计算化学公社

标题: 用高斯计算分子键能的问题 [打印本页]

作者
Author: JacquelineX 时间: 2019-3-2 15:20
标题: 用高斯计算分子键能的问题
我已用高斯计算过键的解离能方式来求键能，昨天在论坛中发现有人说用单点能计算的分子能量减去两个片段能量之和也可以求键能。我为了验证这个说法，进行了多次的单点能计算键能的方式，通过设置基组、方法等，求出的均为一个负值，且相差较大。我计算的分子键能参考值为正值，请问，用单点能计算键能准不准确？实用吗？是用分子的能量减去两个片段能量之和吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-2 15:21
注意求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”及具体内容（见http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“用高斯计算分子键能”改了，以后请务必注意

发帖时候看清楚板块再发，这点在论坛首页公告栏里明确提醒了，计算问题求助帖不要发到“公社大厅”里，给你移动了，以后注意。

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-2 15:23
分子的能量显然比两个片段和要低，分子的能量减去两个片段能量之和显然为负值
计算键能应当用两个片段能量之和减去分子的能量
纯理论计算键能、不需要和实验对比的情况下，直接用电子能量求差，而且也不需要优化片段。仅当需要与实验对比、计算的是BDE的时候才应当用焓

作者
Author: 赵小壮 时间: 2019-3-2 22:11

sobereva 发表于 2019-3-2 15:23
分子的能量显然比两个片段和要低，分子的能量减去两个片段能量之和显然为负值
计算键能应当用两个片段能量 ...

请问老师，纯理论计算键能，两个片段是只进行单点能计算而不优化结构对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2019-3-2 23:46

赵小壮发表于 2019-3-2 22:11
请问老师，纯理论计算键能，两个片段是只进行单点能计算而不优化结构对吗？

作者
Author: 日枕东皋 时间: 2019-5-29 16:48

赵小壮发表于 2019-3-2 22:11
请问老师，纯理论计算键能，两个片段是只进行单点能计算而不优化结构对吗？

老师，我先对要计算的分子进行优化，然后将优化的结构分成两个碎片分别计算能量，最后用两碎片的能量减去分子的能量您可以吗？

作者
Author: blueyangliu 时间: 2019-5-30 08:56

日枕东皋发表于 2019-5-29 16:48
老师，我先对要计算的分子进行优化，然后将优化的结构分成两个碎片分别计算能量，最后用两碎片的能量减去 ...

keyi

作者
Author: liusj0228 时间: 2020-2-5 20:19
本帖最后由 liusj0228 于 2020-2-5 20:22 编辑

sobereva 发表于 2019-3-2 15:23
分子的能量显然比两个片段和要低，分子的能量减去两个片段能量之和显然为负值
计算键能应当用两个片段能量 ...

老师您好，看了您在帖子中的关于键能计算的回复（http://bbs.keinsci.com/forum.php），用两个片段的能量减去分子的能量。我用这个方法，把苯分子分成两半，用两个片段减去苯分子计算了苯环中C-C键的键能，发现是688kJ/mol，C=C的键能是610kJ/mol，感觉不太对。不太懂什么地方出了问题，是否是这种方法不太适用于环状分子呢，还请老师帮忙分析一下，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2020-2-6 02:56

liusj0228 发表于 2020-2-5 20:19
老师您好，看了您在帖子中的关于键能计算的回复（http://bbs.keinsci.com/forum.php），用两个片段的能量 ...

这种做法完全不能用于苯，切断之后电子结构变得乱七八糟。不是不能用于环状分子，而是没法用于这种牵扯到局部高度共轭、耦合强烈的体系。

这种情况算C-C键键能通过拉普拉斯键级去估计是最理想做法，看下文介绍的那篇文章当中Other molecular properties那一节里面是怎么计算18碳环的键解离能的。
一篇最全面、系统的研究新颖独特的18碳环的理论文章
http://sobereva.com/524（http://bbs.keinsci.com/thread-15792-1-1.html）

作者
Author: liusj0228 时间: 2020-2-6 12:20

sobereva 发表于 2020-2-6 02:56
这种做法完全不能用于苯，切断之后电子结构变得乱七八糟。不是不能用于环状分子，而是没法用于这种牵扯到 ...

谢谢老师，我仔细看看这两个文章！

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2021-3-18 15:58

sobereva 发表于 2020-2-6 02:56
这种做法完全不能用于苯，切断之后电子结构变得乱七八糟。不是不能用于环状分子，而是没法用于这种牵扯到 ...

请问sob老师，我看您那篇文章里面有C-C键级和BDE的关系，如果我想算环上C-N和C-S键的BDE，需要自己拟合关系么

作者
Author: sobereva 时间: 2021-3-19 18:23

xjp1127721434 发表于 2021-3-18 15:58
请问sob老师，我看您那篇文章里面有C-C键级和BDE的关系，如果我想算环上C-N和C-S键的BDE，需要自己拟合关 ...

需要

作者
Author: xjp1127721434 时间: 2021-4-4 16:02

sobereva 发表于 2021-3-19 18:23
需要

好嘞，谢谢sob老师

作者
Author: RES 时间: 2022-7-29 10:58

sobereva 发表于 2021-3-19 18:23
需要

请问老师，如果我想要得到的是两种分子（PAH的环状结构）的相对稳定性，是否可以通过使分子破碎成多个个离散原子的的能量差来得到相对解离能呢？这样子粗糙的计算会影响到它们能量的相对大小吗，能得出的结果能让人信服吗

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-7-29 14:34
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-7-29 14:44 编辑

RES 发表于 2022-7-29 10:58
请问老师，如果我想要得到的是两种分子（PAH的环状结构）的相对稳定性，是否可以通过使分子破碎成多个个 ...

“稳定性”一词是含糊的，没有明确的定义，不能泛泛讨论。如果你处理的是同分异构体、构象异构体等，能量差体现的是热力学稳定性。关于各种类型稳定性的讨论，论坛上有很多帖子，最好把这些都看一两遍
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=600
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1137
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1207
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1272

如果是减去各个孤立原子能量，得到的是原子化能，这个物理量前人已经有明确的定义，应该沿用前人的说法。另外，这不能说明“相对稳定性”。

作者
Author: RES 时间: 2022-7-29 15:15

zjxitcc 发表于 2022-7-29 14:34
“稳定性”一词是含糊的，没有明确的定义，不能泛泛讨论。如果你处理的是同分异构体、构象异构体等，能量 ...

好的，谢谢老师，多谢分享

作者
Author: RES 时间: 2022-8-20 09:03

sobereva 发表于 2020-2-6 02:56
这种做法完全不能用于苯，切断之后电子结构变得乱七八糟。不是不能用于环状分子，而是没法用于这种牵扯到 ...

请问老师，您文章中已经算出了苯中的c-c的LBO，那这样对于像石墨烯或者是多环芳香烃分子来说，会不会影响到c-c的LBO（c原子同时连着三个键，会影响到电子态密度的分布），如果不影响，是否可以认为对于大分子（c-c键数目多）的BDE更大呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-8-20 21:23

RES 发表于 2022-8-20 09:03
请问老师，您文章中已经算出了苯中的c-c的LBO，那这样对于像石墨烯或者是多环芳香烃分子来说，会不会影响 ...

石墨烯的C-C键的LBO显然跟苯不同

作者
Author: RES 时间: 2022-8-21 07:59

sobereva 发表于 2022-8-20 21:23
石墨烯的C-C键的LBO显然跟苯不同

谢谢老师

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