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标题: 如何批量生成gjf文件？ [打印本页]

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 02:03
标题: 如何批量生成gjf文件？
本帖最后由算一算于 2019-3-1 02:16 编辑

想在Linux上生成一大批相似的gjf文件，每个文件其它部分相同，只有角坐标里的角度、chk文件名、gjf文件名不同。
期待结果：某个特定的角的角度从20°开始，每隔两度生成一个文件，直到60°。相应的%chk=20，%chk=22,...直到60。gjf文件名也是相应的从20到60。文件的其它部分都保持不变（当然，受那个角影响的其它角也会变。但是二面角不变，因为是平面三角形分子。成键的键长都不变。）
这个脚本应该怎么写？

如果嫌麻烦，可以先不考虑角度的问题，就假设角度都不变，只有chk和gjf名字从20变化到60，批量生成这样的gjf的脚本该怎么写？

P.S. 我这台机器上的python有问题，好多python脚本跑不了，所以只能用python以外的东东。

作者
Author: 一颗赛艇 时间: 2019-3-1 02:20
柔性扫描

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 02:33

一颗赛艇发表于 2019-3-1 02:20
柔性扫描

不是，我说的是要批量生成输入文件

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-3-1 03:05
这种问题描述方式不禁让人觉得是在直接让人免费给写脚本，而自己并没有学习写脚本的意愿（或意愿很有限）。否则根据经验，通常相应提问者的问题会是更为细化的子问题。文件名该怎么命名都说好了，自己让别人写代码连Python运行的问题都不愿自己搜索解决，咋跟产品经理似的。

这种脚本并不十分容易从头写好，随便写出一个来还比较容易，但转变角度时如何让分子其他部分一同运动需要仔细思考，并且为了脚本编写的简单，最好还得给出分子结构有哪些限制（脚本的需求应该细化），可以避免处理很多边缘情况。

编程没入门的话，还是自力更生学学如何用很低级别的方法做柔性扫描，比如分子力场级别学学Amber、半经验级别学学xTB或者MOPAC，然后用这些级别极快的做一个柔性扫描，写一个脚本将上述程序中柔性扫描的结果提取出来生成Gaussian的输入文件。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-3-1 03:13

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 03:05
这种问题描述方式不禁让人觉得是在直接让人免费给写脚本，而自己并没有学习写脚本的意愿（或意愿很有限）。 ...

被问题描述带偏了，如果你并不是对程序本身感兴趣，了解一下gentor。

再次，如果不是对程序本身感兴趣，只是想用这个办法来实现柔性搜索，请知悉这样做柔性搜索会浪费很多CPU time（虽然在并行上有可能会节约wall time）

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 03:17

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 03:05
这种问题描述方式不禁让人觉得是在直接让人免费给写脚本，而自己并没有学习写脚本的意愿（或意愿很有限）。 ...

python的问题真不是我能解决的，我没权动这机器上的软件。
学写脚本当然不是一下就能学会啊，如果我都会了我也不会来问了，而且我也说了可以忽略细节啊，角度那些可以先不考虑，先考虑批量生成文件和文件名的事。文件名当然得想好了啊，要不然我该怎么描述这种状况？直接说文件名难道不是更清楚吗？你也说了，需要我提供足够的细节，那我这个不是已经最清楚了吗？
我就是想知道这个任务能用那些指令完成，如果有人提供了批量生成这种文件的指令，那我就可以把这种指令套在键角上用，其它键角怎么改我自己慢慢想就得了。
至于那个扫描，这个不是我拿到的任务，我做了也没用。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-1 03:35
除非每次要改变的那个变量在内坐标下直接有对应的定义，此时通过写shell脚本可以通过循环每次修改那个变量，否则没有简单办法可以实现。如果那个变量是二面角，相对而言最简单的办法就是用molclus里的gentor，直接产生记录了不同二面角的xyz文件，然后写个脚本/程序（也就20行左右）将之转化成gjf。

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 03:52

sobereva 发表于 2019-3-1 03:35
除非每次要改变的那个变量在内坐标下直接有对应的定义，此时通过写shell脚本可以通过循环每次修改那个变量 ...

我最主要就是想知道这个大批量生成gjf文件的脚本怎么写，20行的是什么语言，awk还是bash？感觉20行有点多啊，是因为只用一种语言所以导致行数这么多吗？是不是要用到for($i=1;$i<=$#s;$i++)这种东西？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-3-1 04:50

算一算发表于 2019-3-1 03:52
我最主要就是想知道这个大批量生成gjf文件的脚本怎么写，20行的是什么语言，awk还是bash？感觉20行有点多 ...

20行有点多。。。牛

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-3-1 05:08
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-3-1 14:23 编辑

算一算发表于 2019-3-1 03:17
python的问题真不是我能解决的，我没权动这机器上的软件。
学写脚本当然不是一下就能学会啊，如果我都会 ...

。。。还把问题改了，就想问个重命名问题扯什么键角。

这就跟问“怎么把我家房子从海南移到北京，再刷刷墙”，人家给你解释了一堆怎么把地基挖出来，怎么把公路网都重建了，又说，移动房子嫌麻烦的话可以先不考虑，就说一下怎么刷墙吧。
浪费时间。

和你上个问题一个德性，人家给你计算了半天，你来一句：忘了说了啊、是带十个正电荷的正离子。Frustrated.

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-1 05:08

算一算发表于 2019-3-1 03:52
我最主要就是想知道这个大批量生成gjf文件的脚本怎么写，20行的是什么语言，awk还是bash？感觉20行有点多 ...

shell或者Fortran都可以，其它所有语言也都可以，会什么用什么，用不着混编

作者
Author: Mikasa 时间: 2019-3-1 05:28
你在自己的用户下也没权限？机器上的Python有问题不代表你不可以在自己的用户下安装一个只给自己用的！
你自己分析的这么明白要怎么操作，那为啥不去Google搜一下呢，关键词都你自己都提炼出来了“Bash shell 如何替换文件中某一行”！20行还嫌多？那感觉你这“大批量gjf”也可以直接手动来写了<手动滑稽>

bash shell用不了20行，一个数组、一个do循环、一个cp、一个sed -i -e替换也就能搞定了。<当然，要是这几个也嫌多不想学那是没招了，直接找个“愿意”给你写脚本的吧。>

作者
Author: archer 时间: 2019-3-1 10:06
任何编程语言都可以啊，不一定非要python啊？fortran也方便

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 14:45

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 05:08
。。。还把问题改了，就想问个重命名问题扯什么键角。

这就跟问“怎么把我家房子从海南移到北京，再刷 ...

不知道你说的什么意思，编辑问题怎么就不行了？我让问题的语言更妥当一点还不行？难道问题就不能修改一下，打错字都要留着？
我要做的这个任务就是让键角从20°到60°，为什么不能说？这是批量生成gjf的目的。
就事论事，这个问题和我以前的问题一点联系也没有。

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 14:46

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 04:50
20行有点多。。。牛

如果不包含输入文件的内容的话，这个不多么

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 14:56

Mikasa 发表于 2019-3-1 05:28
你在自己的用户下也没权限？机器上的Python有问题不代表你不可以在自己的用户下安装一个只给自己用的！
你 ...

我没有动软件的权限，那个机器给我的是临时账户，我也就是给人代课用这一次。
我没google一下是因为我根本不知道要google哪些内容啊！你说的这几个点我倒是可以去搜一下，不过你能再说详细一点吗，那个数组的操作是叫什么操作？“一个cp”具体有哪些关键词可以搜？

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 14:59

sobereva 发表于 2019-3-1 05:08
shell或者Fortran都可以，其它所有语言也都可以，会什么用什么，用不着混编

如果用shell的话，有哪些关键词？我不清楚这个自动修改gjf里的数字的操作包括哪些关键词可以用

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 15:00

archer 发表于 2019-3-1 10:06
任何编程语言都可以啊，不一定非要python啊？fortran也方便

没说非要python，我是说python用不了，所以要考虑别的。Fortran我看了一下，好复杂，你能说一下那里面有哪些关键词是和我这个任务相关的吗？

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 15:08

liyuanhe211 发表于 2019-3-1 03:13
被问题描述带偏了，如果你并不是对程序本身感兴趣，了解一下gentor。

再次，如果不是对程序本身感兴趣 ...

我已经说了，你给的这个扫描的建议我无法接受，这个不是我要做的任务，我就是做了也没用，而且你也知道扫描要非很多时间。如果我有别的选择也不会来问这个问题。
我又看了一遍你的各种回复，感觉你一直就是在恶意揣测我。我就是问个问题想找到解决这个任务的方式，你至于不停地恶意揣测吗？我问题已经描述得很清楚我要做的是什么了，而且为了简化问题，已经说了简化方案了，只要愿意提供帮助的人让我知道有哪些关键指令，就跟公式一样，把键角什么的往那上面一套就行了。

作者
Author: tjchkj 时间: 2019-3-1 16:08
20行确实够的，楼主这个想法是对的，至少说明他动了很多脑子了，我孩子就是早就用自动生成的办法做了上万个gjf了，但他是自己编的小程序，应该很短，说20行业是差不多的。

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 16:23

tjchkj 发表于 2019-3-1 16:08
20行确实够的，楼主这个想法是对的，至少说明他动了很多脑子了，我孩子就是早就用自动生成的办法做了上万个 ...

能提供几个关键指令吗？我现在完全不知道该用哪几个指令让它自动生成

作者
Author: highlight 时间: 2019-3-1 16:28

算一算发表于 2019-3-1 14:56
我没有动软件的权限，那个机器给我的是临时账户，我也就是给人代课用这一次。
我没google一下是因为我根 ...

任何账户都可以给自己装软件，这是显然的。不过这个和你现在的问题无关。
我可以简化一下他给你的命令，如果只是想修改文件名和chk文件名的话，我还可以给你写个bug：

1. 写一个gjf做模板，就叫 template 好了，里面有若干干行：

aaa
sss
%chk=ddd-num.chk
fff

复制代码

2. 直接输入三行命令：

for i in ·seq 0 60 2·
do sed -i "3s/num/$i/g" template > file-$i.gjf
done

复制代码

以上过程中命令存在明显的错误
如果你想证明自己不是想找人写脚本的话，你自行搜索修复
不用 google，百度然后开菜鸟教程的链接就行

PS：大家在这儿又是python又是fortran的，纠结的是怎么直接生成角度渐变的结构，而不是如何连续生成文件。你也看到了，这真不是什么有营养的问题。关于生成结构，没必要重复造轮子，7楼社长的回复已经很好了，你可以在上面过程的基础上实现一下，我觉得可能真到不了20行。

作者
Author: tjchkj 时间: 2019-3-1 16:54
本帖最后由 tjchkj 于 2019-3-1 16:57 编辑

这个就是角度渐变的gjf文件，每隔2.5度做一个gjf。在gaussian view中自动去按照间隔改变角度，然后自动存文件。

作者
Author: tjchkj 时间: 2019-3-1 17:00
其实，你这个只有40度的间隔，每隔2度形成一个文件，只有20个文件就够了，还用的上编程？我们都是一个分子就73个文件，同时做几十个分子，形成几千上万个gif才需要编程。

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 18:02

highlight 发表于 2019-3-1 16:28
任何账户都可以给自己装软件，这是显然的。不过这个和你现在的问题无关。
我可以简化一下他给你的命令， ...

谢谢提供关键词，这个seq确实能够实现文件里chk名字的不断变化，以及gjf名字的变化。等了这么久，终于看到能用的关键词了。我还没有把这个套用在角坐标的值上，不过我隐约感觉是可以的，我再想想。如果你觉得还有其它的关键词也可以实现同样的任务，也欢迎说出来。我会选出一个跑起来最省时的。你PS里说的对，有人纠结的点是错的。我在问题里已经强调生成文件是主要问题。键角我的话我还得再想想另外两个相关的键角要怎么变。

作者
Author: 算一算 时间: 2019-3-1 18:09

tjchkj 发表于 2019-3-1 17:00
其实，你这个只有40度的间隔，每隔2度形成一个文件，只有20个文件就够了，还用的上编程？我们都是一个分子 ...

嗯，你们这个量确实比我的大，但是我代的这门课，我不想让本科生在gaussview上一个一个生成文件，因为太费时间了，这门实践课还有好几个事情要完成，不能把时间费在这一个项目上，再说这个项目的目的是让他们查看不同角度下分子性质的变化，我希望他们把时间花在这个上，而不是费时间生成文件。我不想拖堂。
你能提供几个关键词吗？比如22楼提供的seq就很有用，如果你能提供其他的，我都会去试试，最后找一个跑起来最快的。

作者
Author: highlight 时间: 2019-3-1 20:30

算一算发表于 2019-3-1 18:02
谢谢提供关键词，这个seq确实能够实现文件里chk名字的不断变化，以及gjf名字的变化。等了这么久，终于看 ...

我觉得你会错意了

真不是什么有营养的问题

指的就是“生成文件”这个问题。
相反直接生成渐变结构，虽然有重复造轮子的嫌疑，但确实看上去比较“有趣”。

如果你觉得还有其它的关键词也可以实现同样的任务，也欢迎说出来。

当然有换汤不换药的其他写法，但请你搞清楚，是我再给你留作业（代码改错），不是你给我。

我会选出一个跑起来最省时的。

我不知道你有没有去搜索，但你八成没有运行过这段代码。它运行的时间绝对比你敲键盘的快。

键角我的话我还得再想想另外两个相关的键角要怎么变

人家给你计算了半天，你来一句：忘了说了啊、是带十个正电荷的正离子。

感觉这两句看上去就很搭。

如果你的问题可以简化为7楼的第一句，真的不需要什么其他关键词了。
如果从看到我的回复开始直接干，现在估计早就解决了。

作者
Author: Mikasa 时间: 2019-3-1 22:46

算一算发表于 2019-3-1 14:56
我没有动软件的权限，那个机器给我的是临时账户，我也就是给人代课用这一次。
我没google一下是因为我根 ...

倒是去搜啊

最简单的就用Google搜“xxx如何用shell实现”，你肯定能找到某个能满足你要求的“关键词”
有这问关键词的功夫脚本早写完了，即使是想用Python也早搞定了

作者
Author: vizq 时间: 2019-3-3 12:02

tjchkj 发表于 2019-3-1 16:54
这个就是角度渐变的gjf文件，每隔2.5度做一个gjf。在gaussian view中自动去按照间隔改变角度，然后自动存文 ...

请问这个操作如何在gaussview中实现？

作者
Author: tjchkj 时间: 2019-3-5 20:05

vizq 发表于 2019-3-3 12:02
请问这个操作如何在gaussview中实现？

先定义二面角的4个原子，然后手动输入二面角的角度，然后存下gjf，这一步只能是手动了

作者
Author: vizq 时间: 2019-3-7 12:08

tjchkj 发表于 2019-3-5 20:05
先定义二面角的4个原子，然后手动输入二面角的角度，然后存下gjf，这一步只能是手动了

手动一个一个的做我会，就是“自动去按照间隔改变角度，然后自动存文件”这两个自动不会

作者
Author: lonemen 时间: 2019-3-20 09:17
嗯，shell好强大呀

作者
Author: haos314 时间: 2019-3-24 18:21

算一算发表于 2019-3-1 14:46
如果不包含输入文件的内容的话，这个不多么

OJ一道题少的三四十行，多的一百来行，20行绝对不多
如果是项目的话，2000行都只能称之为“一个很小的项目”

作者
Author: hxd_yi 时间: 2019-4-16 21:45
不考虑角度问题的话，
for i in `seq 20 2 60`; do cp orig.gjf $i.gjf; sed -i "s/%chk.*/%chk=$i\.chk" $i.gjf; done

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