMESS-US,否则不支持溶剂下的EDA
这种体系用M06也明显是个很糟糕的 ...

尝试了一下还是不行,在最后几行出现了:
CONVERGED TO SWOFF, SO DFT CALCULATION IS NOW SWITCHED ON.
          * * *   INITIATING DIIS PROCEDURE   * * *
   8  7  0     -329.0729303315    -1.9240686992   0.989781596   0.074361510
   9  8  0     -329.1383440946    -0.0654137631   0.266904481   0.007403299
  10  9  0     -329.1377717674     0.0005723272   0.150993710   0.008661327
  11 10  0     -329.1405155949    -0.0027438275   0.042800739   0.001701400
  12 11  0     -329.1406378081    -0.0001222132   0.009000524   0.000203222
                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           PRD: NODE   0 ENCOUNTERED UNEXPECTED END OF FILE READING UNIT   8
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT Fri Mar  1 13:57:27 2019
            352430961  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
STEP CPU TIME =   118.84 TOTAL CPU TIME =      15281.9 (    254.7 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=      62081.3 SECONDS, CPU UTILIZATION IS    24.62%
ddikick.x: application process 0 quit unexpectedly.
ddikick.x: Sending kill signal to DDI processes.
ddikick.x: Execution terminated due to error(s).
这样的信息(已经去了溶剂化的)
作者
Author:
btm    时间: 2023-4-28 17:23
JiaqiZhu 发表于 2019-3-1 18:46
**** 作者被禁止或删除 内容自动屏蔽 ****

解决了嘛?能分享一下解决方法嘛

作者
Author:
zjxitcc    时间: 2023-4-28 19:54
本帖最后由 zjxitcc 于 2023-4-28 19:55 编辑

楼主的体系用frag_guess_wfn自动产生GKS-EDA输入文件可轻松解决。假设计算级别为PBE0/6-311G(d,p) D3(BJ),隐式溶剂为甲苯,则gjf文件为
  1. %mem=200GB
  2. %nprocshared=48
  3. #p UPBE1PBE/6-311G(d,p) em=GD3BJ guess(fragment=2) scrf(solvent=toluene)

  4. {gks}

  5. 0 1 0 1 0 1
  6. C(fragment=1)       -0.14138700   -1.09342100    1.02969600 r
  7. C(fragment=1)        0.17105300   -2.14477000   -1.15295400
  8. C(fragment=1)       -1.90879000   -0.97810100   -0.70769200
  9. C(fragment=1)       -0.56126100   -2.50388200    1.51391500
  10. H(fragment=1)        0.92210600   -0.91261200    1.18164300
  11. H(fragment=1)       -0.70769400   -0.30600000    1.52579700
  12. H(fragment=1)        0.18071800   -1.92367300   -2.22222500
  13. H(fragment=1)        1.19979800   -2.23624000   -0.80376700
  14. C(fragment=1)       -0.63552600   -3.41673100   -0.80494800
  15. C(fragment=1)       -2.56255800   -2.13074700    0.08485600
  16. H(fragment=1)       -2.02242600   -1.08191700   -1.78748400
  17. H(fragment=1)       -2.32399100   -0.01458800   -0.42880100
  18. C(fragment=1)       -1.47282700   -3.14904400    0.45741000
  19. H(fragment=1)        0.32240100   -3.13137600    1.68539500
  20. H(fragment=1)       -1.08495700   -2.42016400    2.47374700
  21. H(fragment=1)       -1.29001400   -3.70165400   -1.63833700
  22. H(fragment=1)        0.05898100   -4.24956200   -0.64421700
  23. H(fragment=1)       -3.34075400   -2.59626000   -0.53236800
  24. H(fragment=1)       -3.05213500   -1.75167000    0.99029800
  25. H(fragment=1)       -1.91494300   -4.07772300    0.83553800
  26. N(fragment=1)       -0.40776500   -0.91966400   -0.47361800
  27. C(fragment=2)        0.09803700    0.36653100   -1.21658400
  28. C(fragment=2)        1.59942000    0.39897000   -1.46738900
  29. H(fragment=2)        1.77639800    0.93077200   -2.41057400
  30. H(fragment=2)        2.07617100   -0.57742000   -1.58745300
  31. C(fragment=2)       -0.05923600    1.70061400   -0.44061600
  32. H(fragment=2)        0.05390400    2.44920100   -1.23569000
  33. C(fragment=2)       -1.35882800    2.06093800    0.24461000
  34. O(fragment=2)       -1.72436800    1.68955700    1.34934400
  35. O(fragment=2)       -2.10772900    2.90290900   -0.50652300
  36. C(fragment=2)       -3.35903000    3.32249300    0.06448000
  37. H(fragment=2)       -3.79668100    4.00194500   -0.66779100
  38. H(fragment=2)       -4.01439400    2.46220500    0.22939400
  39. H(fragment=2)       -3.19342500    3.83345000    1.01690200
  40. C(fragment=2)        1.18041300    1.87012500    0.50087600
  41. H(fragment=2)        1.35632200    2.92187100    0.76356400
  42. H(fragment=2)        1.04581500    1.31989400    1.43480500
  43. C(fragment=2)        2.33974600    1.28836800   -0.32684600
  44. H(fragment=2)        2.88146200    2.09262700   -0.83840600
  45. C(fragment=2)        3.34144100    0.45210900    0.42672700
  46. O(fragment=2)        3.02438400   -0.31054800    1.33798100
  47. C(fragment=2)        4.78641200    0.53119000   -0.03909800
  48. H(fragment=2)        5.38117400   -0.25559200    0.43151600
  49. H(fragment=2)        4.85286300    0.44931600   -1.13178300
  50. H(fragment=2)        5.20689500    1.50961600    0.23056600

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注意,第二个片段是卡宾,它应该是对称破缺单重态,所以第二个片段和整个复合物应该用UDFT描述。第一个片段是闭壳层的,用UDFT会算出与RDFT一样的结果,但计算时间可能是2倍。不过frag_guess_wfn支持在坐标后面写r,调用RDFT计算节省时间,然后自动扩展为UDFT轨道。提交
  1. frag_guess_wfn N4.gjf >N4.out 2>&1 &
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采用48核并行,耗时不过12 min,便可产生N4.inp文件,内含坐标,基组数据,GKS-EDA关键词(包含泛函、隐式溶剂模型参数等等所有),不用修改,提交给xeda-patch的GAMESS算即可。






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