计算化学公社

标题: 隐式溶剂模型下找不到过渡态问题 [打印本页]

作者
Author: egghead 时间: 2019-3-1 08:56
标题: 隐式溶剂模型下找不到过渡态问题
各位老师，我现在遇到一个问题，请大家指点。

我在找过渡态的时候不加隐式溶剂模型时能够找到过渡态，但是一加上就找不到了。在各种尝试中曾经出现过“

Inv3 failed in PCMMkU (L502/L508 报错)

”，经论坛上学习发现如下帖子，学习到不少：http://bbs.keinsci.com/thread-6682-1-1.html

根据该帖子上老师描述：“高斯中为构建SMD溶质空腔的默认选项是为中等大小的溶质分子设置的（注：默认是范德华表面 surface=vdW），它是由以原子为中心、一定的原子半径的一些球构成的。其中用于构建空腔的默认原子半径较小，对较大的溶质分子会造成溶剂空腔长得像“奶酪”，有很多数学形式上暴露于溶剂中的孔洞、沟槽，但在实际体系中这些位置并不能接触溶剂。比较合理的是“使用溶剂可及表面（Solvent-accessible surface，SAS）构建空腔”。

我考虑在寻找过渡态时虽然我并不是经常遇到以上报错，但模型中表面选择不对是不是也有可能造成找不到过渡态？我就试着使用SAS表面优化没用溶剂找出来的过渡态结构，也很快找到了过渡态。再以这个结构用默认的范德华表面去优化就又找不到了。该帖子上老师描述“SAS 表面没有“奶酪问题”，且势能面连续。但其问题是半径太大，空腔扣的太多，相比 vdW 和 SES 表面会低估溶剂化效应。一个较好的解决方法是用 SAS 表面做优化，然后用 SES 表面做单点。或者在 SAS 表面做优化后再用其结果为初猜做 SES 表面下的单点（以期待 SES 在极小点附近可能没有不连续性）。这两种做法都比在气相优化的结果好一些。”

因为我这个反应涉及3个过渡态，加上对比模型结构的计算一共六个过渡态，涉及一系列计算。前面已经算了很多了都是用vdW表面计算的，全部重算工作量太大了。我试着用这个sas表面下优化的结构在vdW表面算了下freq，里面多了两个虚频，觉得计算出来自由能校正项可能不准。所以我想着能不能使用SAS优化结构，vdW计算单点能，加上SAS优化结构最后算freq时得到的自由能校正项来算过渡态能量。

不知道我的想法是否有问题，这么算是否会造成过大的误差而导致计算错误，请各位老师多多指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-1 10:45
你这不叫找不到过渡态，而是找过渡态时候报错。语义完全不同。

另外，气相和使用隐式溶剂模型下势能面特征本来就可能有很大不同，很可能气相下有的过渡态在溶剂环境下就是没有。不要光过度关注数值层面的问题而忽视理论层面的问题。

作者
Author: egghead 时间: 2019-3-1 13:26

sobereva 发表于 2019-3-1 10:45
你这不叫找不到过渡态，而是找过渡态时候报错。语义完全不同。

另外，气相和使用隐式溶剂模型下势能面特 ...

sob老师，可能是我表述有些问题，是在各种尝试时偶然报过该错误，一直都找不到。我认为该报错的原因可能和我找不到过渡态由一定关系。

最后我用隐式溶剂模型，定义sas表面也找到该过渡态了，我不知道这个优化结果是否有意义。怎么样计算能量更加合理。之前您初级班上讲能量校正项带来的误差和单点能比小很多，我才想当然的想用vdW计算单点能，加上SAS优化结构最后算freq时得到的自由能校正项来算过渡态能量。不知道是否合理。

非常感谢您最后的提醒，我现在又有一个疑问了，我这种情况，隐式溶剂模型选择不同表面结果不同，一个找到了，另一个怎么也找不到，这种情况下我作为初学者感到挺困惑的，这应该算有过渡态还是没有过渡态呢，请老师多多指教。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-1 19:13

egghead 发表于 2019-3-1 13:26
sob老师，可能是我表述有些问题，是在各种尝试时偶然报过该错误，一直都找不到。我认为该报错的原因可能 ...

尽量应当保持用的孔洞构造方法统一，要不然肯定容易令审稿人纳闷。如果当前计算都是优化用了sas，单点才用的VDW，那原理上也可以，但写文章时候就别提这点了，否则解释起来麻烦。
由于sas原理上更严格，此时找到了过渡态就算找到了

作者
Author: egghead 时间: 2019-3-2 08:04

sobereva 发表于 2019-3-1 19:13
尽量应当保持用的孔洞构造方法统一，要不然肯定容易令审稿人纳闷。如果当前计算都是优化用了sas，单点才 ...

非常感谢sob老师的解答。

作者
Author: sun666 时间: 2021-12-13 22:33

sobereva 发表于 2019-3-1 19:13
尽量应当保持用的孔洞构造方法统一，要不然肯定容易令审稿人纳闷。如果当前计算都是优化用了sas，单点才 ...

请问老师其他结构都是vdw优化。但是有一个结构用vdw死活优化不出来，请问这个结构可以拿sas优化出的结构，在vdw算单点。（目的是比较两个反应吉布斯自由能，唯独这一个分子结构优化使用的sas），这样可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2021-12-14 05:28

sun666 发表于 2021-12-13 22:33
请问老师其他结构都是vdw优化。但是有一个结构用vdw死活优化不出来，请问这个结构可以拿sas优化出的结构 ...

之前用vdw优化的结构取一、两个用sas继续优化看看，如果发现结构基本没改变，可以这样

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