计算化学公社

标题: 全氟烷基链左手螺旋到右手螺旋的能垒怎么计算 [打印本页]

作者
Author: 小子阿良 时间: 2019-3-2 15:19
标题: 全氟烷基链左手螺旋到右手螺旋的能垒怎么计算
全氟烷基链有M螺旋和P螺旋之分，能量相同。但是从M螺旋到P螺旋的过渡态是什么？能垒怎么计算？不是做理论计算的，可能问的问题很基础，偶尔算算组装体的电子圆二色谱，谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-2 15:25
一般人对你说的这个东西不熟悉，你最好直接把两种构象的图给出来便于别人理解

作者
Author: 小子阿良 时间: 2019-3-2 15:39
左右手螺旋构象见图

作者
Author: 小子阿良 时间: 2019-3-2 15:40

sobereva 发表于 2019-3-2 15:25
一般人对你说的这个东西不熟悉，你最好直接把两种构象的图给出来便于别人理解

好的，老师

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-2 15:44
上传图像前先把图片像素弄小点，这种图别最好超过700*700（当前已经达到了两倍），否则图像严重浪费论坛空间，图太大看着也难受。正常尺寸下，这种图一张100~150KB就足够了。

这种大幅度构象转变没法简单地通过考察过渡态方式研究，因为整个变化路径牵扯超多过渡态，全都找出来累死。

作者
Author: 小子阿良 时间: 2019-3-2 15:50

sobereva 发表于 2019-3-2 15:44
上传图像前先把图片像素弄小点，这种图别最好超过700*700（当前已经达到了两倍），否则图像严重浪费论坛空 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: 小子阿良 时间: 2019-3-2 15:57

sobereva 发表于 2019-3-2 15:44
上传图像前先把图片像素弄小点，这种图别最好超过700*700（当前已经达到了两倍），否则图像严重浪费论坛空 ...

那这种转变怎么算它的能垒，我有查过相关文献，研究的是聚四氟乙烯，说的左右手转变的能垒为0.2Kcal/mol，是1967年的文献，不知道怎么算的。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2019-3-2 17:13
本帖最后由 liyuanhe211 于 2019-3-2 17:15 编辑

小子阿良发表于 2019-3-2 15:57
那这种转变怎么算它的能垒，我有查过相关文献，研究的是聚四氟乙烯，说的左右手转变的能垒为0.2Kcal/mol ...

1967年的计算就别看了，Gaussian 76 的输入还是 Punch Card。。。再往前十来年“Computer”还是“计算员”的意思、不是“计算机”的意思呢。。。

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你可以搞个足够长的长链，寻找长链中间某个碳碳单键旋转的势垒，然后在长链不同位置、不同状态下分别估计一下，来获得一个大致的概念。这么低的势垒过渡态理论本来就不大适用，如果是固相问题，势垒也不能简单地用单分子来算，如果是液态问题，这长链本身也不是捋直了的

作者
Author: 小子阿良 时间: 2019-3-2 18:43

liyuanhe211 发表于 2019-3-2 17:13
1967年的计算就别看了，Gaussian 76 的输入还是 Punch Card。。。再往前十来年“Computer”还是“计算员 ...

不是太明白。谢谢您的解答！

作者
Author: granvia 时间: 2019-3-2 19:53
弱弱问一下，这个分子为啥有手性呢？

作者
Author: 小子阿良 时间: 2019-3-2 21:03

granvia 发表于 2019-3-2 19:53
弱弱问一下，这个分子为啥有手性呢？

是因为氟原子的电氟性以及空间位阻效应，有一篇Angew专门讲了这个

作者
Author: granvia 时间: 2019-3-5 14:50

小子阿良发表于 2019-3-2 21:03
是因为氟原子的电氟性以及空间位阻效应，有一篇Angew专门讲了这个

不太明白你的意思。从图上看，每个碳原子至少连有两个相同基团，怎么会出手性呢？能否给出那个Angew的doi ?

作者
Author: zwn 时间: 2021-5-14 09:34

小子阿良发表于 2019-3-2 21:03
是因为氟原子的电氟性以及空间位阻效应，有一篇Angew专门讲了这个

DOI发一下啊，我也瞅瞅

作者
Author: zjxitcc 时间: 2021-5-14 10:08
本帖最后由 zjxitcc 于 2021-5-14 10:10 编辑

我寻思这难度也没有大到不能做的地步啊。先找出一个过渡态，然后靠IRC走出前后端，这样就有了两个中间体，再结合反应物、产物分析，再找中间的过渡态，每找到一个过渡态就能靠IRC找到两个中间体，这有点像二分法的思路嘛。
只要QST2, QST3能随便找出个过渡态，即使它无法直接与反应物、产物相连，你也能靠IRC走出前后的中间体。就算直接用QST2, QST3都不行，手动找出一个过渡态总是不难的吧。

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